Папа Адриан, несомненно, был реалистом в политике. Он рано понял, что Карл в отличие от Пипина не удовлетворится бескорыстной защитой церкви, а пожелает подчинить папство своей власти. Когда Карл в Италии ограничил самостоятельные властные устремления папы и вновь вступил в союз с лангобардами, папа, используя происшедший в Византии поворот в политике, попытался урегулировать свои отношения на Востоке. С восшествием на престол императрицы Ирины в Византии временно одержал верх политический курс, направленный на установление единства церкви. Под знаком этого в 787 году состоялся II Никейский вселенский собор. В соборе приняло участие 245 епископов, председательствовал на нем Константинопольский патриарх, с большим почетом были приняты папские послы. Это был Седьмой вселенский собор. Собор заклеймил иконоборчество и в соответствии с ортодоксальным учением восстановил почитание икон (но не культ). Новое объединение восточной и западной церквей (на довольно непродолжительное время) произошло благодаря содействию византийской императрицы и римского папы. Из этого процесса Карл и франкская великая держава были исключены, будто они и не существовали, и Запад был представлен единственно папой.
Гнев франкского короля был вызван не ревностью к церкви, а опасениями за свои державные интересы. Ведь только недавно завоеванные лангобардские герцогства в Италии при поддержке Византии и папства могли успешно выступить против франкских завоеваний. Король Карл извлек из этого урок и поставил папу на место. В первую очередь он окончательно отделил и изолировал папство от Византии и приковал к франкской империи. В 787 году папа получил от Карла земли, соседствующие с герцогством Тоскана, а также имения и города, принадлежавшие Беневенто. Карл также пообещал, что возвратит папе оставшиеся под греческим господством южноитальянские области, ранее принадлежавшие церкви (Неаполь и Калабрию), в случае овладения ими.
Что касается церковно-политического разрыва, то в этом вопросе Карл выступил против II Никейского собора и в своем послании («Libri Carolina») вступил в дискуссию с его решениями. Он не вынуждал папу Адриана отречься от решений II Никейского собора, но потребовал, чтобы на созываемом Карлом в 794 году во Франкфурте соборе бывшей Западной империи папа обеспечил представительство своими послами. На этом соборе председательствовал король; на нем были осуждены решения восточного собора, с чем выразили согласие и папские легаты. Папе был преподан урок: дела христианского сообщества вершат уже не папа и Византия, а Карл при содействии папы.
Папа Адриан скончался в то время, когда рушились его мечты о папском суверенитете. Об избрании его преемника Льва III (795–816) Карл был извещен посольством. Начиная с Павла I, таким образом в качестве простого акта вежливости патриция ставили в известность о результатах выборов. В свое время Византия, а также экзарх требовали, чтобы к ним обращались с просьбой об утверждении еще до посвящения. Однако Лев не только вместе с римскими избирателями дал клятву верности франкскому королю, но и одновременно признавал Карла своим сюзереном. Лев прекратил датировать свои грамоты только годом своего понтификата и стал проставлять также год правления Карла.
Следует учитывать, что папы в Италии для противостояния вновь появившимся арабским (сарацинским) завоевателям и все заметнее наглеющей феодальной аристократии нуждались еще более, чем прежде, в вооруженной защите со стороны франков. Но это можно было обеспечить лишь за счет полного политического подчинения франкскому королю.
