Извлекая из памяти польских исторических воспоминаний «конфедерацию», Наполеон придавал ей магическое значение, которого у нее не было, как не было его и у «народного ополчения». При этом он и не думал передавать власть данной конфедерации и ее совету и упразднять действовавшее правительство герцогства, так как такое могло вызвать только ненужную путаницу. Поэтому, войдя в Вильно, он учредил в Литве тоже временное правительство из местных жителей. Конфедерация же должна была служить только интересам политической пропаганды с целью привлечения литовских поляков к борьбе. И это ему в какой-то мере удалось.
Однако если большинство литовских дворян за Наполеоном все же не пошло, то и он, несмотря на все свидетельства верности и преданности со стороны герцогства, полякам, их армии и даже князю Юзефу не верил, подозревая их в том, что они в любой момент могут переметнуться к Александру. В Литве же в отношении его начинаний дворянству не хватало энтузиазма, и поэтому Наполеон литовским полякам тоже не доверял. Все это и стало одной из многих, если не главной причиной поражения, которое постигло не только его, но и поляков.
Не доверяя полякам, Наполеон из части их армии создал только польский корпус под командованием князя Юзефа, который состоял из трех дивизий – Домбровского, Княжевича и Зайончека – общей численностью в 32 000 человек и 70 пушек, а остальные польские полки распределил среди разных французских корпусов и дивизий. Причем всех поляков он выдвинул вперед, желая, чтобы они находились в первом эшелоне и в первых рядах бились за свое дело, что они блестяще и делали. Однако благоразумие требовало, чтобы в тылу французской армии, а именно в Литве, была оставлена хотя бы одна польская дивизия.
Опираясь на эту дивизию, созданное в Вильно польское правительство могло бы формировать новые польские полки, бороться со следовавшими за армией мародерами и в нужное время отразить русские войска при их попытке пробиться с юга в тыл французской армии. Однако Наполеон не захотел поручать ему столь важные задачи, которые могли выполнить только верные польские части. В странном ослеплении он поручил охрану тыла армии от вторжений русских войск с юга союзному австрийскому корпусу под командованием генерала Шварценберга, коварно его предавшему.
Между тем в этом тылу, а именно в Литве, дела обстояли плохо. Польские полки формировались, но довольно вяло, а правительство должной энергии, какую Наполеон от него ожидал при сборе припасов, не развило. Поэтому его председателем сделали французского генерала. К тому же литовское дворянство не желало идти офицерами в жандармерию, считая это оскорблением своего достоинства, хотя такая жандармерия могла стать эффективной защитой не только для воюющей армии, но и для местного населения.
Ведь французских солдат и их немецких союзников стала охватывать деморализация. Как только они переправились через Неман, то сразу же начали дезертировать из армии, создавать банды, грабить и убивать. И такое объяснялось тем, что солдатам, особенно из числа немцев, войны уже надоели и они жаждали вернуться домой с добычей. Поэтому для борьбы с мародерами требовалось снаряжать специальные карательные отряды.
Ситуацию обостряла и смута. Когда наполеоновская армия подошла к Литве, то среди литовских крестьян, все еще находившихся в полной крепостной зависимости, но знавших о ее упразднении в герцогстве, самопроизвольно возникло или было кем-то спровоцировано соответствующее движение. В результате войну с Россией литовское крестьянство восприняло как сигнал для борьбы за свое освобождение, что привело к вспыхиванию самопроизвольных крестьянских бунтов. И хотя они были подавлены, литовские дворяне понимали, что сохранения крепостничества они могут ожидать только от русского императора. Таким образом, вопрос о крепостной зависимости крестьян, не решенный перед падением польского государства, превратился в препятствие на пути его возрождения.
Наступила настоящая катастрофа и даже нечто более страшное. Ведь пятисоттысячная армия не способствовала, а скорее препятствовала достижению победы. Причиной же этого явилось то, что Наполеон выступил с ней, не заготовив припасов, а объяснялось такое тем, что, ведя до сих пор войны в богатых странах, он обеспечивал себе провиант за счет них. Литва же такого дать ему не могла, поскольку войско Александра I, отступив из нее за Днепр и Двину, забрало с собой все, что могло, а остальное уничтожило.