Возможно, что это было одной из причин, побудивших Ф. Бернье в том же году отправиться в Сирию и Палестину. В 1655 г. он вернулся во Францию и принял участие в похоронах П. Гассенди. В следующем году он уехал в Египет, где почти год прожил в Каире, затем из Суэца отправился в Аравию, вначале в Джидду, в которой задержался на пять недель, затем в Моху и оттуда отплыл в Индию. В конце 1658 г. или начале 1659 г. он достиг Сурата, бывшего тогда одним из важнейших центров деятельности европейских торговых компаний в Индии, а затем направился в глубь страны, стремясь добраться до столиц — Агры и Дели.
Большая часть Индии входила тогда в состав государства, известного в европейской литературе под названием империи Великого Могола. Начало ее было положено в 1526 г. правителем вначале Ферганы, затем Кабула Бабуром. В 1530 г. ему наследовал сын Хумаюн, который в 1539 г. был отстранен от власти Шер-ханом Суром, принявшим титул Шер-шаха. Через десять лет после смерти Шер-шаха в 1555 г. Хумаюн вернулся к власти. В 1556 г. ему наследовал сын — Акбар, значительно расширивший пределы государства. Затем наступило царствование одного из его сыновей — Джахангира (1605-1627). За ним начал править его сын — Шах-Джахан. В сентябре 1657 г. в возрасте 64 лет он заболел, и между четырьмя его сыновьями — Дарой Шукохом, Султан-Шуджей, Аурангзебом и Мурад-Бахшем началась борьба за власть.
Победу в междоусобной борьбе одержал третий сын Шах-Джахана — Аурангзеб. В июне 1659 г. он короновался и принял титул Аламгира — Завоевателя мира. Два его брата (Дара и Мурад-Бахш) были схвачены и лишены жизни, третий (Султан-Шуджа) бежал за пределы страны, где погиб. Выздоровевший же к тому времени Шах-Джахан был заключен сыном в крепость Агры, где и оставался до самой смерти (1666).
Еще до воцарения Аурангзеба во второй половине марта 1659 г. Ф. Бернье по пути в столицу встретился с одним из претендентов на престол — старшим сыном Шах-Джахана Дарой, оказал медицинскую помощь одной из его жен и получил приглашение поступить к нему на службу в качестве врача. Расставшись на четвертый день с Дарой, Ф. Бернье через две-три недели достиг Дели, который стал резиденцией нового Великого Могола. Там он был свидетелем, как в том же самом 1659 г. по повелению Аурангзеба предательски схваченного Дару вместе с внуком с позором провезли по городу.
В Дели Ф. Бернье нашел покровителя, в роли которого выступил один из приближенных Аурангзеба — персидский купец Мухаммед Шафи, получивший еще от Шах-Джахана титул Данешменд-хана. Ф. Бернье становится его домашним врачом и ведет с ним пространные разговоры на самые различные темы, прежде всего о философии Р. Декарта и П. Гассенди. Вместе с тем Ф. Бернье получил должность врача при дворе Аурангзеба. В результате французский путешественник занял такое положение в империи, которое позволило ему посетить множество городов и деревень, расположенных в самых разных областях Индии, и обстоятельно ознакомиться с политической и экономической жизнью страны и ее общественным строем. 1 июля 1663 г. он пишет из Дели письмо Ф. де Ла Мот ле Вайе, в котором описывает и этот город, и Агру и приводит массу подробностей о разных сторонах порядков и жизни Индии.
В декабре 1664 г. Аурангзеб в сопровождении огромной свиты и войска отправляется из Дели в Лахор, куда прибывает в конце февраля 1665 г., а оттуда через два месяца следует в Кашмир. В его свите находятся Данешменд-хан и Ф. Бернье. Эта поездка была описана последним в девяти письмах де Мервейлю. Прибыв в мае в Кашмир, Ф. Бернье проводит там более трех месяцев.
Вскоре после возвращения из Кашмира в ноябре 1665 г. Ф. Бернье отправляется в Бенгалию. Часть пути он проводит вместе со своим соотечественником торговцем драгоценными камнями Жаном Батистом Тавернье (1605-1689), совершившим, начиная с 1631 г., шесть путешествий по странам Востока. Заметки и воспоминания последнего легли в основу вышедшего в 1676 г. двухтомного труда «Шесть путешествий Ж. Б. Тавернье», в котором содержатся сведения и о пребывании Ф. Бернье в Индии.
6 января 1666 г. Ф. Бернье, расставшись в Донапуре с Ж. Тавернье, направился в Касимбазар, а затем в Хугли[6]. Дальнейший его путь лежал в Масулипатам — важнейший порт Голконды. В этом королевстве он встречает 1667 г. Затем, по-видимому, в середине 1667 г. Ф. Бернье через Сурат направился в Персию, где задержался в Ширазе. Оттуда 4 октября 1667 г. он написал письмо Ж. Шаплену в Париж. Из Шираза же 10 июня 1668 г. Ф. Бернье посылает письмо еще одному ученику П. Гассенди — Клоду Эмманюэлю Люйе Шапеллю (р. 1626). В сентябре 1669 г. он прибывает в Марсель, откуда направляется в Париж. Там он пользуется огромным успехом. Его рассказы о путешествиях и особенно о жизни и общественных порядках Индии выслушиваются с огромным интересом. Он получает прозвище Могола или даже Великого Могола. Его приглашают в великосветские салоны, он получает доступ ко двору.