Иоанн XXIII издал всего восемь энциклик. Первая, программная энциклика «Ad Petri cathedram» издана 29 июня 1959 года: в ней объявление о созыве вселенского собора было связано с прокламированием мира и общественной справедливости, а также со служением экуменизму. Главную цель собора энциклика определяла как самопознание церкви, приближение ее к требованиям эпохи, обновление христианской жизни верующих.
В духе экуменизма папа Иоанн XXIII создал Секретариат Христианского Единства и в изданной в 1961 году энциклике «Aeterni Dei» изложил свою точку зрения об экуменизме. Во главе Секретариата он поставил кардинала Беа, лидера прогрессистов. Задача нового органа состояла в побуждении к диалогу между христианскими конфессиями. Под влиянием деятельности папы в Ватикане сложился новый экуменический дух; этот дух уже не нацеливался на возрождение завоеваний, а искал сближения между равноправными сторонами. В 1960 году папа Иоанн принял даже примаса англиканской церкви архиепископа Кентеберийского, продемонстрировав тем самым свою открытость для диалога.
В духе единства он говорил и о миссиях. 29 ноября 1959 года в своей энциклике «Princeps pastorum» Иоанн XXIII настаивал на участии недуховных лиц в миссионерской работе. Папа Иоанн существенно расширил кардинальскую коллегию и придал ей подлинно интернациональный характер. В декабре 1958 года число кардиналов впервые превысило традиционную цифру в 70 человек, а к 1962 году оно уже увеличилось с 75 до 87 членов.
Что касается теологических и философских взглядов папы, то они характеризовались приверженностью к традициям. Его традиционалистские позиции подтверждаются, например, тем, что в июле 1959 года он распорядился о роспуске французского движения священников-рабочих. В 1962 году в апостолической конституции он привлек внимание к культивированию латинского языка. Дух традиции пронизывал глубокую религиозность Иоанна XXIII. В центре ее были уважение к евхаристии и культ Девы Марии, что явствует из опубликованного духовного дневника папы. В изданной 1 августа 1959 года энциклике «Sacerdotii nostri praecordia» он высоко оценил спиритуализм, строго религиозный образ жизни священнослужителей. 26 сентября 1959 года в энциклике «Grata recordatio», гласящей о четках, он объявил октябрь месяцем молитв с четками. И наконец, в энциклике от 1 июля 1962 года «Poenitentiam agere», посвященной отпущению грехов, он призвал верующих молиться за успех вселенского собора. Эти энциклики ярко свидетельствуют о традиционалистских взглядах Иоанна XXIII. Не случайно и то, что одним из желаний папы Иоанна — хотя и неосуществленным — было причислить Пия IX к лику святых.
В то же самое время следует подчеркнуть, что еще ни один папа не осуществлял такого решительного поворота в политическом курсе — как в отношении международной, так и итальянской политики, — как Иоанн XXIII. Развернувшийся начиная с Тридентского собора и полностью осуществившийся на I Ватиканском соборе триумфализм к середине XX века ввергнул церковь в глубокий кризис. Иоанн XXIII нетерпеливо торопил: «Нужно, наконец, стряхнуть пыль императорских времен, осевшую на троне Святого Петра с правления Константина Великого». Теоретическую основу поворота, «отряхивания» константиновской пыли заложили современные теологические направления, в отношении которых папа Иоанн, несмотря на свой консерватизм в этой области, продемонстрировал понимание. Значительные энциклики Иоанна XXIII, посвященные общественным проблемам, миру и диалогу, показывают косвенное воздействие на него идей Карла Ранера и Ива Конгара. Особенно большое влияние оказывал на папу французский католицизм. Французские христианские демократы — и их идеи — составляли органическую часть Сопротивления. В 1950 году Пий XII подверг резкой критике журнал «Теологические новости», но Конгар, Ранер и их товарищи не отшатнулись от церкви. Папа Иоанн XXIII открыл перед их идеями ворота Ватикана и собора. Эти новые реформистские теологические распоряжения сыграли большую роль в том, что при папе Иоанне с помощью собора церковь стала открытой для мира, для науки. Основой новой позиции было признание объективной сущности процесса секуляризации. До этого большая часть подстерегающих церковь опасностей была представлена как воображаемые опасности, проистекающие из политических предрассудков, незнания действительности. Теперь возобладал новый методический подход: исходить из знания и понимания действительности. Раньше, особенно в эпоху Пиев, любая попытка, направленная против обособления, изоляции католиков от секуляризованного мира, терпела неудачу. Путь папы Иоанна и собора — это возврат в секуляризованный мир, присоединение к нему.