При избрании папы Сергия II (844–847) произошли столкновения между аристократической и общенародной партиями Рима. Чтобы избежать двойных выборов, император Лотарь I вновь приказал посвящать в папы только в присутствии послов императора и с его разрешения. Однако теперь его распоряжение претворить в жизнь оказалось невозможным. При папе Сергии в 846 году сарацины продвинулись по Тибру до самого Рима, разрушив находившиеся за аврелиевскими стенами соборы Святого Петра и Святого Павла. (Первым из пап стал жить в Ватикане Симмах (498–514); обустраивать папскую резиденцию, находившуюся на Ватиканском холме, начали папы Адриан I и Лев III при помощи Карла Великого.) Папа Лев IV (847–855), опираясь на материальную помощь христианских правителей, с успехом вел борьбу с арабами; он возвел крепостные укрепления вокруг Ватикана. Эта часть города стала называться в честь его Леониной, городом Льва. Однако папы, за исключением непродолжительного времени, вплоть до переселения в Авиньон, жили в Латеранском дворце, именно здесь была их резиденция. Латеранский дворец находился от Ватикана относительно далеко, но это не было препятствием. При избрании папы Бенедикта III (855–858) римляне поддерживали его, а эмиссары императора — антипапу, Анастасия, который был ярым приверженцем предшествующего папы, Льва IV. В борьбе партий вновь противостояли друг другу сторонники бывшего папы и нового папы.
После этой сумятицы папский престол занял единственный выдающийся папа IX–X веков Николай I (858–867), который, возвратившись к идеям Льва I, Дамаса и Григория I, вновь выступил в качестве независимого правителя. Это нашло отражение и во внешних атрибутах. Согласно историческим исследованиям, именно он первым стал носить папскую корону. Папы с VII века носили белого цвета шлемовидный колпак. Начиная с Николая I нижняя часть головного убора стала обрамляться обручевидной короной, украшенной драгоценными камнями. Ее в начале XIV века переделали в тиару.
Папа Николай, преследуя далеко идущие цели, называл себя наместником Христа на земле (Vicarius Christi), власть которого исходит непосредственно от Бога. Его авторитет — это авторитет Бога, и на него возложена высочайшая поучающая власть, а раз так, то ему принадлежит верховная судебная и законодательная власть. Поэтому суждения и постановления папы равны по значению каноническим законам. Соборы служат лишь для обсуждения распоряжений папы. Николай I считал себя королем и священником (rex et sacerdos), передавшим светскую власть и вооруженные силы императору. Руководствуясь такими принципами, папа вмешивался в брачные дела франкской императорской семьи и выступал против партикулярных церковных сил.
Папа Николай I начал борьбу против самостоятельности складывавшихся в то время и нарушавших папский универсализм государственных и провинциальных церквей. Опираясь на местных епископов, папа стремился использовать центральную церковно-административную власть в отношении набирающих силу митрополитов. Так, он успешно лишил власти архиепископов Равеннского и Реймсского, противопоставивших себя Риму. (На Западе в те времена происходило преобразование митрополитской организации в архиепископства.)
Для обоснования и юридического формулирования властных претензий средневекового папства был использован так называемый Лжеисидоров сборник (декреталии) — собрание большей частью подложных папских писем и документов. Вероятно, он был сфабрикован между 847 и 852 годами на территории Реймсского архиепископства, а составителем его был некто, скрывавшийся под псевдонимом Исидор Меркатор. Сборник состоял из трех частей: 1) 60 папских писем от Климентия I (90–99?) до папы Мильтиада (311–314), «написанных» в эпоху раннего христианства. Все они без исключения сфабрикованы; 2) подделка, повествующая о так называемом «Константиновом даре», а также галльская переработка одного испанского сборника решений соборов; 3) папские декреты от Сильвестра I (314–335) до Григория I (590–604); 48 из них — безусловные подделки. Составление сборника подложных документов преследовало цель подтвердить верховную власть папы над епископами. Конкретная цель сборника — оказание поддержки сопротивлению местных епископов, выступавших против власти Реймского архиепископа. Папы сразу же увидели скрывающиеся в нем возможности. Папа Николай I, естественно, подчеркнул истинность вышеназванных документов. Для придания подделке достоверности ее автором объявили Исидора Севильского (умер в 633 году), который пользовался действительно высоким авторитетом. Фальшивую суть Лжеисидоровых декреталий в XV веке с полной несомненностью доказали кардинал Николай Кузанский (1401–1464) и другие. Но до того времени этот сборник уже оказал реальное воздействие на развитие средневековой церковной и политической жизни.