Папа Григорий при практической реализации верховной власти, в ходе разнообразной экономической и церковно-административной деятельности опирался на хорошо развитую, централизованную бюрократию. Он укрепил папский чиновничий аппарат, так называемую курию. К концу VI века папы уже управляли мощной римской церковью, на них также лежали обязанности гражданского правосудия в Риме. В юрисдикции Григория как патриарха Запада находилась также главнейшая судебная власть над западными церквами. В конце концов управление разрозненными, крупными по размерам церковными поместьями, формирующимся patrimonium Sancti Petri (наследством Святого Петра), оказалось в руках пап. (Понятие «патримониум Санкти Петри» объясняется следующим образом: имущество, подаренное папе или каким-либо другим образом попавшее в его владение, передавалось, дарилось Петру, первому епископу, но не данному папе, который является лишь его преемником и как таковой управляет этим имуществом.)
Для выполнения все усложняющихся задач по управлению церковью, церковно-политических и складывающихся политических функций (главы государства) требовалась армия знающих чиновников. Папские учреждения организовывались по образу императорского управления, вероятно, с времен Дамаса I. Существовало две группы папских чиновников, образовавших две самостоятельные организации.
1. Писари (нотарии) работали в папских центральных учреждениях (курии). Курия состояла из 7 отделений, занимавшихся определенным кругом задач. Во главе того или иного отделения, подразделения стояли руководители — нотарии-регионарии. Начальник ведомства, охватывающего отделы писарей, назывался примицерий нотариорум, т. е. главный писарь.
2. Служащими вне курии являлись папские эмиссары (или дефензоры). Разбитые тоже на семь отделений, они работали под руководством дефензоров-регионариев; все семь отделений подчинялись примицерию-дефензоруму, т. е. главному эмиссару. В то время эти чиновники, как правило, набирались из представителей наиболее низкого по положению римского клира.
Эту чиновничью организацию дополнял византийский посол (апокрисарий), занимавший самый важный пост в папской внешней политике. Содержание армии чиновников обеспечивалось благодаря доходам с папских латифундий, также управляемых чиновниками. Работа папской администрации и церковного управления регулировалась различными кодексами законов, например сборником Canones apostolici (Апостольских правил), составленным уже упоминавшимся Дионисием Малым, а также кодексом Liber diurum, созданным еще, вероятно, при Григории I.
Во времена понтификата Григория римские иерархи начали превращаться в замкнутую касту, аристократический орден, обладающий исключительным правом избрания папы. Первоначально римского епископа избирали так же, как и любых других: клир (городское духовенство), соседние епископы и народ избирали епископа совместно. В V веке римская городская аристократия и высшая церковная иерархия фактически оттеснили народ от выборов, у него осталось лишь право выражать одобрение. С конца V века право избрания папы начали регламентировать. По мере укрепления власти пап сужался круг лиц, которые могли подать свой голос на выборах. Выборщиками все чаще становились лишь те, кто владел экономической и политической властью, — формирующееся дворянство и высшее духовенство, кардиналы.
Кардиналами (происходит от слова cardo, что означает угол двери — в переносном значении основу, то, на чем что-либо покоится) вначале называли римских клириков, постоянно служивших в главных римских церквах (закрепленных за ними — inkardinalt) и помогавших папе в церковном управлении. Так называли священников 25 главнейших римских церквей (имевших название); позднее — уже лишь первого из священников каждой такой церкви. (Кардиналами называли также священников, которые стояли во главе крупнейших епископских соборов, например, помимо Рима, — в Милане, Равенне, или некоторых немецких кафедральных соборов.) Однако в общем это название вплоть до XI века ограничивалось римской церковью.
Начиная с VI века было 7 региональных кардиналов-диаконов, позднее их число увеличилось до 12, затем к ним присоединили 6 палатинских кардиналов-диаконов. Последние в качестве преемников старых пресвитеров образовывали совет папы. Для обсуждения более важных дел, а позже для замещения папы при исполнении богослужений 7 епископов из провинций, окружавших Рим, также включались в кардинальский корпус. Их называли кардиналами-епископами.