Поставление Иова на патриаршество было совершено при личном участии патриарха Иеремии, и учреждение патриаршества было закреплено специальной соборной грамотой. В 1590 году Церковный Собор в Константинополе утвердил русское патриаршество и определил патриарху Московскому пятое место в диптихах после Константинопольского, Александрийского, Антиохийского и Иерусалимского. Константинопольский Собор 1593 года, в котором участвовали четыре восточных патриарха, подтвердил учреждение патриаршества в Москве, о чем в Москву была направлена грамота, подписанная 42 архиереями.
Во время патриаршества святого Иова пресеклась правящая династия Рюриковичей: в 1591 году в Угличе был убит царевич Димитрий, а в 1598-м умер царь Федор Иоаннович. Трон перешел к боярину Борису Годунову, однако в 1605 году был захвачен самозванцем, выдававшим себя за чудесно спасшегося царевича Димитрия. Самозванец сместил с престола престарелого патриарха Иова, на место которого был избран рязанский архиепископ Игнатий. После того как Лжедимитрий I был в 1606 году смещен, Игнатия лишили сана, признав его действия в период смуты преступными. Царем стал боярин Василий Шуйский, а на патриаршество был избран казанский архиепископ Гермоген.
Смута, однако, продолжалась, в Тушине объявился еще один самозванец, Лжедимитрий II, а в 1609 году в Россию вошли войска польского короля Сигизмунда III (1566–1632). В 1610 году Василий Шуйский был свергнут, и власть формально перешла к Боярской думе, однако вскоре оказалась в руках польского королевича Владислава. Патриарх фактически возглавил сопротивление полякам и благословил создание в 1611 году народного ополчения. За это он был заточен поляками в Чудов монастырь, а на его место был поставлен ранее лишенный сана Игнатий. Из заточения патриарх Гермоген продолжал рассылать послания, призывая народ встать на защиту Православия. В феврале 1612 года патриарх, уморенный голодом, скончался в темнице, а в октябре того же года народное ополчение под предводительством Минина и Пожарского освободило Москву. Игнатий бежал в Речь Посполитую, принял униатство и стал настоятелем Виленского Свято-Троицкого монастыря. Исповеднический подвиг патриарха Гермогена вошел в историю Русской Церкви, и он был канонизирован в 1913 году, во время празднования трехсотлетия дома Романовых.
Когда в 1613 году на царство был избран Михаил Федорович Романов, митрополитом Московским и «нареченным патриархом» стал его отец, боярин Федор Романов, в 1600 году, при Борисе Годунове, насильственно постриженный в монахи с именем Филарет.
Будучи отцом и духовным наставником царя, Филарет активно участвовал в управлении государством, именовался «великим государем» (ранее патриархи употребляли только традиционный церковный титул «великий господин»), создал собственный двор по образцу царского и получил в прямое управление Патриаршую область, в которую вошло более 40 городов. При Филарете патриаршество превратилось в могущественный центр власти, по сути параллельный царскому, что в значительной степени предопределило конфликт между царем и патриархом в середине XVII и упразднение патриаршества в начале XVIII века.
Конфликт разразился при сыне Михаила Романова, царе Алексее Михайловиче (1629–1676). По инициативе царя в 1652 году на патриарший престол был возведен молодой и энергичный Новгородский митрополит Никон (1605–1681). Биография этого иерарха не характерна для высшего церковного сановника его времени. Он происходил из крестьянской семьи, был приходским священником, затем стал монахом в Анзерском скиту Соловецкого монастыря. В середине 1640-х годов состоялось его знакомство с царем, который сделал его сначала архимандритом московского Новоспасского монастыря, затем Ростовским митрополитом и, наконец, патриархом. Как и Филарет, Никон обладал не только духовной, но и светской властью, и в 1654–1655 годах, во время военных походов царя против Польши, фактически управлял государством. Как и Филарет, Никон имел титул «великого государя».
Алексея Михайловича и Никона на протяжении более десяти лет связывала теплая дружба, но в 1658 году Никон впал в немилость, царь перестал приходить на совершаемые им службы, и Никон, вместо того чтобы попытаться наладить отношения с царем, самовольно и демонстративно оставил патриаршество, удалившись в Ново-Иерусалимский монастырь. Собор 1660 года принял решение избрать нового патриарха на место Никона, однако Никон не признал решения этого Собора, назвав его «синагогой сатанинской» и «сборищем бесовским».