Учение Гермогена восстанавливается, в первую очередь, на основании внушительной группы свидетельств, содержащихся в произведении, написанном против него Тертуллианом. Трактат «Против Гермогена» посвящен опровержению космологии этого еретика, по учению которого сотворение мира было осуществлено Богом не ex nihilo, на чем настаивало традиционное направление в Церкви, но из предсуществующей материи. Это была также основная концепция современного Гермогену среднего платонизма, присутствующая и у Алкиноя, и у Апулея, и у Аттика. Такая космогония, в случае Гермогена, опиралась на истолкование Книги Бытия, более логично интерпретирующее, по его мнению, смысл названного текста. Ибо, чтобы говорить о сотворении мира, с учетом того, что с необходимостью вытекает из понимания божественного Существа как трансцендентного и благого, необходимо в качестве второго начала постулировать существование несозданной материи — и только таким образом может быть обеспечена истинность представлений, согласно которым Бог неизменен, вечен и благ.
Библейским основанием для подобного учения о материи оказывается утверждение, что «земля» (то есть материя) была невидимой и бесформенной», как написано в Быт. 1, 2. Не говоря уже о прилагательных «невидимый» и «бесформенный», имперфект «была» обозначает вечность существования материи, в то время как то, что описывается в дальнейшем (Быт. 1, 2), напротив, обозначает материю, сформированную и упорядоченную в некий последующий момент времени (Тертуллиан, «Против Гермогена», 19,1—2). Материя, однако, является низшей по отношению к Богу (7,1). Это также среднеплатоническая концепция, поскольку в так называемой «доктрине о трех началах» среднего платонизма материя не обладает тем же достоинством, что и Бог, а в доктрине о двух богах космический бог всегда ниже, чем верховный бог; однако Тертуллиан возражает, что все это представляется невозможным, коль скоро речь идет о двух первоначалах, наделенных равными прерогативами, а именно — быть не сотворенными и вечными.
Как и среднеплатонический философ Аттик, Гермоген также предполагает существование некоего начала движения, иными словами, начала, связанного с божественной душой: последняя должна восприниматься раздельно по отношению к душе материи, которая пребывает в движении неупорядоченном и дисгармоничном. Разумная душа, быть может, должна отождествляться с Логосом, проницающим собою творение, которым он управляет согласно концепции, отголоски которой можно обнаружить также и в современной Гермогену апологетике. Посредством этого космического действия Бог делает так, что душа материи, которая сама по себе неупорядоченна и хаотична, оказывается причастна к божественной реальности в том же смысле, в каком современные Гермогену платоники (например, Плутарх и Нумений) понимали существование благой (разумной) космической души и злой (неразумной) космической души. Относительно другого вопроса, который вытекает из двух первых, а именно вопроса о происхождении человеческой души, мы не располагаем столь же обильной информацией, поскольку произведение, написанное на эту тему все тем же Тертуллианом («О происхождении дущи, против Гермогена»), до нас не дошло. По мнению ученых, Гермоген должен был бы говорить об аналогии между макро–и микрокосмосом, согласно которой человеческое тело происходит от материи, а человеческая душа — от дуновения Божия, о котором говорится в Быт. 2,7; эта концепция Гермогена находит себе подтверждение в позднем иудаизме. При возвращении Христа на небо Сын Божий должен был совлечься своего небесного тела — эта концепция не особенно отличается от той концепции платонической окрашенности, которой, как мы это видели выше, придерживался Апеллес. Таким образом, Гермоген должен расцениваться как мыслитель, чуждый гностицизму, по причине своего отказа от дуализма в любых его проявлениях (согласно Гермогену, существует только одно начало, а именно — Бог–Творец мира, причем материя не может рассматриваться в качестве некоего второго начала); в этом плане Гермоген уходит своими корнями в среднеплатоническую культуру II в. Гермоген пришел к христианству, отталкиваясь от платонизма так же, как это сделал Иустин, однако, став христианином, Гермоген оставался платоником в большей степени, чем Иустин. Исходя из того, что нам известно на основании соответствующих произведений Тертуллиана, основные интересы Гермогена были сконцентрированы на том, чтобы объяснить происхождение зла посредством учения о сотворении мира, а это была центральная проблема, вокруг которой вращалась как гностическая, так и платоническая мысль.