Во время гонений Септимия Севера в 202 г. мученически погиб отец Оригена Леонид, не пожелавший отречься от своей веры, а имущество семьи власти конфисковали. Ориген решил идти на казнь вместе с отцом, но мать и шесть младших братьев, оставшиеся без средств к существованию, его с трудом удержали. В 204 г. Оригену было предложено место огласителя александрийского училища, откуда перед этим ушел Климент, а в 205 г. епископ Димитрий назначил его начальником училища. Свои философские познания Ориген расширял и углублял, посещая лекции основателя неоплатонизма Аммония Саккаса (прозвище Саккас, т. е. мешочник, Аммоний получил в бытность свою носильщиком). Одновременно с Оригеном у Аммония Саккаса обучался Плотин – будущий создатель глубочайшей мистической системы неоплатонизма, достойно завершившей величественное здание античной религиозной философии. У некоторых исследователей факт совместного обучения Оригена и Плотина вызывает сомнение, но в его пользу свидетельствует близость стиля их творений, и не только стиля – в системе христианского богословия Оригена встречаются некоторые черты неоплатонизма, а Плотин, в свою очередь, заимствовал некоторые свои идеи из христианского гнозиса, нещадно критикуя его при этом за «чуждые сказки». Для обеих систем характерно стремление к строгости изложения, свойственной точным наукам, – ведь не зря Александрия славилась своими достижениями в области математики, механики, астрономии и физики.
Дальнейшая жизнь Оригена в Александрии некоторое время протекала сравнительно благополучно – он много разъезжал как педагог и проповедник, посещая Рим, Аравию, Палестину и Сирию. Свои многочисленные произведения Ориген диктовал специально нанятым для этого писцам-стенографам. В 230 г. епископы Кесарии и Иерусалима возвели Оригена в сан пресвитера, не поставив в известность александрийского епископа. Возмущенный таким отношением иерарх заявил, что отныне запрещает Оригену даже появляться в Александрии. С этих пор Ориген продолжал свою деятельность в Палестине, основав там несколько богословских центров. Во время гонений Декия Ориген перенес, по свидетельству Евсевия, «оковы, телесные мучения, пытки железом, муки заключения в глубокой темнице, мужественно выдержав все, чему подвергли его враги». Истерзанный пытками, Ориген скончался в 254 г., его могила в Тире, на территории нынешнего Ливана, долгое время служила местом паломничества христиан.
Сочинения Оригена, по утверждениям современников, составили шесть тысяч книг. Правда, в те годы книгой могло быть названо небольшое эссе, но даже если иметь в виду это обстоятельство, его литературная плодовитость поразительна. Глубина и идейная насыщенность творений Оригена исключает всякие подозрения в графомании. По причине, о которой будет сказано ниже, до нас дошла лишь небольшая часть произведений Оригена, а его главное богословское сочинение «О началах» (Περιάρχον) сохранилось только в далеком от точности латинском переводе Руфина. Оригену принадлежат обширные комментарии на большинство книг Ветхого Завета и толкование этих текстов, преимущественно аллегорические. Ориген был первым, кто упорядоченно и четко изложил в книге «О началах» положения христианской философии, став основателем систематического богословия, как теперь эта дисциплина называется. Ориген также стоит у истоков практического богословия. В качестве примера можно привести его комментарии к Песни Песней, где раскрывается мистический смысл этой загадочной библейской книги: неудержимое стремление человеческой души, невесты, к Христу, своему небесному Жениху. Мотив супружества с Христом, пламенная любовь к Нему является постоянным фоном для христианской аскетики, а данный Оригеном образ служил и служит до сих пор излюбленным мотивом многих произведений религиозной литературы. Ориген, по словам Иеронима, победил своими книгами многих врагов христианства, но в толковании Песни Песней превзошел самого себя. В предисловии к переводу бесед Оригена о книге пророка Иезекииля Иероним назвал Оригена «вторым после апостолов Учителем Церкви». Правда, тот же блаженный Иероним в конце своей жизни обнаружил в оригеновых «Началах» положения, якобы противоречащие догматам, принятым на первых Вселенских Соборах, и стал так же неумеренно, как раньше превозносил, проклинать его как злейшего еретика. Такие полярные оценки учения Оригена могут быть отчасти оправданы – будучи одним из величайших мыслителей в истории христианства, он не был при этом писателем церковным и не претендовал на обязательность своих представлений и толкований. Метод, которому неизменно следовал Ориген, предполагал, прежде всего, исключительно бережное, можно сказать благоговейное отношение к текстам св. Писания как к откровению Бога. В остальном Ориген не был склонен жестко связывать свою творческую интуицию и богословские утверждения строил на основании положений и фактов, взятых из текстов Ветхого и Нового Заветов, примерно таким образом, как задолго до него его знаменитый земляк Евклид строил доказательство геометрических теорем, беря за основу сформулированные им аксиомы. Однако ситуация здесь была гораздо тоньше и сложнее, чем в геометрии, поэтому Оригена иногда «заносило» в дебри еретических умозрений, а православная Церковь, начиная с IV в., единственным критерием истинности своих догматов считала решения Вселенских Соборов.