По существу ко времени после окончания войны оно окончательно изжило себя. Отказавшись от всех своих нововведений литургического и канонического порядка — от перехода на григорианский календарь, от попыток перевода богослужения на русский язык и т. д., оно еще некоторое время пыталось держаться на таком отличии от патриаршей церкви, как признание женатого епископата. Этого, однако, было совершенно недостаточно для того, чтобы можно было сохранять хотя бы видимость своеобразия по сравнению с патриархией. Важнейшее же в прошлом расхождение с нею по политическим позициям, как уже было сказано, потеряло свое значение после того, как патриархия безоговорочно стала на путь лояльности по отношению к Советскому государству. Среди верующих же обновленческое духовенство к рассматриваемому периоду потеряло почти всякую популярность. Ему ничего больше не оставалось, как просить патриархию принять его обратно в лоно единой православной церкви. Патриарх Алексий санкционировал такое принятие при двух условиях: 1) принесение обновленческими епископами и клириками публичного покаяния; 2) их возврат в тот сан, в котором они находились к моменту своего отпадения от тихоновской церкви. Оба этих условия были неукоснительно соблюдены эпигонами обновленчества, и последнее перестало существовать.
Патриархия одержала важную победу в юго-западных районах страны, где со дня заключения Брестской унии 1596 г. православная церковь в качестве униатской была подчинена Ватикану. В 1946 г. на Соборе униатской церкви во Львове было принято решение о ликвидации унии и о воссоединении униатской церкви с русской православной церковью. Вскоре к этому решению присоединилось и униатское духовенство Закарпатья.
В Западной Европе ряд православных приходов и приходских округов также признали над собой юрисдикцию Московской патриархии. Тот же процесс консолидации коснулся и американской и дальневосточной периферии православной церкви. В то же время последыши Карловацкого раскола в разных странах продолжали, как они это делают и теперь, стоять на оголтело-монархических, антисоветских позициях и, отказываясь воссоединиться с Московской патриархией, рассматривали себя как единственную каноническую православную церковь, именуемую «Русской православной церковью за границей».
Поместный собор 1945 г., избравший Алексия патриархом, разработал систему управления церковью и структуру органов этого управления. При патриархе был учрежден Синод, церковь была разделена на епархии, состоящие из отдельных приходов. В 1961 г. принятое Собором «Положение об управлении русской православной церкви» подверглось пересмотру на специально созванном патриархией Архиерейском соборе. Основное изменение коснулось при этом порядка хозяйственно-финансового руководства отдельными приходами. Раньше во главе приходского совета стоял священник-настоятель данной церкви. По положению 1961 г. руководство приходским советом осуществляет мирянин-староста церкви. Поскольку все финансовые и хозяйственные ее дела решаются приходским советом, функции настоятеля церкви сводятся к богослужению и чисто религиозной деятельности. Положение 1961 г. конституировало некоторые изменения и в центральных учреждениях патриархии.
Важное значение в деятельности Московской патриархии приобрел созданный в 1946 г. в составе Синода Отдел внешних сношений. Патриарх Пимен позже формулировал задачи этого отдела следующим образом: «Помимо сношений с зарубежными учреждениями московского патриархата на Отдел внешних церковных сношений возложено осуществление связи нашей церкви с поместными православными церквами, с инославными церквами и объединениями, с экуменическими организациями, с учреждениями нехристианских религий, с международными неправительственными и общественными организациями, занимающимися вопросами сохранения, упрочения и восстановления мира между народами»63.
На первом плане в этой программе стоит поддержание сношений с зарубежными православными патриархатами. Контакты с ними осуществляются Московской патриархией систематически. Имеется в виду в качестве цели этих контактов созыв «Всеправославного» собора. Из-за наличия многих разногласий по актуальным политическим вопросам между разными патриархиями созыв этого Собора представляет большие трудности, что не дает возможности даже приблизительно установить его дату. В порядке его подготовки периодически проводятся совещания различных православных патриархий.
Основными вопросами, обсуждавшимися на этих совещаниях, были те, которые связаны с отношением к «инославным», то есть неправославным, христианским церквам и исповеданиям: католическому, протестантскому и др., в частности к нехалкидонским церквам. Значение этого вопроса отнюдь не ограничивается организационными рамками «внешних сношений», он связан с некоторыми фундаментальными установками вероучения.