Целью своего главного богословского труда «О началах» Ориген считал создание строгой системы христианского вероучения, основанной на Св. Писании и церковном предании. Произведение состоит из четырех книг: первые три содержат богословие Оригена, а в четвертой говорится о богодухновенности источника вероучения, Св. Писания, и о способах его толкования.
Бог, по Оригену, «во всяком смысле монада» – Он прост и в качестве Первоначала не допускает никакой сложности, иначе составляющие Его элементы должны были существовать прежде Него. Он превыше пространства и времени: «Для Него всегда «сегодня», ибо нет у Него «вчера», нет и «завтра». Его сущность абсолютно непостижима для человеческого ума, и в этом смысле Его можно, следуя гностикам и Клементу, называть Мраком и Бездной. Однако Сам Себя Он сознает, поскольку является Личностью. Ориген отказывается понять, как возможно самосознание у существа неограниченного, поэтому Бога он считает ограниченным, правда в необычном смысле этого слова: «Если бы мощь Божия была беспредельной, она не мыслила себя самое, ибо беспредельное по природе своей необъятно». Бог есть само Благо, и это утверждение содержится в признании Бога началом всего существующего: «Все мы, т. е. тварь, не были ранее, чем сотворены, поэтому то, что мы есть, – воля Творца. И поскольку было время, когда нас не было, то называть нас сущими нельзя. Лишь Бог всегда обладал тем, что есть Он, и сказал Моисею: «Я есмь Сущий, и это имя Мое». Поэтому все сущее есть благо, а зло не есть сущим: «Зло или лукавство – противоположно благу, а не-сущее – противоположно сущему, поэтому лукавство и зло – несущее… Бог истинно благ, и я убежден, что Божье «Я умерщвляю» не менее дышит благостью, чем «Я оживляю», и «Я поражу» не менее благо, чем «Я исцелю». Ориген первым произнес слова, и поныне принятые Церковью как один из важнейших догматов: «Три Ипостаси и одна Троица», однако иерархичности Ипостасей внутри Бога он не сумел избежать, как и остальные апологеты. Признавая внемирность и непостижимость Бога, Ориген чувствовал потребность в чем-то «существующем посредине между природой Несотворенного и природою сотворенного». И он говорит о Логосе, Слове или Разуме, «Посреднике между всеми тварями и Богом, Который был рожден прежде всякой твари, через Которого сотворено все видимое и невидимое». Этот Логос – Иисус Христос, «энергии Отчей Зерцало неоскверненное». Помимо этого «домостроительного» (греч. οικονομια – икономия) учения о Логосе у Оригена есть начатки глубокого «имманентного» учения о Нем, согласно которому Сын родился из сущности Отца: «Говорим мы, отсекая всякое чувство телесное, что Слово и Мудрость рождены из невидимого и нетелесного Отца. И не будет нелепым сказать «Сын Любви», если мыслить под Любовью и Волю». Сын, в отличие от Отца, – потенция всяческого: «Бог – единое и простое, Спаситель же наш ради многого становится многим». Безвременность Бога, по Оригену, требует существования кроме нашего мира, имеющего начало и конец, «бесчисленных миров, но не по Эпикуру, т. е. в одно и то же время, а так, что после конца одного мира наступает начало другого, каково же число их я, признаться, не знаю». Эта грандиозная космическая картина чередующихся миров, или эонов, требует постоянного Боговоплощения.