Однако Христианская республика (Respublica Christiana) существовала лишь теоретически. Итальянские феодальные государства (находившиеся в союзе с папой или враждовавшие с ним) оказались еще довольно сильными для того, чтобы сделать чужеземную (немецкую) власть в Риме неустойчивой. Как только Оттон удалился из Рима, пришлось бежать и папе. Даже более того, в 963 году сам папа, приверженец германского императора, испугавшись власти своего мецената, искал союза с прежними своими врагами против германского императора. В 963 году Оттону пришлось во второй раз войти в Рим, он низложил папу Иоанна XII и организовал формальный процесс против него. По желанию императора новым папой стал светский чиновник, римлянин, который назвался Львом VIII (963–965). Однако римляне подняли против него бунт еще тогда, когда император находился в пределах города. Бунт был подавлен, но, как только императорское войско ушло, пришлось бежать и Льву. Участники бунта были рассеяны Иоанном XII и его сторонниками, которые в 964 году легко вновь захватили Рим и снова признали Иоанна достойным папского звания. Теперь они организовали судебный процесс против папы Льва и его приверженцев. Однако расправа приняла чересчур большие размеры, и Иоанн XII до конца своей жизни страшился мести императора. (Этот папа умер в 964 году от апоплексического удара, который якобы настиг его во время прелюбодеяния, что современники восприняли как Божью кару.) Римляне вместо Иоанна избрали папой Бенедикта V, но летом 964 года вновь вернувшийся с войском император Оттон низложил Бенедикта V и отправил его в изгнание в далекий Гамбург. Император, естественно, привез с собой своего протеже, Льва VIII, и посадил его на папский престол. Эти смуты свидетельствуют о том, что удаленная Германская империя не служила надежной защитой для пап в их борьбе против местных феодальных партий.
Однако нельзя не отметить один из результатов действий императорских войск. Когда в 965 году скончался Лев VIII, римляне направили в Саксонию к императору свою делегацию, чтобы тот назвал своего кандидата. Намеченный императором Иоанн XIII (965–972) благодаря этому получил большинство голосов, таким образом, избрание было каноническим.
Император Оттон II (972–983) не очень занимался Италией, ибо дома его донимали свои противники. Это способствовало тому, что в Риме вновь к власти пришла партия аристократов. Почти полвека семейство Кресченциев распоряжалось папским престолом. Сын уже упоминавшейся выше Теодоры Младшей, Кресченций, велел заточить в Замок Святого Ангела и убить выдвинутого императором папу Бенедикта VI (973–974). Папу Бонифация VII из рода Кресченциев (973–984) войска императора в свою очередь изгнали из Рима, и Бонифаций, захватив церковные ценности, бежал, не останавливаясь до самой Византии. Вновь папство на протяжении многих десятилетий оказалось между молотом и наковальней, воюющими между собой германским императором и римской аристократией. В 983 году в Германии скончался Оттон II, и на троне оказался 3-летний Оттон III. Воспользовавшись этим, Кресченций путем убийства новых пап восстановили свою власть.
Положение изменилось лишь тогда, когда в 996 году Оттон III взял власть в свои руки и вновь навел порядок в Риме. Оттон, как только получил церковный сан его дальний родственник — немецкий епископ, возвел его на папский престол. Григорий V (996–999) был первым немцем, ставшим папой, за которым последовал затем целый ряд его соотечественников. Уверовавшая в поддержку Византии римская аристократия, возглавляемая Кресченцием, не хотела мириться с немецким господством. Папа, ставленник Оттона, был вновь изгнан, и на папский престол возведен антипапа. Но за это император страшно отомстил. В 998 году Кресченций был обезглавлен на крыше Замка Святого Ангела, антипапа (Иоанн XVI) — низложен, изувечен и, привязанный к спине осла, изгнан из города.
Оттон III не возобновил Оттонианум (Оттоновы привилегии) для пап, а полностью подчинил их своей власти. Он сделал попытку ликвидировать также власть крупных феодалов, но с небольшим успехом. Оттон возвел на папский престол под именем Сильвестра II своего приближенного, учителя и друга, француза Герберта, архиепископа Реймсского, занимавшего папский престол с 999 по 1003 год. Здесь прослеживается аналогия: император Оттон мнил себя новым Константином, во время правления которого папой был Сильвестр I. Император Оттон III и папа Сильвестр II мечтали о Христианской республике, и это воодушевляло их на реставрацию империи. Однако в 1002 году бунт римской аристократии побудил к бегству молодого императора-мечтателя и папу: их власть была еще недостаточной, чтобы держать в узде римлян.