Некоторые элементы критики, направленной против вечности мира, можно, однако, проследить и в более раннем произведении Филопона, а именно в его комментарии на «Категории» Аристотеля. Фундаментальные принципы этого спора заключались в следующем: поборники вечности мира — в первую очередь платоники — основывали свой тезис на аргументе, согласно которому Демиург, если он таков постоянно, а не акцидентально, всегда должен действовать или, говоря иными словами, не может не действовать; христианские же писатели возражали на это, что Творец обладает творческой силой еше до самого акта творения, осуществленного Им во времени, сочтенным Им наиболее для этого уместным, поэтому Творец может творить или не творить сообразно со свободным решением Своей воли.
Философским подтекстом эти дебатов является, судя по всему, аристотелевское размышление над понятием δύναμις [силы / потенции / возможности], на что Филопон обращает особое внимание («Комментарии к “Категориям”», стр. 145, 2 и сл.). Действие Бога наблюдается в Его силе, в самом образе «действия» таких природных элементов, как огонь и снег: этот тип приведения примеров был обычен для изъяснения того, как действует Бог в силу Своего собственного бытия, а не в силу Своей воли. Сопоставление же Бога с врачом или с архитектором было излюбленным примером, приводимым теми, кто намеревался доказать, что Бог не всегда с необходимостью должен совершать Свое действие: это утверждалось еще Захарией Схоластиком. Филопон объясняет значение своей двойственной позиции по этому вопросу, твердо заявляя, что в Боге, в отличие от того, что случается в разумных творениях, наличествует полная и всецелая уравновещенность между волей и силой, а потому было бы абсурдно, чтобы Бог имел произволение на то, что Он не способен сделать, или чтобы Он был неспособен сделать то, на что Он имеет произволение. Таким образом, на повестку дня снова становится то тесное отношение между волей и совершительной силой, которое автор «Вопросов христиан к язычникам» приписываемых Феодориту, стремился отрицать (см. выше, стр. 745—746). Аргументация Филопона прибегает к детализированному анализу касательно различных терминов, обозначающих волю и, следовательно, обслуживающих понятие «свободного выбора»; в этом он подхватывает проблематику, с которой уже имел дело его учитель Аммоний. Последний, действительно, комментируя трактат Аристотеля «Об истолковании», углубил тему божественной деятельности в рамках уточнения понятия «возможного»:
«Как было ранее установлено с привлечением многочисленных аргументов, мы действительно хозяева нашего свободного выбора и нам дано делать или не делать всё, что происходит в результате свободного выбора. Но касательно богов что нам сказать? И Александр [надо понимать — Афродисийский] испытывает аналогичные затруднения: или же мы возьмемся утверждать, что их силы не сопровождаются размышлением, если они ограничены и всегда тождественны самим себе, или же, если они сопровождаются рассуждением, мы признаем, что и они допускают в себе противоположности» (стр. 242, 24 и сл. Busse).
Чтобы продемонстрировать смысл своего собственного обращения в христианство, Иоанн Филопон пишет сочинение именно против Прокла, то есть против одного из признанных учителей языческого неоплатонизма той эпохи. В нем («О вечности мира, против Прокла») он возвращается к проблеме, бывшей предметом частых дебатов начиная со времен Аристотеля, а именно — к проблеме того, как следует интерпретировать так называемое «сотворение мира», о котором говорится в «Тимее»; следует ли (чтобы упростить проблему) понимать деятельность демиурга как истинный и подлинный акт творения или же творение должно пониматься как некий способ выявления онтологической зависимости мира от своей причины? Большинство экзегетов–платоников склонялись ко второму пути: для Аммония Александрийского и для раннего Филопона то, что содержалось в «Тимее», было лишь «мифом». И напротив, в период, последовавший за 529 г., наш писатель решительно отдалился от платоновской космологии. Вместо этого он примыкает к аристотелизму, притом что Стагирит первым отверг любую «аллегорическую» интерпретацию «Тимея», но понимал «буквально» сотворение мира именно ради того, чтобы его опровергнуть. Следовательно, Филопон, став христианином, отметает идею совечности демиурга и мира.