Еще более одиозной была энциклика от 8 сентября 1907 года, начинавшаяся словами «Pascendi dominici gregis», которая со всей резкостью объявляла модернизм источником и скопищем всех ересей. Большая часть энциклики была сформулирована французским иезуитом кардиналом Бийо, который в 1927 году — из-за того, что Пий XI осудил «Французское действие» («Аксьон Франсез») — отказался от кардинальского звания. Согласно этой энциклике модернистом считается каждый, кто положительно относится к современным идеям. Энциклика «Pascendi» в значительной степени представляла собой комментарий к декрету «Lamentabili». Она состояла из двух частей. В первой, теоретической, части излагалась суть модернизма и давалась его критика как агностицизма, который исключает веру из средств познания. Во второй части энциклики перечислялись административные контрмеры, с помощью которых папа хотел уничтожить модернизм не только дидактическим способом, но и законодательным путем. Предписывалось подозреваемых в модернизме преподавателей удалять с кафедр; семинаристам запрещалось посещать лекции в светских университетах; ужесточалась церковная цензура. В каждой епархии, как того требовала энциклика, создавались так называемые consilium vigilantiae, в задачу которых входило отыскание следов модернизма.
Пий X ввел действительно духовную диктатуру. 7 марта 1908 года на празднике Святого Фомы в Риме торжественно был отлучен от церкви Луази. В Италии и Франции из университетов были удалены известные профессора. Папа объявил модернизмом и так называемый реформаторский католицизм, который хотел привести церковь в соответствие с прогрессом в общественной и политической области, не нанося ущерба традиционному учению церкви. В результате этого в «Индекс» попали книги немца Альберта Эрхардта «Католицизм и 20-й век», а также три работы венгра Оттокара Прохаски.
Во главе антимодернистских атак стоял кардинал Умберто Бенини. По настоянию интегристов 1 сентября 1910 года папа в послании, начинавшемся со слов «Sacrorum Antistium», потребовал, чтобы священники, префекты и теологи давали антимодернистскую присягу. Того, кто возражал, отлучали от церкви. Против модернистов была предпринята по масштабам и характеру настоящая средневековая травля, жертвами которой пало много таких теологов, которые обвинялись в ошибках лишь за то, что не поддержали неотомизм, хотя модернистами вообще не были. Кардинал Бенини — с ведома Пия X — создал тайную службу «Sodalitum Pianum», которая быстро превратилась в устрашающее учреждение. (Папа укрепил эту насчитывавшую около 1000 человек организацию, подчинив ее консисторской конгрегации.) Интегристская тайная служба имела досье на каждого чем-то выделяющегося теолога и церковного деятеля; ее филиалы действовали в Милане, Фрейбурге, Вене, Берлине, Кельне, Женеве, Брюсселе и Париже.
Пий X, используя также административные средства, ликвидировал модернизм, проявившийся в политическом католицизме. О возврате папы к реакционной соотносительно с эпохой политике свидетельствует тот факт, что во Франции на первых порах его симпатии были на стороне «Французского действия». В то же время в своем послании от 25 августа 1910 года, адресованном французским епископам, папа запретил движение прогрессивных католиков «Sillon». Но в католическом движении во Франции была потребность большая, чем когда-либо раньше. В 1904 году были прерваны дипломатические отношения со Святым престолом, национализированы церковные школы, а в 1905 году был принят закон об отделении церкви от государства. Закон обеспечивал свободу совести и вероисповедания, а также полную свободу церкви, но лишил ее государственной поддержки. В отделении церкви от государства папа видел лишь отрицательные стороны, поэтому в 1906 году он выступил против него и запретил также французским католикам организовываться в автономные церковные общества (энцикликами «Vehementer nos» и «Gravissimi officii numere»).
Противоречиво складывалась политика папства в Италии. Для осуждения итальянского модернизма существовали также политические причины. Мурри и итальянские христианские демократы противились тому, чтобы папа вмешивался в политические дела; они хотели организовать автономную, народную и демократическую партию. Однако папа упорно отклонял мысль о создании итальянской католической политической партии. Что касается основных принципов, то он был приверженцем «Non expedit!» («Не разрешать!») и верующих-католиков желал во всех отношениях подчинить иерархии. Органом этого движения было «Католическое действие», предложенное папой в троицын день, 11 июня 1905 года, в энциклике «Il fermo Proposito». В 1906 году папа осудил Мурри, а в 1907 — отстранил его от должности священника. В 1908 году Мурри и его единомышленники добровольно покинули церковь, но Пий X отлучил их от церкви, ибо Мурри дал согласие на избрание его депутатом парламента.