После смерти Иоанна XXIII конклав действительно избрал папой «намеченного им преемника» — им стал кардинал Джованни Баттиста Монтини. Уже в течение ряда лет он считался наиболее вероятным претендентом на папский престол и сознательно готовился к этой задаче. Программой Павла VI (1963–1978) было практическое осуществление дела папы Иоанна, успешное завершение собора и воплощение в жизнь его решений.
Монтини был выходцем из североитальянской буржуазной семьи; отец его, известный католический журналист, стал затем депутатом парламента. Свое образование юный Джованни в связи со слабым здоровьем в основном получил экстерном; его домашним учителем был французский маркиз. Монтини и в дальнейшем любил французов и французскую историю. (Так, например, он перевел на итальянский язык многие произведения Маритена.) Священником он стал, не проучившись ни в одной духовной семинарии, а папой стал, не выполняя никогда ранее духовно-пастырских функций. Он учился в римских университетах — Грегорианском и Сапиенце. С 1921 года он стал посещать Папскую академию, а в 1923 году — он уже на дипломатической службе: в течение шести месяцев находился в Варшавской нунциатуре. В 1924 году его отозвали в Рим, и он получил должность в аппарате статс-секретаря папы. 31 год без перерыва он прослужил в курии; из них 20 лет под руководством Пачелли и сумел подняться до одного из руководителей курии. Для Монтини идеал воплощался в Пачелли, и он не скрывал, что считает себя учеником Пачелли.
В 1937 году секретарем Конгрегации по чрезвычайным церковным делам стал Тардини, а на его бывшую должность — заместителя статс-секретаря — был назначен Монтини. Благодаря этому он стал ближайшим сотрудником тогдашнего статс-секретаря кардинала Пачелли. В 1938 году он сопровождал своего шефа в Будапешт на евхаристический конгресс. До 1954 года Монтини все выше и выше поднимался по куриальной лестнице. Еще в 1939 году Пий XII утвердил Тардини и Монтини в их должностях. Когда же в 1944 году статс-секретарь Мальони умер, первыми чиновниками курии стали Тардини в качестве секретаря по чрезвычайным церковным делам и Монтини в качестве секретаря по обычным церковным делам. Монтини стал руководителем курии Пия XII, а с 1952 года — заместителем статс-секретаря. (После смерти Мальони Пий XII уже больше не назначал кардинала-статс-секретаря.)
По своим индивидуальным качествам Монтини также походил на интеллектуального и аристократичного Пия XII. Совпадал и их стиль: их обоих характеризовали сложный способ выражения, эзоповский язык, употребление символов. Несмотря на внешнюю схожесть, в образе мышления обоих этих людей вскоре проявились существенные противоречия. Отдаление, вероятно, началось уже во время войны. Монтини в те годы удалился во «внутреннюю эмиграцию», не желая иметь ничего общего с фашизмом. Еще больше усилилось между ними непонимание после 1945 года по вопросу поведения в отношении коммунистов. Для Пия XII коммунизм означал несчастье рода человеческого, поскольку это учение, будучи атеистическим и материалистическим, отвергало веру. В 1949 году он сжег все мосты, которые позволили бы сблизиться с левым крылом. Монтини не разделял эту жесткую линию. Он увидел и оценил социальное и гуманистическое содержание коммунизма, которое, по его мнению, было родственно евангельскому учению. Пий XII мыслил эсхатологически; Монтини же был реалистом и исходил из потребностей мира.
Хотя подлинная причина разрыва между папой и Монтини и по сей день неизвестна, значительную роль в этом деле сыграл, вероятно, следующий инцидент. Монтини вступил в непосредственный контакт с тогдашним руководителем Итальянской Коммунистической партии — Тольятти и искал через него возможности сближения с социалистическими странами. Тардини, противник Монтини по курии, довел до сведения папы факт контактов Тольятти с Монтини. Это, очевидно, стало непосредственной политической причиной внезапного удаления Монтини из Ватикана. 1 ноября 1954 года папа назначил его архиепископом Милана. Но Пий XII был настолько сердит на него, что полагающийся архиепископу Милана сан кардинала он до конца своей жизни так и не даровал ему.
Папа Иоанн XXIII сразу исправил эту несправедливость: на первой же своей консистории он произвел в кардиналы миланского архиепископа. Взаимоотношения папы Иоанна и Монтини были весьма своеобразными, и все же их взгляды были достаточно близки друг другу. И хотя Монтини, даже став папой, неоднократно подражал Пию XII, все же он был скорее приверженцем взвешенного прогресса. Ему не хватало бездумной широкомасштабности и непосредственности папы Иоанна. Прежде чем принять решение, он долго раздумывал и взвешивал, сомневался, старался учесть все мелочи. «Миланский Гамлет», — шутливо говорил о нем Иоанн XXIII. Выбрав для себя имя Павла VI, Монтини хотел этим подчеркнуть, что новый папа — приверженец интеллектуального направления, представляемого апостолом Павлом.