Большинство греческой иерархии во главе с патриархом Иосифом не признало унию, и император поставил на Константинопольский престол сторонника унии Иоанна XI Векка. Начались преследования противников унии, которых отправляли в ссылку, сажали в тюрьму, лишали состояния, подвергали пыткам. Однако сопротивление унии не было сломлено, и когда Михаил Палеолог умер, он не был даже удостоен церковного погребения: по свидетельству историка Никифора Григоры, несколько человек ночью вынесли тело императора из дворца и зарыли в землю как прах вероотступника. Сын Михаила Андроник II Палеолог отверг унию и созвал в Константинополе в 1283 году Собор, на котором латинское учение об исхождении Святого Духа от Отца и Сына было осуждено. Патриарх Иоанн Векк отрекся от престола и удалился в монастырь, а храмы, в которых совершалось униатское богослужение, были освящены вновь.
В историю Православной Церкви Лионская уния вошла как одна из самых позорных страниц православно-католических отношений. В Римско-Католической Церкви, напротив, Лионский Собор 1274 года имеет статус Вселенского. В то же время в сегодняшней Католической Церкви присутствует сознание вины за причиненные православным бедствия. В июне 2004 года папа Римский Иоанн Павел II извинился перед патриархом Константинопольским Варфоломеем I за захват Константинополя крестоносцами. Ранее, в 1965 году, папа Павел VI и Константинопольский патриарх Афинагор сняли взаимные анафемы, наложенные в 1054 году кардиналом Гумбертом и патриархом Михаилом Керулларием. Оба эти события свидетельствуют о желании перевернуть мрачные страницы в истории православно-католических отношений и начать эти отношения с чистого листа.
Об этом же свидетельствует тот факт, что в 1993 году в Баламанде официальные представители Католической Церкви совместно с православными представителями подписали документ, в котором униатство было отвергнуто как противоречащее традиции обеих Церквей — Католической и Православной. В документе отмечалось, что имевшие место в прошлом попытки восстановления единства между Восточной и Западной Церквами при помощи унии лишь усугубили существующее между ними разделение.
Как Лионская, так и все последующие унии, о которых будет сказано ниже, стали доказательством того, что насильственное навязывание православным латинских догматов и латинских обрядов не может привести к единству Церкви. «И надо прямо сказать, — пишет современный историк, — что именно эти униональные попытки больше, чем все остальное, укрепили разделение, ибо сам вопрос о единстве Церкви надолго смешали с ложью, с расчетом, отравили его нецерковными и низкими мотивами. Церковь знает только единство и потому не знает „унии“. Уния в конечном итоге есть неверие в единство, отрицание того очищающего огня благодати, который все „естественные“, все исторические обиды, преграды, рвы и непонимания может сделать небывшими, преодолеть силой единства».
Флорентийская уния и падение Византии. Православие под турецким игом
Середина XV века ознаменовалась для Православной Церкви двумя трагедиями — Флорентийской унией и падением Константинополя. К этому времени от Византийской империи оставался лишь Константинополь с пригородами, незначительная часть территории на юге Греции и несколько островов. Все остальные территории, входившие в некогда могущественную империю, были заняты турками или — на Западе — латинянами. Византийский император находился на вассальном положении у турецкого султана, и дни великой христианской империи были сочтены.
В надежде спасти остатки империи от неминуемой гибели император Иоанн VIII Палеолог решился на отчаянный шаг: 24 ноября 1437 года он отправился в Италию к папе Евгению IV в надежде на получение военной помощи латинян против турок. Вместе с императором отбыли около 600 человек, включая престарелого патриарха Константинопольского Иосифа II, 22 епископов, многочисленных клириков и мирян. В составе делегации были представители патриархов Александрийского, Антиохийского и Иерусалимского. 9 апреля 1438 года в Ферраре под председательством папы Евгения открылся Собор, на котором предстояло обсудить разногласия между греками и латинянами.
После полутора лет напряженных богословских дискуссий латиняне поставили грекам ультиматум, который сводился к тому, что греки должны были принять латинское учение. При этом папа пообещал военную помощь византийскому императору.