В марте 1919 г. Деникин счел целесообразным создать церковный центр на оккупированной им территории. Он распорядился созвать для этого церковный Собор. По его заданию протопресвитер Шавельский, возглавлявший военно-морское духовенство еще при царе, организовал созыв этого Собора в Ставрополе. Открытие Собора почтил своим присутствием и речью сам Деникин, поставивший перед церковниками задачу — «поднять меч духовный» против Советской власти. В ответных речах соборные отцы заверили его в том, что отдадут все свои силы для решения этой богоугодной задачи, а потом дружно спели белогвардейскому генералу «многая лета».
На основе решений ставропольского Собора деникинскими властями был принят ряд документов, которые должны были регулировать положение и деятельность церкви в России после того, как с божьей помощью будет свергнута в ней Советская власть. В одном их этих документов провозглашалось: «Первенствующая церковь в сих областях есть церковь русская, православная, возглавляемая святейшим патриархом Московским и всея России» 55.
Функции церковных учреждений на оккупированных белогвардейцами территориях были разнообразны. Они заключались, прежде всего, в интенсивнейшей пропаганде, основным мотивом которой являлось освящение и оправдание антинародной войны, которую вела белогвардейщина. Нужно было разбойничьему делу придать видимость священного и богоугодного крестового похода. Пускался в ход весь театрально-действенный и декоративный арсенал, которым располагала церковь: торжественные молебны с многолетием очередному «спасителю Руси», крестные ходы, встречавшие белые войска после той или иной «победы», праздничный колокольный звон, постоянная демонстрация перед населением набожных чувств, обуревающих православное воинство и особенно его «вождей». Все это должно было быть направлено на возбуждение, разумеется, не религиозных, а контрреволюционных и антисоветских чувств. В том же направлении работали и проповедническая деятельность духовенства, и обильная духовно-политическая публицистика.
Духовенство в белогвардейском лагере не гнушалось и тем, чтобы с оружием в руках участвовать в боях против Красной Армии. В войсках белых были специальные подразделения, состоявшие из попов и монахов. У Колчака были так называемые Дружины Святого Креста, полки, которым были присвоены имена Иисуса, Богородицы, Ильи-пророка. Под Царицыном у белых была воинская часть («Полк Христа Спасителя»), состоявшая из одного только духовенства. Все же, конечно, главная задача, возлагавшаяся белогвардейщиной на церковь, состояла не в непосредственной боевой деятельности, а в функциях пропагандистски-идеологических.
Патриарх Тихон, как это было впоследствии документально доказано и как это фигурировало в обвинительном заключении по его судебному делу, находился в непосредственной связи со всеми церковными деятелями, состоявшими при белогвардейских штабах. Была организована настоящая конспиративная служба связи и оповещения: с Антонием Храповицким и архиепископом Митрофаном — через некоего оставшегося неизвестным «Федю», с архангельскими белогвардейцами — через архиепископа Нафанаила и протоиерея Лемохина. Антонию патриарх писал: «Теперь многие из нас бегут к вам, но вы к нам погодите…» Патриарх был связан конспиративными путями с английским консулом Оливером, французским агентом Рене-Маршаном, с такими подпольными организациями, как «Тактический центр», «Национальный центр» и др. Тихоновская церковь оказалась, таким образом, связующим центром многих белогвардейских и антисоветских сил, действовавших на территории России.
Вместе с этой подспудной и подпольной деятельностью патриархат вел в течение 1918–1919 гг. открытую борьбу с Советской властью, публикуя воззвания-протесты фактически против всех ее начинаний и установлений, осаждая правительство (особенно с момента его переезда в Москву в марте 1918 г.) непрестанными петициями, посещениями делегаций от Собора и от самой патриархии. Всячески тормозились мероприятия по реализации Декрета об отделении церкви от государства, руководству епархий и монастырей давались соответствующие указания на этот счет, особенно касавшиеся церковного и монастырского землевладения и вообще имущества 56.
Постепенно затухала деятельность Поместного собора. Последняя его сессия была открыта 15 июня 1918 г. с явным расчетом на то, чтобы раздуть ведущуюся церковью борьбу против Советской власти и дать как белогвардейцам, так и антисоветским элементам в целом новый материал для их подрывной деятельности. Показательно в этом отношении наименование основного постановления, принятого этой сессией: «О мероприятиях к прекращению нестроений в церковной жизни» 57. Обстановка была, однако, такова, что Собор оказался по существу бессильным, его декларации и воззвания не вызывали того резонанса, на который они рассчитывались. После того как большинство делегатов разъехалось по местам и примкнуло к тем или иным белогвардейским группировкам, на заседания Собора собиралось меньше ста человек. Бесперспективность дальнейших пустых разговоров стала ясной, и 7 сентября под предлогом «отсутствия средств» было вынесено решение прекратить его работу.