Германский король встретил неожиданно мощную поддержку среди епископов Ломбардии, которые, как и германские епископы, не без причины опасались того, что григорианское папство низведет их до уровня своих заурядных служителей. В то же время самый крупный светский князь Северной Италии вновь был на стороне папы. Главной опорой Григория VII и его преемников в Италии была тосканская маркграфиня Матильда (родственница Генриха), независимости которой угрожала императорская власть. Матильда поддерживала папство, помогая ему деньгами, войском и, наконец, уступив Тоскану. Тоскана в то время составляла почти ¼ часть всей Италии (Модена, Реджо, Ферарра, Мантуя, Брешиа и Парма). Эти владения отец Матильды получил как вассальные от императора. Матильда и Григорий создали свою партию, и, как утверждают многие авторы, их связь носила не только политический характер.
В ходе вооруженной борьбы в 1080 году антикороль Рудольф был смертельно ранен и вскоре скончался. Генрих снова обратил свой взор в сторону Италии. В течение 1081–1083 годов германский король предпринял несколько походов на Рим, но папе удавалось успешно обороняться, опираясь главным образом на вооруженные силы Матильды. В конце концов в 1084 году в руки короля попал и Рим. Григорий с несколькими своими верными приверженцами бежал в Замок Святого Ангела. Противника короля-победителя вновь низложили, а антипапу торжественно возвели на папский престол, и из его рук Генрих принял императорскую корону. Наконец в конце мая 1084 года Роберт Гюискар, не очень проворный норманнский вассал папы Григория, освободил Замок Святого Ангела (норманны для укрепления своих позиций в Южной Италии хотели использовать папство). Генрих и антипапа вынуждены были оставить Рим. В ходе беспощадных боев свирепые норманнские воины подвергли и Рим разграблению. Гнев римлян обратился против призвавшего норманнов Григория, который вместе со своими спасителями бежал из города. Больше он уже не смог туда вернуться и 25 мая 1085 года скончался в изгнании, в Салерно, среди норманнов.
Создатель великодержавных позиций средневекового папства закончил жизнь изгнанником, по-видимому, с горьким сознанием того, что дело всей его жизни полностью погибло. Действительно, практически реализовать григорианскую теорию папства, сформулированную в «Диктате папы», оказалось невозможным и в более поздние времена. Так, например, требование Григория об объявлении прижизненной святости папы, точнее, почитание папы святым еще при жизни не перешло в каноническое право. Непогрешимость папы (infallibilitas) в новое время была почти забыта, и лишь в XIX веке это положение стало догматом. Несмотря на трагическую судьбу Григория, он оказал судьбоносное влияние на христианство и церковь. Он сформулировал и наиболее последовательно представлял теократические требования: создать мир по образцу духовной державы. Не в последнюю очередь христианство именно этим обязано своему сохранению и расцвету: с этим требованием христианство выступало на протяжении истории, наиболее успешно как раз в средние века.
Вряд ли можно отказать Григорию в большом уме — ведь он без обычных светских средств власти, в первую очередь без армии, играл роль завоевателя мира, заставлял склоняться перед собой сидящих на тронах, бросил вызов императору, считавшему себя властителем христианского мира.
К образу действия и политике Григория в истории церкви можно относиться с симпатией или с осуждением, но несомненно, что его фанатичный и несгибаемый понтификат не только восстановил авторитет папства, но и заложил фундамент политической власти пап на последующие два века. Начиная с 1947 года григорианская реформа пристально изучается историками церкви.
Гильдебранд был монахом маленького роста и невзрачного вида, но в его неказистом теле обитал необычайной силы дух. Он чувствовал себя харизматиком и, выполняя свое предназначение, был не слишком разборчив в средствах. Даже современники воспринимали его со смешанным чувством страха и удивления или даже с ненавистью. Петр Дамиани назвал фанатичного монаха, попавшего на папский престол, Святым Сатаной, сравнение не слишком подходящее, но меткое. Оно вновь всплыло во времена еретических движений и Реформации для характеристики папы, но без определения «святой».
