Толпа аплодировала, веря, что солдаты разойдутся. Два пехотных корпуса уже отказались от марша на Марсель. Площадь перед префектурой была забита народом, уверенным в победе. Вдруг, к 10 часам вечера, появились пехотинцы со стороны Римской и Армянской улиц. Толпа зашумела и окружила их, когда многие пехотинцы подняли вверх приклады своих мушкетов. Один офицер, который гнал свою роту на атаку в штыки, рухнул, когда ему прострелили пулей голову. Его подчиненные кинулись на федералов, которые укрылись и были осаждены в префектуре. За ними последовали пехотинцы. На залпы национальных гвардейцев и пехотинцев с проспекта Бонапарта, а также из дома Неизвестных братьев федералы отвечали выстрелами из окон префектуры.
Перестрелка продолжалась два часа, федералы не получили подкреплений. Засев в префектуре, массивном квадратном здании, федералы, тем не менее, были обречены на поражение, лишенные продовольствия и достаточного количества боеприпасов. Достаточно было подождать, уперев приклад ружья в плечо, пока у защитников префектуры закончатся патроны. Но генерал Священное Сердце не удовлетворился бы частичной победой. Это была его первая кампания. Он жаждал крови и, больше всего, шума. С 11 часов он отдал приказ обстреливать префектуру с вершины Notre‑Dame‑de‑La Garde с дистанции около 500 метров. Открыл огонь и форт Св. Николы, но его пушки, менее дальнобойные, чем пушки Notre‑Dame‑de‑La Garde, посылали снаряды в дома аристократов на проспекте Бонапарта, убив одного из тех героических полицейских, который стрелял из–за спин солдат. В 3 часа над префектурой взвился флаг перемирия. Эспиван продолжал обстрел. К нему послали курьера, но он настаивал на безоговорочной сдаче защитников префектуры. В 5 часов здание прошили более чем 300 снарядов, ранив многих федералов. Защитники, оказавшись без поддержки, понемногу стали покидать префектуру. Она уже давно прекратила вести огонь, когда Эспиван все еще продолжал обстрел. Страх этого скота был так велик, что он продолжал обстрел до полуночи. В пол седьмого утра матросы с La Couronne и La Magnanime храбро пошли на штурм префектуры, свободной от всех своих защитников.
Они обнаружили заложников целыми и невредимыми, так же как стрелков, плененных утром. Тем не менее, иезуитские репрессии оказались жестокими. Полицейские производили аресты наугад и тащили свои жертвы в фонарный склад вокзала. Там офицер внимательно изучал пленников, подавал знак одному из них или другому выйти из строя и вышибал из него мозги. Следующими днями распространились слухи о массовых казнях в казармах, фортах и тюрьмах. Число погибших и пропавших без вести неизвестно, но оно превысило 150 человек, кроме того, было много скрывшихся раненых. Версальцы потеряли 30 убитых и 50 раненых. Более 900 человек были брошены в казематы замка Иф и форта Сент‑Никола. Кремье арестовали в доме привратника еврейского кладбища. Он добровольно сдался тем, кто его разыскивал, сохраняя свои убеждения и веру в справедливый суд. Храброго Этьена тоже взяли. Ландек, разумеется, сумел найти удобный момент, чтобы скрыться.
5‑го апреля Эспиван триумфально вошел в город под неистовое ликование реакционеров. Но с задних рядов толпы поднялись крики и гиканье людей, возмущенных убийствами. На площади Сент Ферреол был обстрелян капитан, народ забросал камнями окна дома, откуда приветствовали моряков.
Через два дня после военной операции муниципальный совет, по возвращении с La Couronne, высказался за наказание побежденных.
Национальных гвардейцев разоружили. Распоясавшимися реакционерами руководили иезуиты. Эспиван маршировал под аплодисменты и выкрики: — Слава Иисусу! Слава Священному сердцу! Клуб Национальной гвардии закрыли. Буше арестовали, а радикалы, униженные и преследуемые, снова увидели, чем оборачивается разрыв с народом.