Будучи по складу характера исключительно духовным пастырем, папа при избрании по желанию народа направился было на внешний балкон Ватиканского дворца для благословения «urbi et orbi», не подумав о том, что выход из ватиканских покоев может быть расценен как символический «отказ от ватиканского плена». Кардинал-декан в испуге напомнил папе о политических последствиях его поступка, в связи с чем Пий X благословил народ тоже лишь с балюстрады, восприняв роль пленника, которую исполняли его предшественники.
Это интермеццо также свидетельствует о том, что вставший во главе церкви бывший провинциальный приходской священник вообще не был знаком с курией и методами управления вселенской церковью. Пожалуй, именно это и его глубокая набожность способствовали тому, что пришедший извне человек, который глазами священника, знающего итальянскую действительность и повседневную жизнь церкви, понял такие внутренние проблемы церкви, которых не замечал беглый взгляд предшественника, мыслившего категориями европейского масштаба.
Пий X свой новый ватиканский курс начал с того, что сместил Рамполлу с должности главы Государственного секретариата, а его партию удалил из Ватикана. Государственным секретарем он избрал также аполитичного и глубоко консервативного испанского кардинала Мерри дель Валя. Все это свидетельствовало о том, что Пий X критически судил о политической активности своего предшественника, считал ее бесполезной, и свою задачу видел не в политической деятельности, а в проведении внутреннего обновления церкви.
В энциклике Пия X «Е supremi apostolatus cathedra», опубликованной 4 октября 1903 года в связи с его вступлением на престол, была изложена программа консервативного реформаторского папства. Ее центральной мыслью было: «Instaurare omnia in Christo!» («Все обновить во Христе!»), средствами и областью осуществления виделась не церковная политика, а углубление религиозной жизни и обновление пастырской деятельности, стремление сделать их эффективными. Так, энциклика считала важной задачей воспитание такого католического клира, который сначала в самом себе сформировал бы жизненные идеалы христианской святости, прежде чем приниматься за воспитание таких качеств в других. В отношении государственной власти Пий X проявил нейтральность, хотя и симпатизировал консервативным монархиям. В то же время он однозначно дал понять, что для выполнения церковного предназначения в роли духовного пастыря необходима полная свобода.
20 января 1904 года была издана конституция «Commissum nobis», в которой кардиналам под угрозой отлучения было запрещено представлять на конклаве вето иностранного государства. Тем самым было окончательно ликвидировано эксклюзивное право. Этим постановлением Пий X хотел оградить церковь от влияния светской власти (имея в виду, кстати, вето в отношении кандидатуры Рамполлы на последнем конклаве). В булле «Vacante sede apostolica» от 25 декабря 1904 года Пий X закрепил существовавший до того порядок избрания папы и в еще большей степени усилил положение о недопустимости оказания внешнего влияния на выборы.
Период от смерти папы до интронизации нового папы — sede vacante и конклав — протекает вплоть до наших дней по правилам, установленным Пием X. Как только папа умирает, его лицо немедленно покрывают белым саваном. Камерленго маленьким золотым молоточком три раза стучит по лбу умершего и обращается к нему по имени. Затем объявляет: «Папа действительно мертв!» После этого труп усопшего бальзамируют, переодевают и помещают на катафалк в базилике Святого Петра. Из папских регалий берут рыбацкий перстень (папский перстень с печаткой) и разламывают его. В период sede vacante (вакансии папского трона) церковью управляет комиссия кардиналов, состоящая из трех членов, во главе с камерленго. Функция кардинала-государственного секретаря со смертью папы автоматически прекращается.