При Николае I произошел новый церковный разрыв с Востоком. Дискуссии между Византией и Римом формально носили теологический характер. Патриарх Фотий резко критиковал литургию западной церкви, целибат (безбрачие духовенства) и западное толкование догмата о Святой Троице. В 867 году на Константинопольском соборе было объявлено о низложении папы. Однако подлинной причиной дискуссий были острые противоречия между Византией и Римом в вопросе о власти на Балканах, теперь уже из-за Болгарии: болгарский царь Борис обратился в христианскую веру в соответствии с византийским обрядом, но, чтобы вывести свое царство из-под влияния византийских властей, он сблизился с латинской церковью, пытаясь использовать церковное верховенство Рима в качестве противовеса Византии.
Единство было достигнуто лишь ценою отступления Рима. При Адриане II (867–872) VIII вселенский (и в то же время последний всеправославный) собор, который состоялся в 870 году в Константинополе, отверг учение Фотия, а самого патриарха проклял и временно восстановил церковную общность с Римом. Но в то же время на соборе было объявлено решение, согласно которому церковь Болгарии относится к Константинопольскому патриархату.
Папы второй половины IX века использовали ослабление франкской империи для того, чтобы возвысить свою власть над властью императора, по крайней мере в принципе. На Западе церковь тогда уже заставила признать принцип, согласно которому только папа может короновать кого-либо в императоры. Хотя со времен Карла Великого существовала практика, в соответствии с которой император мог сам объявить своего сына соимператором, Лотарь I порвал с этим обычаем, и его сына короновал папа. При распаде имперской власти уже не император выдвигал понравившегося ему кандидата в папы, а папа короновал понравившегося ему кандидата в императоры. Так впервые произошло в 875 году, когда после смерти императора Людовика II из нескольких кандидатов папа Иоанн VIII (872–882) выбрал Карла Лысого. Новый император из чувства благодарности даже формально отказался от юрисдикции над папством и Римом. Папе Иоанну временно удалось восстановить суверенитет римского Святого престола.
В деятельности папы Иоанна VIII значительное внимание было уделено борьбе против арабов. Согласно Фульдской хронике, Иоанн VIII был отравлен своими римскими противниками 15 декабря 882 года. Таким образом, он стал первым в бесславной веренице пап средневековья, который сошел с престола Святого Петра не по причине естественной смерти, а как жертва насилия. Убийство папы Иоанна VIII явилось символической увертюрой к «мрачному веку» папства.
Подъем папства с помощью германо-римских императоров (X век)С конца IX века и вплоть до середины X века (с 882 по 963 год, то есть до вмешательства Оттона I) римский престол занимали 24 папы, которых историография католической церкви обобщенно назвала «плохими папами». Но папы были плохими не как личности, таковы были обстоятельства для папства. Империя распалась, практически прекратила существование. В Италии вновь возник политический вакуум. Византия уже не могла, а создаваемые новые феодальные государства еще не могли вовлечь папство в сферу своего влияния и в обмен на это защитить его. Но если прежде при вакууме власти папство укреплялось, то теперь это привело к его упадку. Заметно укрепились местные феодальные силы, в первую очередь аристократические партии Сполето и Тосканы, расположенные по соседству с Римом. Они захватывали папские владения и в соответствии со своими партийными интересами избирали или смещали, возвышали или убивали пап. Все крупные должности папской бюрократии (занимаемые чиновниками или высшим духовенством) со времен правления папы Сергия III (904–911) захватили давние враги Святого престола — аристократия. Итальянское королевство не могло обеспечить защиту папства, ибо итальянские короли с местопребыванием в Павии обладали не большей властью, чем герцоги и маркграфы. Они приезжали в окруженный со всех сторон врагами Рим только для того, чтобы короноваться в императоры и тем самым возвыситься над своими соперниками. Церковная дисциплина ослабла, папский двор стал местом распутства, убийств и интриг, церковный сан оказался предметом купли-продажи. Светская власть пап, становившаяся все более номинальной, вновь ограничилась лишь двумя римскими провинциями. Общий разброд усилился также в связи с тем, что в первой половине X века в Северной Италии появились мадьяры, совершавшие набеги на римские города, а затем в конце века на юге — еще более опасные завоеватели — норманны.