В 799 году, во времена понтификата папы Льва, мы встречаемся с новым явлением: под руководством племянника папы Адриана (скончавшегося предшественника Льва) против папы, избранного в соответствии с канонами, подняла мятеж византийская партия. Против папы Льва, как выяснилось, не без основания, был выдвинут целый ряд обвинений (клятвопреступление, предательство, нарушение брака и т. д.). Во время церковного шествия на Льва III было совершено нападение, с него было сорвано одеяние иерарха, его стащили с осла и заключили в монастырь. Льву удалось, обманув бдительность стражей, спуститься по веревочной лестнице и бежать сначала в Сполето, а оттуда к своему господину — Карлу. Эти события интересны во многих отношениях: прежде всего — мятеж был поднят против избранного на законном основании и уже правящего папы, таким образом, была нарушена неприкосновенность папы. Достойно внимания и то, что здесь открыто проявилась и позднее отчетливо просматриваемая неустойчивость, нашедшая выражение в чередовании пап, противостоящих друг другу в силу своих политических ориентации. За понтификатом провизантийского Адриана последовала откровенно профранкская позиция Льва. И наконец, на сцене появляется папский племянник, представляющий сторонников предшествующего папы и проводящий политику, направленную против его преемника.
В IX веке цементом, связывающим между собой феодальные государства, образованные на территории бывшей Западной Римской империи, было католическое религиозное единство. Наряду с универсализмом религиозного характера возникла также потребность политической солидарности в государственных рамках франкской империи, в которой нашла свое воплощение идея христианской империи, обновленной Карлом Великим. Союз с папой обеспечивал Карлу и его преемникам поддержку со стороны епископов и церкви. Самой мощной силой, сплачивающей складывающуюся феодальную государственность, была базирующаяся на идеологическом (религиозном) универсализме и также феодализирующаяся церковная организация. Новая связь между церковью и государством, между христианской религией и феодальной властью была закреплена в результате коронации императора, состоявшейся на рождество 800 года.
Сотрудничество церкви и папы было также необходимо для узаконения франкского политического универсализма в виде империи, как в свое время для королевства Пипина. Именно поэтому Карл вначале восстановил в правах главы церкви привезенного им с собой в Рим папу Льва. Как только это 23 декабря свершилось, сразу же последовало восстановление института империй. Согласно летописи «Жизнь Карла Великого» («Vita Caroli Magni»), 25 декабря 800 года, в праздник рождества, Карл как раз находился в соборе Святого Петра пред могилой Петра, погруженный в молитву, когда в присутствии собравшегося народа к нему неожиданно подошел папа Лев и под торжествующие возгласы народа (Laudes!) короновал Карла, провозгласив его императором.
И на этот раз церемония совершалась сугубо по-византийски (там, начиная с 450 года, императора короновал патриарх). Согласно описаниям франкского придворного историографа Эйнхарда, Карл якобы был не расположен принимать императорское звание: «…как он сам позже утверждал, в тот день он не пришел бы в церковь, какой бы торжественный праздник тогда ни был, если бы заранее знал намерения папы». Однако в действительности в этой ситуации лукавил скорее новый император, чем оказавшийся в его подчинении папа. Речь может идти о хорошо подготовленном сценарии, в котором нашли выражение конкретные политические намерения обеих сторон. О согласии свидетельствует и тот факт, что в память об этом великом событии император велел отчеканить памятный динар, на котором были выбиты его и папы имена. Карл же и его окружение представили это дело так, будто коронация все же неприятно затронула франкского короля, вероятно потому, что в связи с коронацией, осуществленной папой, могла возникнуть видимость того, что папа даровал Карлу императорскую корону и может, следовательно, считать себя источником императорской власти. Несомненно, что папа — просили его об этом или нет — своим участием в коронации хотел воспрепятствовать тому, чтобы образовалась императорская держава, независимая от церкви. Однако сама по себе такая мысль была бы абсурдом. Сам Карл даже не обратил внимания на претензии, возникшие из участия папы в короновании, эти вопросы лишь позднее стали идеологическим фактором. Акт коронации скорее символизировал реальность: феодальное государство не могло обойтись без идеологической поддержки церкви и ее просветительской деятельности. Карл Великий, хотя и протестовал против какой-либо зависимости от папы, тем не менее и сам нуждался в церковной поддержке для укрепления своего государства. Тем более верно это в отношении папы, для которого обеспечение поддержки со стороны императора было жизненно важным.