Каждый член ранней христианской общины имел право проповедовать, обучать, быть целителем. В процессе преобразования движения и общин значение апостолов, пророков и целителей уменьшилось или изменилось. В соответствии с новым положением среди них установился свой иерархический порядок; по отношению к этой иерархии остальные были просто верующими (непосвященными), мирянами.
Но это было еще не полное отделение верующих от толкователей учения — ведь именно от духовенства апостол Павел требовал, чтобы они вели добропорядочную семейную жизнь. В первом послании к Тимофею мы можем прочесть строки, относящиеся к выбору епископа: «Но епископ должен быть непорочен, одной жены муж, трезв, целомудрен, благочинен (честен), страннолюбив, учителен» (1 Тим. 3:2). Там же о диаконе сказано: «Диакон должен быть муж одной жены, хорошо управляющий детьми и домом своим» (1 Тим. 3:12). Таким образом, строгое указание Павла было направлено только против многоженства, в нем ничего не говорилось о безбрачии, которое считалось скорее нежелательным для духовенства.
Выборные руководители христианских общин в интересах распространения веры и в целях подготовки соглашения с властями все сильнее «закручивали организационные гайки» и укрепляли дисциплину. Начиная с конца I века демократическую организацию древней церкви шаг за шагом вытесняло несмещаемое правление пресвитеров и епископов, которые учили, что свой авторитет они унаследовали от первых апостолов. С середины II века главным чином христианской общины и абсолютным авторитетом становится уже епископ, которого и дальше избирает формирующийся клир (духовенство) вместе с простыми прихожанами. Епископ становится высшим вероучителем и руководителем общины (хотя раньше он не был ни тем, ни другим). Он получает право судить и верующих, и пресвитеров. Реорганизация общин, разделение их на духовенство и просто верующих делает понятным, почему христианство, руководимое священниками, профессиональными грамотеями и толкователями текстов, стало сначала движением городским и интеллектуальным. (В провинции христианство не могло еще победить; там сохранилась еще старая религия, деревенская (paganus), отсюда и название язычников, в частности в венгерском языке: «поганые».)
С середины II века наступил новый этап централизации. К этому времени отдельные соседние общины вступили в тесный контакт друг с другом. Как правило, епископы городских, более богатых общин становятся предводителями и других окружающих общин. Процесс, очевидно, тесно связан с хозяйственной функцией епископа: экономический руководитель прихода становится и его абсолютным руководителем. Образующиеся в основном в городах епископаты показывают также, что в античном мире христианство было религией в первую очередь городского, промышленного населения. Во второй половине II века христианство по сравнению с предшествующим периодом, когда оно состояло из конкурирующих между собой и независимых друг от друга общин, превратилось в широкую сеть взаимосвязанных церквей. У общин отдельных регионов появились общие руководители в лице находившихся в городах епископов. Подчиненное епископу духовенство (клир) сложилось из пресвитеров и диаконов.
За этим организационным развитием внутри христианства скрывались социальные и идеологические перемены. В социальном составе церкви все большую роль приобретают те самые богатые и знатные, против которых еще век назад провозглашалась беспощадная борьба. С присоединением богачей увеличилась общинная собственность, а также и власть тех, кто ею управлял. Переплетению богатств с духовной властью способствовало, наконец, и то, что во многих случаях епископы изначально и сами были богатыми людьми. Идеологическую основу исторически складывавшейся епископской власти сконструировали уже позднее в организуемой церкви: епископская власть в создаваемых в это время евангелиях восходила через легендарных апостолов к самому Иисусу Христу. Так во второй половине II века закончился первый и наиболее важный период развития христианства: образовался институт епископата, а вместе с ним и церковь.
Процесс централизации внутри христианства протекал не одновременно. Вероятно, епископское направление сложилось раньше не в Риме, а на Востоке, в Малой Азии. Во второй половине II века христианское движение состояло из сети дисциплинированных местных церквей, которыми руководили связанные друг с другом епископы. Эта сеть стремилась быть единой в отношении догматов веры и организационных принципов; тем самым христианство оказалось способным противостоять кризису империи.