Исходя из этого, Генрих взял под свое покровительство движение за реформу церкви, направленное на освобождение церкви от деспотизма светской знати и на укрепление прав папы как главы церкви. Партия реформ, опираясь на императора, также стремилась как можно быстрее преодолеть анархию, господствующую в Риме. Генрих III отправился в Италию и в 1046 году созвал собор в Сутри под Римом. Здесь были низложены папы Сильвестр III и Григорий VI, а затем на следующем, римском, соборе объявили низложенным вновь заявившего свои права на престол папу Бенедикта IX. Император предложил в качестве кандидата на папский престол угодного ему епископа Бамбергского. Климент II (1046–1047) тотчас же короновал Генриха III в императоры, и тем самым вновь торжественно был скреплен союз между папой и императором.
В середине XI века во главе церкви был целый ряд немецких пап, которые пользовались доверием императора и настойчиво проводили умеренную реформу церкви. Император уменьшил влияние римских династий на папство, но и не открыл путь чересчур широким реформам. Генрих III понимал, что чрезмерное укрепление папской власти не отвечает его интересам, ибо папа также может восстать против императора. Однако это был объективный процесс: экономические и политические условия светско-державных устремлений папства формировались в рамках феодальных отношений, в условиях все возрастающих церковных землевладений, что, следовательно, находило отражение и в политической консолидации. В то же время королевские владения все более сокращались, и это вело к ослаблению центральной власти.
Развернувшееся в первой половине XI века церковное (монастырское) движение за реформы нельзя считать непосредственным предшественником григорианского папства, но несомненно, что движение за реформы политически и идеологически подготовило почву внутри и вне церкви для папства нового типа, стремящегося к светской власти и достигшего своей цели при Григории VII.
Начало движения за реформу церкви восходит к X веку, и истоки его прослеживаются в бенедиктинских монастырях Бургундии, а также Лотарингии. Реформаторские тенденции были направлены на решение в первую очередь внутренних церковно-политических проблем. Монастыри зависели от епископов и светских феодалов, которые из опекунов монахов стали их угнетателями. К светским властям монахи непосредственно обращаться не могли, поэтому во время частых имущественных судебных процессов представителем монастыря выступал его светский господин, действовавший в соответствии со своими собственными интересами. Если же землевладелец-феодал сам основывал монастырь, то он обладал правом облагать монастырь налогом и назначать его настоятеля. Проявляющаяся во всем обществе секуляризация привела и к падению нравов среди монахов, в монастырях распространилось распутство, обжорство и пьянство.
Борьба монахов за реформы была направлена на то, чтобы освободиться от притеснений местных феодальных властей. В этом они нашли великолепных союзников в лице папства и империи. Лотарингская ветвь движения за реформу возникла в монастырях, созданных и руководимых главным образом представителями знати. Их целью было обновление правил Святого Бенедикта, восстановление первоначальной дисциплины, морали и усердия. Бенедиктинский монастырь Клюни (в Бургундии), основателем которого в 910 году был герцог Аквитанский, а возглавил монастырь в качестве первого настоятеля граф, — пошел и того дальше: наряду с восстановлением строгой дисциплины его монахи выдвинули перед собой также цель добиться независимости от светских сюзеренов. Поэтому монастыри объединились в конгрегацию, центральное руководство которой было в руках главного настоятеля аббатства Клюни. Стоявший во главе монастыря-матери главный настоятель (аббат) считал себя сюзереном по отношению к монастырям, объединенным в конгрегацию, а конгрегация непосредственно попадала под защиту папы. Клюнийский аббат властвовал над монашеским воинством как король и военачальник. Причина его успеха таилась в том, что он стал выразителем устремлений эпохи, требований ликвидации феодальной анархии. (В конгрегацию в конце XII века уже входило около 2000 монастырей.)
В монастырском движении за реформы одержала верх идея Григория I спасти весь мир для царства Божьего. Григорий хотел путем углубления религиозности, подавления светскости клира, углубления религиозной жизни мирян обновить не только папство, церковь, но и мирян и все общество.
Идеи монастырского движения за реформы немецкие папы, назначенные императором, принесли с собой в Рим, где вскоре выковали из них идеологическое оружие для вселенского господства пап — как раз против императора. Сторонники реформ, объединившиеся вокруг папы, распространили на всю церковь принцип, согласно которому монастырями может распоряжаться исключительно папа. Это поставило вопрос о так называемой светской инвеституре. Символическое действо по введению в должность епископа (инвестиция), вручение перстня и посоха (что называлось инвеститурой) христианские государи Европы обычно проводили сами под тем предлогом, что церковные владения — это вассальные владения, сюзеренами которых являются они. (Перстень символизировал собой обручение епископа с верующими, а посох — власть над епархией.) Согласно концепции реформаторов, право инвеституры, а также право распоряжаться церковными владениями в высшей инстанции принадлежит папе. Эти устремления совпали с намерениями пап, ибо планируемые реформы, повышая авторитет пап и расширяя сферу их влияния, явились бы серьезным шагом на пути к осуществлению церковного универсализма. Имперская власть, считая, что ей удастся удержать в своих руках папство, выступающее за реформы, также поощряла движение за реформы. Но скоро Генрих III, а тем более его сын Генрих IV поняли, вынуждены были понять, что, поддерживая церковь, они лишаются основ своей власти. Позднее выяснилось, что и немецкая высшая духовная иерархия, ревниво оберегающая свои богатства и свою самостоятельность, вовсе не желает поддерживать реформаторские устремления, ослабляющие и их власть, и в разворачивающейся борьбе с папой они стали сторонниками императора.
На судьбу немецких пап, связанных с движением за реформы, трагический отпечаток наложила их преждевременная и нередко насильственная смерть. Уже упоминавшийся Климент II, понтификат которого длился всего лишь год, пал жертвой горячки; последовавший за ним бывший епископ Бриксенский Дамас II в 1048 году после нескольких недель понтификата был отравлен. Тогда Генрих III решил послать в Рим на папский престол лионского архиепископа Галинара, но тот решительно отклонил предложенную «смертельную» почетную должность. В конце концов на папский престол взошел дальний родственник императора Лев IX (1049–1054). Будучи папой, он решительно поддерживал церковную реформу и императора.
Папа Лев IX происходил из семьи эльзасских графов и принес в Рим дух лотарингских реформ. Из его лотарингского окружения вышел генеральный штаб будущей григорианской церкви. Папа Лев ликвидировал локальный характер Римской курии. Он собрал вокруг себя духовных руководителей движения за церковную реформу в Европе и использовал их в коллегии кардиналов как противовес местной аристократии. Так, в частности, он сделал кардиналом Фридриха Лотарингского, бывшего прежде каноником в Лувене (он стал преемником папы под именем Стефана IX); монах Гильдебранд стал кардиналом; будучи секретарем изгнанного Григория VI, он в Кельне познакомился с лотарингской идеей. Впоследствии Гильдебранд был избран папой под именем Григория VII. Одним из главных теоретиков церковной реформы, правой рукой папы Льва был кардинал Гумберт де Сильва Кандида; и, наконец, Удо, начальник папской канцелярии, также попал в Рим, будучи членом лотарингского окружения. Лев IX окончательно включил в состав Папского государства герцогство Беневенто, а затем его преемник Виктор II (1055–1057) присоединил к Церковному государству и герцогство Сполето.