Согласно мнению отдельных категоричных историков, история папства начинается лишь в христианское средневековье, и о папстве в современном понимании мы можем говорить лишь начиная с понтификата Григория VII. Эта концепция явно исходит из того, что папская верховная власть, как результат длительного исторического развития, действительно стала цельной во всех отношениях при Григории VII, хотя возвыситься над императором папа смог лишь во времена преемников Григория VII.
После смерти Григория VII император Генрих оказался на вершине триумфа. В Рим возвратился антипапа Климент III. Григорианские епископы, бежавшие к норманнам, лишь в 1088 году смогли избрать папой под именем Урбана II (1088–1099) епископа из Остии. Урбан был по происхождению француз и из приора Клюни стал самым близким и доверенным сотрудником Григория. Однако в противоположность своему предшественнику он избегал всего, из-за чего благодаря своей непримиримости потерпел поражение Григорий. Император Генрих стремился соединить своих южноитальянских противников с североитальянскими приверженцами папства, примером чему может служить тот факт, что он женил едва достигшего 17-летнего возраста сына баварского герцога Вельфа на 43-летней тосканской маркграфине Матильде, главной опоре папства.
В 1090 году Генрих IV вновь совершил поход в Италию, однако в 1092 году потерпел поражение от войска Матильды. В 1093 году против императора восстал и его старший сын Конрад, которого архиепископ Миланский короновал королем Италии. В результате переговоров в Кремоне в 1095 году папа привлек на свою сторону Ломбардию и итальянского короля. Позиции Генриха в Северной Италии оказались окончательно подорванными, когда папа вновь активизировал движение патариев, направив его против германцев. В результате в 1097 году Генрих навсегда покинул Италию.
Несмотря на то что в то время большинство кардиналов поддерживало антипапу Климента, Урбану удалось заставить признать себя главой вселенской церкви. При поддержке норманнов в 1093 году он возвратился в Рим. Папа Урбан был первым, кто в противовес угрожающей власти германского императора и норманнских герцогов увидел и нашел опору в возвышающейся французской монархии. Уже в 1094 году он отправился во Францию. Во время этого путешествия в 1095 году он провел многолюдный собор в Пьяченце, на котором предал анафеме антипапу Климента.
Собор, созванный 28 ноября 1095 года в Клермоне (Франция), явился важным событием в истории папства. Именно здесь папа Урбан провозгласил первый крестовый поход. Из идеи григорианского папства следовало, что папа считает себя также главным лицом в деле дальнейшего распространения христианства. Не случайно Григорий VII в свое время выдвинул идею крестовой войны против неверных, это произошло после того, как в 1071 году Иерусалим, которым владела Византия, попал в руки турок-сельджуков (Григорию в осуществлении этого плана воспрепятствовала борьба за инвеституру).
Поскольку в Европе в связи с формированием феодализма все народы стали христианскими, то завоевания, связанные с христианской миссией, должны были обратиться в сторону новых территорий. Но это означало борьбу с внутренними и внешними врагами христианства. Внутренними врагами явились принимавшие все более широкие масштабы еретические движения, против которых папы вели настоящие войны на истребление. Внешними врагами были арабские и турецкие завоеватели. Папа Урбан, опираясь на Францию, осуществил идею Григория. В Клермоне он призвал христианских государей и народы отвоевать Палестину, освободить Святую землю от неверных. Формальной причиной было восстановление безопасности паломников, стремящихся на Святую землю. Однако причины возвращения святых мест в действительности были намного прозаичнее. Наиболее заинтересованными в этом с материальной точки зрения были торговые города Италии, которые за большие деньги брались оснастить войско и перевезти его по морю. В ходе завоеваний они намеревались создать новые торговые базы. Турецкая экспансия угрожала восточным торговым интересам Венеции, Генуи, Пизы, занимавшимся посреднической торговлей.