Если XVIII век был, по выражению протоиерея Георгия Флоровского, временем «вавилонского пленения» Русской Церкви, то XIX век стал временем постепенного преодоления западных влияний в духовном образовании и отхода от тех крайностей в области государственной политики по отношению к Церкви, которые были допущены в ходе петровских реформ. Синодальная система продолжала функционировать, в Синоде продолжал присутствовать обер-прокурор, постановления Синода продолжали выходить под грифом «По указу Его Императорского Величества». Однако Синод XIX века — это уже не та безвластная и безликая «духовная коллегия», которая была задумана Петром I, это орган, наделенный реальными полномочиями и способный к достаточно эффективным действиям. Среди членов Синода было немало блестящих и выдающихся иерархов, оказавших влияние на судьбу Русской Православной Церкви в целом. Впрочем, оказать влияние на церковную жизнь можно было и не участвуя в заседаниях Синода.
Это подтверждает судьба одного из самых выдающихся иерархов за всю историю мирового Православия — святителя Филарета, митрополита Московского (1782–1867). Его церковная карьера является типичной для России XIX века. Будучи сыном диакона, он окончил духовное училище, семинарию и академию, а в 1808 году, после принятия монашества, был назначен преподавателем философии в Санкт-Петербургскую духовную академию. В 1811 году Филарет возведен в сан архимандрита и в 1812 году назначен ректором академии. В 1817 году хиротонисан во епископа Ревельского, в 1819 году переведен на Тверскую кафедру, затем в Ярославль, а в 1821 году — в Москву. В 1826 году архиепископ Филарет возведен в сан митрополита Московского и назначен членом Святейшего Синода. В 1842 году он перестал ездить в Санкт-Петербург на заседания Синода, однако вплоть до кончины продолжал участвовать во всех серьезных церковных делах, будучи самым авторитетным иерархом своего времени. Московской митрополией Филарет управлял на протяжении 46 лет, и этот период стал «эпохой Филарета» не только для Московской кафедры, но и для всей Русской Церкви. В отсутствие патриарха Филарет сумел авторитетом своей личности в значительной степени восполнить тот канонический вакуум, который образовался после упразднения патриаршества. Не случайно после кончины Филарета обер-прокурор Синода А. Н. Муравьев писал: «Мы лишились великого светильника и поборника Православия, который, не будучи патриархом по сану, был для нас как истинный патриарх, ибо он решал все трудные вопросы церковные по данной ему свыше премудрости, и долго будет Церковь Русская чувствовать сие мнение».
Отношение Филарета к государственной власти было почтительным и благоговейным: в царе он видел помазанника Божия, который «всю законность свою получает от церковного помазания». Из этого напрямую вытекает обязанность царя защищать интересы Церкви.
Будучи предан царю и отечеству, Филарет в то же время боролся за большую независимость Церкви от государственной власти.
Обер-прокурором Синода в это время был граф Н. А. Протасов — человек властный и деспотичный, из-за разногласия с которым многие члены Синода лишались своего места. Причиной ухода Филарета из Синода было его недовольство всевластием Протасова: «Шпоры графа Протасова цепляются за мою архиерейскую мантию», — якобы сказал он по этому поводу. Филарет не был сторонником восстановления патриаршества и считал синодальную власть вполне подходящей для церковного управления. Однако он полагал, что Церкви должна быть предоставлена большая степень самоуправления.
С именем Филарета связаны многие исторические начинания. В 1821 году он по поручению Святейшего Синода составил православный катехизис, получивший общецерковное признание. В 1858 году по его настоянию был издан первый русский перевод Библии: работа над этим переводом велась на протяжении более сорока лет при непосредственном участии Филарета. По инициативе Филарета началась систематическая работа по переводу и изданию творений святых отцов на русском языке: эта работа осуществлялась силами четырех духовных академий — Московской, Санкт-Петербургской, Киевской и Казанской. Издание творений отцов Церкви способствовало освобождению русского богословия от влияния латинской схоластики, которое было определяющим на протяжении всего XVIII века.