Римляне уже после смерти антипапы Виктора IV обратились к Александру III с просьбой возвратиться в Рим. В ноябре 1165 года Александр вернулся в свой престольный город. Однако его покой длился недолго. Фридрих Барбаросса уже осенью 1166 года предпринял новый поход в Италию и летом следующего года захватил и город Льва (Леонину). Александр бежал к норманнам в Беневенто. В Риме прошла торжественная интронизация антипапы, который после этого вновь короновал императора. Теперь войску Фридриха урон причинил не противник, а малярия. Император скрытно, в чужой одежде, бежал через враждебную Северную Италию, через Альпы в Германию.
В то время борьба между папой и императором распространилась уже на всю Италию, страна превратилась в арену сражения между итальянскими городами и германскими завоевателями. Имперское чиновничье государство в Ломбардии было заранее обречено на неудачу, оно потерпело крах, столкнувшись с автономией городов. Господство чужеземцев в соединении с феодальным произволом подняло всю Италию на борьбу с императором. Против налогового пресса имперской системы и насилий чиновников восстали в первую очередь ломбардские города. Эти североитальянские города, возглавляемые Миланом, создали в 1167 году Ломбардскую лигу. Членами лиги в момент ее создания были 16 городов. Так как император угрожал и результатам борьбы за инвеституру, то в лице Александра III он нашел не только своего непримиримого противника, но и ревностного сторонника освободительной борьбы городов. Напрасно император выдвигал антипап, города держали сторону Александра.
Император в 1176 году организовал новый поход против Ломбардской лиги и папы. 29 мая 1176 года вблизи Милана, под Леньяно, произошло решающее сражение между горожанами и войсками императора. Битва завершилась поражением феодального рыцарского войска; это был первый, но далеко не последний случай в средние века, когда горожане побеждали феодалов. Планы Фридриха, мечтавшего о мировом господстве, оказались опрокинутыми не благодаря сопротивлению папы, а благодаря политическому и военному сопротивлению городов.
Александр III заключил с императором сепаратный мир. В соответствии с мирным договором, подписанным сначала в 1176 году в Ананьи, а через год в Венеции, Фридрих признавал Александра III законным папой, а антипапам и их сторонникам выплатил компенсацию. Александр также добился того, что император отказался от назначения своего префекта в Риме, тем самым и от прав на Патримониум Святого Петра. Папа — за исключением наследства Матильды — вновь получал свои прежние владения. Император признавал вселенскую власть папы, а папа признавал законную власть Фридриха и его наследников. Таким образом, папство во второй раз вышло победителем из борьбы с императором.
Воины императора доставили папу в Рим, где в 1179 году на III Латеранском соборе он торжественно отпраздновал свою победу над антипапами. Первый из 27 принятых на соборе канонов гласил, что в будущем для избрания папы необходимо большинство в две трети голосов от общего количества присутствовавших кардиналов. Этот канон действует и в настоящее время, но устанавливает большинство в две трети плюс один голос. Среди прочих декретов собора важным был декрет о запрещении симонии, конкубината (сожительства), а также накопления церковных благ (cumulacio beneficiorum). Папские законы, регулировавшие избрание пап, и решения собора на практике не действовали. Об этом свидетельствует тот факт, что от первого, наиболее известного постановления о порядке избрания пап, декрета 1059 года «In nomine Domini», до 1180 года было наибольшее количество антипап: против 15 считавшихся законными пап боролись 13 антипап.
Тем временем Фридрих I одержал дома победу над своим противником Генрихом Львом и заключил в 1183 году мирное соглашение с ломбардскими городами. Император после Леньяно намеревался заложить фундамент своей власти на полуострове не в Ломбардии, а в Центральной Италии. Государство папы было охвачено кольцом императорских владений (Сполето, Анкона, Романья, Тоскана), к тому же Южная Италия находилась в руках норманнов, что еще больше изолировало Церковное государство от внешнего мира. Фридрих во времена понтификата бездеятельного папы Луция III (1181–1185) путем династических браков заполучил для своей семьи Сицилию. Фридрих обручил своего сына, будущего Генриха VI, с наследницей сицилийского королевства, Констанцией; бракосочетание состоялось в 1186 году.
Преемники папы Александра III (за 10 лет — 5 пап) были дряхлыми и слабыми и не могли осуществлять политику своих предшественников. Среди них, пожалуй, лишь Климент III (1187–1191) заслуживает упоминания; будучи коренным римским аристократом, он добился того, что город вновь признал главенство папы. Договор между римским Сенатом и папой, заключенный в 1188 году, позволил папам снова занимать престол в Риме. А в соответствии с договором, подписанным с Фридрихом в 1189 году, император подтверждал суверенитет папы над Церковным государством, за исключением наследных земель маркграфини Матильды.
Пока папы и императоры были заняты борьбой между собой и за Сицилию, турки завоевали большую часть Святой земли. В ответ на сокрушительное поражение войск крестоносцев в Палестине в 1187 году по призыву Климента III французский король Филипп, английский престолонаследник герцог Ричард и уже постаревший император Фридрих Барбаросса организовали III крестовый поход (1189–1190). Переживший множество сражений, Фридрих Барбаросса утонул в Малой Азии во время переправы через реку Салеф. С гибелью предводителя была решена и судьба похода.
После этого последнего большого рыцарского крестового похода достаточно серьезных военных походов в Палестину уже не осуществлялось. Значение этих войн не в их продолжительности и не в завоеваниях, а в том, что в результате их христианская культура вошла в соприкосновение с духовной и материальной культурой арабского Востока, и, как позже оказалось, Восток вновь благотворно повлиял на Европу. Крестоносцы, совершавшие походы в Палестину, стали относиться к Востоку скорее с восхищением, чем с враждебностью. Культура и роскошь Византии вызывали у проходивших через нее рыцарских войск чувство изумления и зависти.
После неординарной смерти последнего рыцаря-императора Фридриха Барбароссы на германский престол вступил его сын Генрих VI (1190–1197), которого в 1191 году папа Целестин III (1191–1198) короновал императором. В 1194 году Генрих занял также и сицилийский трон и объединил Сицилию с империей. Таким образом, он стал государем всей Италии, за исключением Папского государства. Генрих переместил центр империи на юг, в Сицилию. Для него Германия приобрела второстепенное значение. Смерть настигла его в молодом возрасте, не дав осуществить задуманный им план создания мировой империи с центром в районе Средиземноморья. Однако тем самым не был решен, а лишь отодвинут почти на два десятилетия вопрос об окончательном сведении счетов между папой и императорской властью, переместившейся в Италию.
XII и XIII века были вершиной церковно-политической и духовной власти папства. Но высшей точки папская власть достигла в период понтификата Иннокентия III. История церкви однозначно считает Иннокентия III самым выдающимся папой средневековья. Папство достигло вершины власти в результате такого же исторического процесса развития, который в период развитого феодализма привел к укреплению централизованной королевской власти.
Иннокентий III смог стабилизировать свое положение также и потому, что власть императора стала приходить в упадок. В Италии власти императора был фактически положен конец, но его место еще не смогла занять другая феодальная власть. При понтификате Иннокентия III одно время казалось, что мечта Григория VII о мировом господстве папы осуществляется. Примат папства во всех отношениях оказался реализованным; понтификат Иннокентия — действительное подтверждение этого постулата. Он превзошел своих предшественников в области практического осуществления политической власти папства. Как государственный деятель, он оставил далеко позади Григория VII, но вовсе не пользовался славой святого. Своей реалистичной политикой Иннокентий III максимально приблизил к осуществлению идею Григория VII об универсальной теократии.