Смуты начались еще прежде, чем патриарх успел выехать из пределов Западной России. Терлецкий наговаривал патриарху на других епископов, Мелетий владимирский уличал Терлецкого в насильственном поступке с посланцем патриаршим; Иеремия послал сказать митрополиту, чтобы созвал собор для решения этих дел и заплатил ему, патриарху, пятнадцать тысяч аспр (250 талеров) за поставление, ибо если бы Рагоза должен был за этим поставлением ехать в Константинополь, то дороже бы ему стало; митрополит, недовольный патриархом, который поставил его митрополитом, давши всю власть другому, подчиненному епископу, отвечал посланному: «Не обязан я ничего давать патриарху, и собора теперь созвать не могу». Митрополит был недоволен учреждением экзархата в пользу Терлецкого; Терлецкий был недоволен тем, что, несмотря на звание экзарха, не пользовался полною доверенностью патриарха, который велел созвать на него собор; Гедеон Балабан львовский был сильно недоволен тем, что патриарх подтвердил права ненавистного ему братства; тем же самым должны были быть недовольны все вообще епископы, которых ставили под цензуру мирских людей. Между привилегированным Братством Успенским во Львове и другими – непривилегированными, меньшими братствами встала рознь: в 1590 году четверо граждан львовских с другими потаковниками своими, принадлежа к братствам Никольскому, Федоровскому и Богоявленскому, соединились с епископом Гедеоном и стали вооружаться против Успенского братства и его школы, уговаривая многих не посещать ее. Митрополит Михаил, заступаясь за Успенское братство, отлучил их от церкви.
В таком положении находились дела, когда в июне 1590 года созван был собор в Бресте, на котором присутствовали митрополит Михаил, Мелетий Хребтович, епископ владимирский, Кирилл Терлецкий, епископ луцкий, Леонтий Пельчинский – пинский, Дионисий Збируйский – холмский, Гедеон Балабан – львовский; были приглашены также Адам Потей, каштелян брестский, и все крилошане соборные. Отцы рассуждали о великих притеснениях, которым подвергается православная церковь, о великом нестроении в духовенстве, о разврате, несогласиях, непослушании и бесчинствах между некоторыми христианами. Для предотвращения подобного нестроения и своевольств, для установления порядка, для рассуждения о школах, науках, госпиталях и других благочестивых делах отцы постановили собираться ежегодно в Бресте Литовском в июне 24 числа; кто не явится на собор, должен заплатить 50 коп грошей литовских на общие потребы духовные; кто поставит причиною отлучки болезнь, тот, приехавши на собор следующего года, должен присягнуть, что действительно был болен; если же кто и на другой год не приедет и присяги не даст, тот будет лишен епископии. Архиереи обязались привозить на собор всех архимандритов, игуменов, протопопов и других пресвитеров, в св. писании знающих; обязались не позволять, чтоб простые люди держали монастыри; обязались не вступаться в чужие епархии, не ставить недостойных пресвитеров под пенею ста коп грошей литовских; кто же не заплатит, тот подпадает проклятию. На соборе явилось семеро депутатов Львовского братства (из них двое греков) с жалобою на епископа Гедеона, который не исполняет постановлений патриарших относительно братств Львовского и Рогатинского, уже после уговора и примирения своего с ними. На эти жалобы Гедеон отвечал одно: «Братство не хочет воздавать мне надлежащей епископской чести, потому я и сержусь на него». Но собор решил дело в пользу братства: так как Гедеон никогда не соглашался благословлять священников для братства, почему церковь братская бывала без службы к соблазну христианам, то братство передано в непосредственную зависимость киевского митрополита, который и благословляет священников братских, братством избранных.