После разгрома основных сил белых в конце 1919 — начале 1920 г. крестьянская война в Европейской России вспыхнула с новой силой, и началась, как полагают многие историки, самая кровопролитная фаза Гражданской войны. Внутренний фронт для Красной армии стал главным. 1920 — первую половину 1921 г. называют периодом «зеленого потопа», так как это было время наиболее кровавых расправ, сожжений сел и деревень, массовых депортаций населения. В основе крестьянского недовольства лежала политика «военного коммунизма»: война завершилась, а чрезвычайные меры в экономической политике не только были сохранены, но и усилены. Крестьяне выступали против продразверстки, воинской, конной, гужевой и других повинностей, за невыполнение которых следовали арест, конфискация имущества, взятие в заложники, расстрел на месте. Массовый характер приобрело дезертирство, которое в отдельных частях достигало 20, а то и 35% состава воинских частей. Большая часть дезертиров пополняла отряды «зеленых», которые на советском официальном языке именовались «бандами». На Украине, Кубани, Тамбовщине, в Нижнем Поволжье и Сибири крестьянское сопротивление носило характер настоящей крестьянской войны. В каждой губернии были группы повстанцев, которые скрывались в лесах, нападали на карательные отряды, брали заложников и расстреливали. Против «зеленых» направлялись регулярные части Красной Армии, которые возглавляли военачальники, уже прославившиеся в борьбе против белых: М. Н. Тухачевский, М. В. Фрунзе, С. М. Буденный, Г. И. Котовский, И. Э. Якир, И. П. Уборевич и др.
Одним из наиболее масштабных и организованных было начавшееся 15 августа 1920 г. восстание крестьян в Тамбовской губернии, получившее по имени руководителя название «антоновщины». Здесь губернский Съезд трудового крестьянства не без влияния эсеров принял программу, которая включала: свержение власти большевиков, созыв Учредительного собрания, формирование временного правительства из оппозиционных партий, отмену продналога и введение свободной торговли. В январе 1921 г. численность «бандитов» достигла 50 тыс. В распоряжении их «Главного оперативного штаба» находились две армии (в составе 21 полка) и одна отдельная бригада. Перерезана была Юго-Восточная железная дорога, что срывало подвоз хлеба в центральные районы, разграблено около 60 совхозов, убито свыше двух тысяч партийных и советских работников. Против восставших использовались артиллерия, авиация, бронетехника. Руководивший подавлением мятежа Тухачевский писал, что войскам приходится вести «целую оккупационную войну». В июне 1921 г. разгромлены основные силы, и лишь в июле восстание было подавлено окончательно.
В октябре 1920 г. произошло восстание в гарнизоне Нижнего Новгорода. Красноармейцы — мобилизованные крестьяне — на беспартийной конференции приняли резолюцию с требованием улучшения питания, свободных выборов в Советы и разрешения свободной торговли. В ней осуждались также командиры и комиссары, которые не разделяли тягот солдатской жизни. Когда руководители конференции были арестованы, в ответ на это разразилось восстание. Оно отражало настроения, ставшие массовыми в армии и на флоте, явилось предшественником Кронштадского мятежа.
Едва ли не наиболее трагичными на внутреннем фронте в 1920– 1921 гг. были события на Дону и на Кубани. После ухода белых в марте — апреле 1920 г. большевики установили здесь режим жесточайшего контроля, обращаясь с местным населением как победители в завоеванной враждебной стране. В ответ на Дону и Кубани в сентябре 1920 г. вновь началось повстанческое движение, в котором приняли участие 8 тыс. человек. Его подавление ознаменовало переход большевиков к политике массового террора в отношении всего населения региона. Территория была разделена на сектора, а в каждый были посланы тройки из представителей ЧК. Они имели полномочия расстреливать на месте всех, уличенных в связях с белыми. Простор для их деятельности был велик: в отдельные периоды до 70% казаков воевали против большевиков. Кроме того, были созданы концентрационные лагеря для членов семей активных борцов против Советской власти, а в число «врагов народа» попадали старики, женщины, дети, многие из которых были обречены на смерть.
Неспособность консолидировать антибольшевистские силы, навести порядок в своем тылу, организовать пополнение и наладить снабжение армейских частей продовольствием были основными причинами военных неудач белых в 1919–1920 гг. Первоначально крестьянство, а также городское население, испытавшие на себе продовольственную диктатуру и террор красных «чрезвычаек», встречали белых как освободителей. И наиболее громкие победы они одержали, когда их армии по численности в несколько раз уступали советским частям. Так, в январе 1919 г. в районе Перми 40 тыс. колчаковцев взяли в плен 20 тыс. красноармейцев. В войска адмирала влились 30 тыс. вятских, ижевских рабочих, которые стойко воевали на фронте. В конце мая 1919 г., когда власть Колчака простиралась от Волги до Тихого океана, а Деникин контролировал обширные пространства на Юге России, их армии насчитывали сотни тысяч человек, регулярно поступала и помощь союзников.
Однако уже в июле 1919 г. на Востоке, с колчаковского фронта, начинается закат белого движения. И белые, и красные хорошо представляли своих врагов. Для большевиков это были буржуазия, помещики, офицеры, кадеты, казаки, кулаки, националисты, для белых — коммунисты, комиссары, интернационалисты, сочувствующие большевикам, социалисты, евреи, сепаратисты. Однако если большевики выдвигали понятные массам лозунги и выступали от имени трудящихся, то у белых ситуация была иной. В основе белого движения лежала идеология «не-предрешенчества», согласно которой выбор формы политического устройства, определение социально-экономического порядка надлежало осуществить лишь после победы над Советами. Генералам же казалось, что одного неприятия большевиков достаточно для объединения в один кулак их разнородных противников. А поскольку основная задача момента заключалась в военном разгроме противника, в котором главная роль отводилась белым армиям, то на всех своих территориях они установили военную диктатуру, которая либо резко подавляла (Колчак), либо задвигала на задний план организованные политические силы (Деникин). И хотя белые утверждали, что «армия стоит вне политики», они сами столкнулись с необходимостью решать острые политические проблемы.
Именно такой характер приобрел аграрный вопрос. Колчак и Врангель откладывали его решение «на потом», жестоко пресекая захваты земли крестьянами. На деникинских территориях прежним владельцам возвращали их земли, часто расправлялись с крестьянами за пережитые страхи и грабежи 1917–1918 гг. Конфискованные предприятия тоже переходили в руки прежних собственников, а выступления рабочих в защиту своих прав подавлялись. В сфере социально-экономических отношений во многом произошло отбрасывание к дофевральской ситуации, которая, собственно, и привела к революции.
Стоя на позициях «единой и неделимой России», военные подавляли любые попытки автономного обособления внутри страны, чем оттолкнули от себя национальные движения, прежде всего буржуазию и интеллигенцию; не единичными были проявления ксенофобии, особенно антисемитизма. Нежелание пойти навстречу казачеству и признать его права на автономию и самоуправление привело к разладу белых с их верными союзниками — кубанцами и донцами. (Белые даже называли их «полубольшевиками» и «сепаратистами».) Такая политика превращала их естественных антибольшевистских союзников в собственных врагов. Будучи честными офицерами, искренними патриотами, белогвардейские генералы оказались некудышними политиками. Во всех этих вопросах большевики проявляли намного большую гибкость.