О римских епископах первых трех столетий мы мало что знаем, за исключением их имен, которые сохранены в так называемых папских каталогах. О первых папах нам известно скорее по легендам, сохранившимся в созданной лишь позднее «Liber Pontificalis» — «Книге первосвященников». Длительное время существовало представление, что первые три века существования папства были эпохой апостолов, периодом церкви катакомб и временем мученичества. Согласно каталогам, от Петра до папы Мильтиада (314 год) было 32 римских епископа. Двое из них кончили свою жизнь в ссылке, остальные же 30 приняли мученическую смерть. В действительности же о большинстве из них мы вообще не знаем, кто они были и как умерли. Из того, что римские епископы первых веков в соответствии с римскими законами были изолированы от публичной государственной и общественной жизни, еще не следует, что они были осуждены на смерть. В основном у ранних католических авторов можно прочесть, что своим стремительным распространением в империи христианство обязано преследованиям христиан и жертвам II–III веков.
И действительно, в духе римских законов, как только христиане выделились из иудаизма (который был признанной в империи религией), христианство сразу стало запретной религией, которую, как опасное для государства нововведение, официально преследовали. Противостояние вызвало то обстоятельство, что христиане отвергали жертву, официально приносимую богам, как это признавали и делали новые религии, просочившиеся в империю. Противоречия обернулись преследованиями тогда, когда культ императора стал всеобщим, против чего открыто выступало христианство, отвергавшее почести, приносимые императору как богу, считая это идолопоклонством.
Начавшееся в 64 году при Нероне преследование христиан, вероятно, не было всеобщим, а ограничивалось Римом и не затронуло массы людей. Те, кто отказывался от веры и приносил жертвы богам, получали от властей свидетельства об этом (либеллии). На протяжении двух веков (II и III) распространения христианства преследования христиан также не носили всеобщего характера. Римский император Домициан (81–96) действительно выступал против христиан, и Евсевий квалифицировал это как гонения на христиан. Известная переписка императора Траяна (98—117) с наместником Плинием о методах борьбы, применявшихся по отношению к христианам, показывает, что император склонялся скорее к ограничению возможностей выдвигать обвинения против христиан, поскольку он давал указание административным органам оставлять без внимания анонимные доносы на них. Марк Аврелий (161–168) также стремился умерить и как-то регулировать преследования христиан на местах (например, в Галлии).
Вероятно, Климент был первым римским епископом (90–97), который вмешивался во внутренние дела другой церкви. Провозглашенный Павлом в коринфской церкви в конце I века раскол наступил, и епископ обратился к Риму с тем, чтобы призвать к порядку верующих. Римский епископ в своем письме выразил согласие со своим коллегой и поддержал его. Во II веке римская община уже была сильной и многочисленной и притягивала к себе другие церкви. В отношении епископа Эвариста (97—105) известно, что он был избран всеми членами римской церковной общины. Вообще в первые века епископов избирал народ совместно с формирующимся клиром. Епископом мог быть избран любой из присутствующих верующих. (Важно также, что нельзя было избрать епископом лицо, принадлежащее к другой церкви. Позднее избираемыми могли быть только епископы клира, соответственно кто-то из епископов метропольной провинции.) В первые века избранными оказывались простые попы (священники) или диаконы. Только начиная с IV века становится системой, что на вакантное место епископа избирался, как правило, архидиакон, бывший до того помощником епископа, он и становился его преемником. Это одновременно означало укрепление иерархии и появление определенного элемента преемственности по наследованию. О епископе Александре (105–115) известно, что он происходил из аристократической римской семьи. А это уже признак того, что шел процесс социального расслоения римской католической общины.
На время избрания епископа Пия I (140–155) приходится первый раскол римской церкви. Связано это было с тем, что при выборах голоса разделились между двумя кандидатами и получивший большинство голосов Пий выступил в защиту официального учения против своего соперника, представлявшего лжеучение. Несмотря на то что в то время большинство епископов выходило из уже располагавших авторитетом пресвитеров, не всегда было ясно, который из них представляет истинное учение. Так, например, об епископе Элевтерии (174–189?) сохранилось мнение, что, даже будучи епископом, он делал послабления еретичеству.