Ранее уже говорилось, что еще до прибытия Костюшко в Польше столкнулись друг с другом сторонники двух направлений. Первые придерживались лозунгов конституции 3 мая и не хотели выходить за их пределы, то есть придерживались монархической формы правления и сохранения крепостничества, а вторые выступали под лозунгами восстания 1794 года, то есть республиканской формы правления и освобождения крестьянства, считая, что иначе поляки не могут рассчитывать на поддержку революционной Франции. С последними и пошел, наконец, Костюшко, вступив в ноябре 1799 года в варшавское Общество польских республиканцев, которое провозгласило «ненависть к монархизму, освобождение нации и создание национального правительства по принципу подлинного равенства и соблюдения прав человека».
Согласившись с этим лозунгом, Костюшко сразу же столкнулся с Княжевичем, который доказывал ему, что Франция из-за поляков войну никому не объявит и что Польшу могут возродить только общие интересы Франции с одной из разделивших Речь Посполитую держав. Не желая этого признавать, Костюшко призвал легионеров поклясться в ненависти к королям и аристократии, но, услышав от Бонапарта, что спасение Польши должно быть предоставлено ее дальнейшей судьбе, перестал ему досаждать, хотя первый встречный шаг он сделал еще тогда, когда тот провозгласил себя консулом.
Случилось так, что император Павел I после похода Суворова в Италию и русско-английской военной кампании в Нидерландах, а также после великой победы Бонапарта при Маренго отвернулся от коалиции с Англией и Австрией и повернулся к Бонапарту. Тот же не преминул воспользоваться такой ситуацией и для достижения всеобщего мира даже был готов согласиться на создание Польши под скипетром царя или одного из его сыновей. Этого уже принять Костюшко не смог и в 1800 году вместе со своим ближайшим окружением издал брошюру под названием «Могут ли поляки добиться независимости?».
Его ответ на этот вопрос заключался в утверждении, что польский народ достичь независимости может только своими собственными силами, а не за счет иностранной поддержки. При этом подчеркивалось, что для того, чтобы просветить народ, его нужно сначала освободить. Поэтому необходимо новое восстание, которое легко и обязательно увенчается полным успехом. Ведь страны, поделившие между собой Польшу, могут использовать только 450 000 солдат, тогда как Польша способна выставить три или по крайней мере один миллион человек, вооруженных косами. Причем сначала нужно разместить партизан в лесах, а затем провозгласить свободу в самих оккупационных государствах, революционизируя московских крестьян, казаков и так далее. Брошюра заканчивалась обращением к полякам, чтобы они не ждали никаких обстоятельств и не обращали внимания ни на чью-либо войну или мир: «Силы у вас огромные. Используйте их против ваших врагов, и вы победите!»
Однако Костюшко просчитался, когда призвал вооружаться косами и немедленно подниматься на восстание поколение, испытавшее на себе последствия восстания 1794 года, научившееся затем жесткому военному искусству в легионах и ощутившее на себе чудовищное насилие со стороны стран, разделивших Польшу. Против его брошюры выступили легионеры, а также те, кто в варшавском Обществе польских республиканцев составлял союзы и заговоры, но ожидал начала войны между разделившими Речь Посполитую государствами. В конечном итоге победила парижская Депутация, и ее члены во главе с Дмоховским вскоре вернулись на родину.
Костюшко остался в одиночестве, и от большой политики ему пришлось отказаться. Тем не менее его многократно переизданная брошюра польским обществом не осталась незамеченной. Однако наступили времена романтизма, когда силы начали сравниваться с намерениями, а место практической политики заняло участие в игре в патриотизм, и принцип liberum conspire (свобода организовывать заговоры и восстания) стал такой же политической догмой, как некогда liberum veto. В результате борьба под лозунгом, выдвинутым в брошюре Костюшко, оказалась передвинутой во вторую половину XIX века.
Между тем политика компромиссов с Россией, против которой больше всего выступал Костюшко, переживала редкий триумф. Но внезапно уже довольно тесный союз между Павлом I и Бонапартом был разорван в связи с неожиданной смертью русского императоpa, который, настроив против себя своей изменчивостью и мнительностью придворную олигархию, погиб от ее руки, будучи задушенным 23 марта 1801 года. После него русский трон занял его старший сын Александр, замаравший себя участием в заговоре против своего отца.