В результате Франция перестала поддерживать польские легионы. При этом было довольно странным ее решение, когда, объявив амнистию жителям оккупированных стран, она не предоставила ее легионерам, набранным из австрийской армии. Поэтому рядовые легионеры из-за боязни подвергнуться суровым военным наказаниям не могли вернуться на родину. Офицеров же, приехавших из Польши, бросать на произвол судьбы было тоже нельзя. В итоге легионы сохранились, для чего нашлась лазейка – они ведь находились на жалованье итальянских республик, и формально Франция отношения к ним не имела.
Никто не верил в постоянный мир, хотя он и был таковым провозглашен. Поэтому легионы продолжали существовать в неопределенности. Однако родина стоила того, чтобы рискнуть, и к этому были готовы несколько сотен польских офицеров и тысячи солдат.
Чувствительный удар по легионам нанесла экспедиция Бонапарта в Египет в мае 1798 года. Запертый там с большой армией в результате разгрома в августе англичанами французского флота под Абукиром, он перестал оказывать большое влияние на территорию Европы своим военным гением, и враги Франции вздохнули с облегчением.
В России после смерти Екатерины II с 17 ноября 1796 года воцарился Павел I. Бросаясь из одной крайности в другую, он начал со сближения через Пруссию с Францией. Однако, испугавшись похода Бонапарта в Египет, нанесшего удар по влиянию России на Востоке, Павел I пошел на союз с Австрией и заключил с ней в сентябре 1798 года Конвенцию, породив тем самым вторую коалицию против Франции. Когда же Австрия в марте 1799 года снова начала войну с Францией, он послал ей на помощь сильную армию под командованием Суворова.
Бонапарт отсутствовал, и тогда в победных сражениях при Треббии в июне и при Нови в августе объединенные русско-австрийские войска разгромили французов, а также помогавших им итальянцев и поляков, очистив от них Италию. Тем не менее на полях сражений этой проигранной кампании польские легионы покрыли себя неувядаемой славой. Один из них, посланный для защиты Римской республики19 от короля Неаполя Фердинанда IV, даже временно занял Рим. Он храбро сражался на стороне французской армии, а затем вернулся на север для подготовки большой переправы.
Легионы принимали участие во всех кровопролитных битвах, отличаясь высокой дисциплинированностью и мужеством, а также блестящими военными талантами своих командиров. Однако на полях сражений их численность таяла. Так, один батальон, запертый в городе Мантуя в результате его капитуляции 30 июля 1799 года, попал в руки австрийцев, жестоко расправившихся с галицкими дезертирами. Остатки легионов укрылись в Генуе вместе с французской армией и стали ее защищать. Обескровленные и разбитые, они требовали полной реорганизации, что и предпринял Домбровский, с большим трудом получивший на это средства в феврале 1800 года.
Тем временем военная удача переменилась. Между русскими и австрийскими войсками возникли трения, и Суворов, оставив завершение войны в Италии Австрии, направился в Швейцарию с тем, чтобы, объединившись с находившимся там генералом Римским-Корсаковым, вторгнуться во Францию. Однако он опоздал, так как в сентябре 1799 года Римский-Корсаков был разбит генералом Массена под Цюрихом. Вследствие этого Суворов оказался в трудном положении и уже в октябре начал отвод войск в Россию.
Австрийцы в Италии остались в одиночестве, но еще были хозяевами положения. Однако в том же месяце Бонапарт внезапно вернулся из Египта и 9 ноября 1799 года совершил государственный переворот. Отстранив от власти Директорию и взяв бразды правления в свои руки в качестве первого консула французского правительства, он, как некогда Ганнибал, перевалил через Альпы и в июне 1800 года наголову разбил австрийские войска в битве при Маренго, а затем занял всю Италию.
Только что реорганизованным легионам Домбровского не довелось участвовать в сражении при Маренго. Однако, когда другая французская армия под командованием генерала Моро направилась в Германию для войны с Австрией, французское правительство придало ей получивший название «наддунайский»20 польский легион под командованием генерала Кароля Отто Княжевича. Уже 3 декабря этот легион принял участие в крупном сражении возле местечка Хоэнлинден неподалеку от Мюнхена, отличившись атакой на тылы австрийских войск.