Накануне войны председателем Государственного совета и одновременно Совета министров он назначил одаренного и просвещенного Станислава Костку Потоцкого, но ни ему, ни Совету министров не доверял настолько, чтобы предоставить им в свое отсутствие более широкие полномочия. Поэтому Фридрих Август передал их более крупному органу – Государственному совету, где государственные советники заседали вместе с министрами. Но это не прибавило уважения правительству, которое обвиняли в нехватке энергии. Тогда французский резидент Серра зашел так далеко, что с помощью оппозиции захотел подчинить себе правительство, для чего задумал использовать созданный в Варшаве для ее обороны директорат и распространить его власть на всю страну. После же оставления польской армией Варшавы он попытался сформировать правительство в городе Тыкоцин. В свою очередь, министры, не пришедшие к единому мнению, стоит ли им оставаться в Варшаве, где они могли превратиться в игрушку в руках австрийцев, переехали в Торунь, а затем в Тыкоцин.
Не лучше обстояли дела и в Галиции, где князь Юзеф учредил Центральное правительство под руководством владельца майората Станислава Замойского. Причем этот Замойский решил править сам, опираясь на постановления четырехлетнего сейма, а поэтому быстро вступил в столкновение с армией и князем Юзефом, который, невзирая на свои политические убеждения, тоже пользовался услугами варшавских республиканцев и даже доверил одному из них, а именно Городискому, вопросы снабжения войск.
При этом князь Юзеф взял гражданскую власть в свои руки и осуществлял ее с помощью военных не только в Галиции, но после отвоевания Варшавы и во всем герцогстве. Причем против такого военного правления поступали многочисленные жалобы, главным образом на расточительность и чрезмерные поставки.
Недовольные сгруппировались вокруг Замойского, а когда князь Юзеф не принял Коллонтая, докучавшего ему своими советами, тот обиделся, отправился к Замойскому и по договоренности с ним предъявил обвинение Понятовскому, которое Замойский передал королю. Между тем у Фридриха Августа были основания обижаться на князя Юзефа, который, возгордившись своей победой, полностью игнорировал находившегося вдали от полей сражений короля, не передавал ему приказы на подпись и не упоминал его имя в своих приказах. Однако королю, отстранившемуся от войны, было трудно бороться с победившим в ней лидером.
Окончание войны и решение о присоединении к герцогству Западной Галиции не положили конец этому разладу – возник новый вопрос о том, на каких основах осуществить присоединение этой территории, которая более четырнадцати лет развивалась отдельно от Польши. При этом поляки из Галиции выдвинули идею о создании комиссии в составе шести членов – по три из герцогства и Галиции, которая бы занялась данным вопросом и разработала бы необходимые изменения в конституции.
Предложение было вполне естественным, но в тех условиях это привело бы к бесконечным и безрезультативным совещаниям, так как на них сторонники конституции 3 мая без Поланецкого универсала выступали бы против конституции герцогства и Кодекса Наполеона. Хорошо еще, что король под влиянием Наполеона пресек эти попытки, 7 декабря 1809 года своим указом присоединил Галицию к герцогству и, распустив временное правительство, подчинил его министрам герцогства и его Государственному совету. Распространив другим декретом конституцию герцогства на присоединенные территории, он создал четыре новых департамента, увеличив число дворянских депутатов на сто, депутатов тминных собраний на шестьдесят шесть, а сенаторов на тридцать человек.
В 1810 году Государственный совет получил детально продуманную внутреннюю организацию всех отделов по направлениям их работы.
1812 год
1809 год не укрепил дружбу между Александром и Наполеоном, а увеличившееся вдвое Великое герцогство Варшавское не стало тем звеном, которое бы их связывало. Обязанное своим возникновением Наполеону, оно со своей уже шестидесятитысячной армией образовало его форпост на востоке, к которому обращались помыслы и сердца поляков в западных губерниях России.
В случае войны эти губернии вместе с герцогством могли стать на сторону Наполеона, создавая тем самым внутреннюю опасность для Российского государства, а этого Александр и его придворная олигархия допустить не могли. Польша в их глазах представала как единое целое, и было ясно, что распоряжаться ею мог только один правитель – Наполеон или Александр. При этом Наполеон в интересах крепкой, настоящей дружбы с Александром, за то, что тот разделил с ним свою власть над миром, готов был пожертвовать Польшей. Но после того, как Александр в 1806 году отклонил сделанное ему предложение, и после 1809 года осуществить подобное стало намного труднее. Ведь теперь такое могло быть осуществлено только с согласия герцогства, которое, вероятно, можно было получить после передачи Польше западных губерний.