Весьма плодотворной и ценной была деятельность Митрополита Елевферия по окормлению бывших униатских приходов, воссоединившихся с Православной Церковью в результате решений Прешовского Собора 1950 года. С большой духовной радостью и любовью приветствуя участников Собора, собравшихся после его деяний в бывшем греко–католическом кафедральном соборе г. Прешова для совершения благодарственного молебна, Экзарх сказал: «Принятое вами сегодня историческое решение воссоединиться с Православной Церковью является воистину исполнением святых заветов Божественного нашего Учителя Господа Иисуса Христа «да будут все едино» (Ин. 17,11–20). Сегодня своим единодушием вы исполняете все эти заветы, и радуется вся наша Православная Церковь, с любовью принимая вас в свои материнские объятия… Да будет же неизменно и непреклонно это ваше решение! Да будете тверды в православной вере и верны Святой Православной Церкви. Пусть пребывание ваше в лоне Ее приносит вам всегда великую духовную радость и утешение и ведет верным путем к вечному и блаженному Царствию Христову!» [658]
Церковная жизнь Православной Церкви в Чехословакии неустанными заботами Митрополита Елевферия постепенно налаживалась, увеличивалось число паствы и пастырей. Экзархат расширился от двух до четырех епархий. В 1951 г. на Соборе Митрополит Елевферий открытым голосованием был единодушно избран главой автокефальной Чехословацкой Православной Церкви. Этот же Собор принял «Устав Православной Церкви в Чехословакии», разработанный под руководством и при участии Митрополита Елевферия. Его заботами был издан круг православных богослужебных книг на церковно–славянском языке под названием «Великий сборник», стал выходить журнал «Голос Православия», был открыт Православный Богословский факультет в Прешове. Первым доктором богословия (гонорис кауза) данного факультета был избран 24 апреля 1952 г. Митрополит Елевферий. (Его докторскую речь «О задачах современной проповеди» см. в июньском номере журнала «Голос Православия» за 1952 г.). В качестве награды от Церкви он получил орден свв. братьев Кирилла и Мефодия I степени. А в июле 1956 г. правительство Чехословацкой Республики наградило его Орденом Республики.
В 1955 г. в связи с перенесенным инфарктом миокарда Митрополит Елевферий прибыл в Москву для продолжительного лечения и отдыха, а в конце этого года сложил с себя обязанности главы Православной Чехословацкой Церкви и был назначен на Ленинградскую кафедру.
Митрополит Елевферий принимал активное участие в деле защиты мира. По его инициативе при Синоде Православной Чехословацкой Церкви была создана Постоянная комиссия по вопросам участия Церкви в борьбе за мир, а во всех епархиальных центрах — епархиальные комиссии мира, в задачу которых входило руководство всей церковно–приходской работой соответственно высокой цели: организация совещаний, проведение бесед и произношение проповедей в церквах. В бытность митрополитом Ленинградским и Ладожским он состоял членом Ленинградского областного комитета мира. Скончался 27 марта 1959 г.
17 мая 1956 г. Предстоятелем Православной Чехословацкой Церкви был избран епископ Жатецкий Иоанн, который занимал этот пост до 1964 г., когда в связи с недомоганием вернулся в Советский Союз. Митрополит Иоанн (В миру Михаил Иванович Кухтин) родился в 1901 г. в Ростовской области в семье священника. Учился в Духовном училище, потом в Новочеркасской Духовной Семинарии, которую не успел закончить. В 1920 г. Михаилу Кухтину пришлось выехать в Грецию, а через два года — в Югославию, где в 1926 г. он окончил Призренскую Духовную Семинарию. В 1927 г. принял монашество с именем Иоанн и Вскоре епископом Нишским Досифеем был рукоположен в сан иеродиакона и иеромонаха. В 1936 г. закончил Православный Богословский факультет в Белграде. Проживая до 1950 г. в Югославии, трудился в качестве преподавателя монашеских школ, настоятеля монастыря в Дечанах, приходского священника, профессора Призренской Духовной Семинарии. В 1950 г. он переехал в Болгарию, откуда через полтора года был вызван в Чехословакию Митрополитом Пражским Елевферием. Здесь отец Иоанн был назначен сначала на должность воспитателя студентов Православного Богословского факультета в Прешове, а затем — на должность доцента того же факультета. В октябре 1954 г. архимандрит Иоанн был рукоположен в сан епископа Жатецкого с местопребыванием в Праге. 20 мая 1956 г. в кафедральном храме свв. Кирилла и Мефодия в Праге состоялась торжественная интронизация его.