С началом войны были прекращены всякие попытки актуализировать популярную ранее идею о превращении войны в революцию. Г. Димитров уже утром 22 июня получил указание: «Коминтерн пока не должен выступать открыто. Партии на местах развертывают движение в защиту СССР. Не ставить вопрос о социалистической революции. Советский народ ведет Отечественную войну против фашистской Германии. Вопрос идет о разгроме фашизма, поработившего ряд народов и стремящегося поработить и другие народы». На срочно собранном заседании Секретариата ИККИ Димитров развил эти установки: «Мы не будем на этом этапе призывать ни к свержению капитализма в отдельных странах, ни к мировой революции», коммунисты должны включиться в борьбу «за национальную свободу» в качестве ее «руководящего элемента».
Эти же мысли прозвучали в июльской речи Сталина. В ней особый упор сделан на то, что война с фашистской Германией не должна рассматриваться как обычное противостояние между армиями, это — «война всего советского народа», «всенародная отечественная война», «война за свободу нашего отечества», которая «сольется с борьбой народов Европы и Америки за их независимость, за демократические свободы». Он говорил и об опасности разрушения национальной культуры и национальной государственности народов Советского Союза, угрозе их онемечивания, превращения в рабов немецких князей и баронов.
В основу перестройки деятельности партии, органов государственной власти и управления был положен принцип максимальной централизации руководства. За годы войны ни съездов партии, ни пленумов ЦК (за исключением январского 1944 г.) не проводилось. Оргбюро ЦК не собиралось, решения от имени Секретариата принимались путем устного опроса. Политбюро осуществляло свои функции постольку, поскольку практически из его состава был сформирован ГКО.
Тенденция к централизации прослеживается и в эволюции такого института, как Ставка. 10 июля 1941 г. Ставка Главного Командования была реорганизована в Ставку Верховного Командования. Вместо Тимошенко ее фактически возглавил Сталин. С 19 июля он заменил Тимошенко и на посту наркома обороны. Тенденция к централизации и дальнейшее восстановление исторических традиций проявились также в учреждении в СССР поста Верховного Главнокомандующего. Одним из деятельных проводников этих тенденций был заместитель наркома обороны Б. М. Шапошников, признанный военный теоретик, начальник Генерального штаба с июля 1941 г. 8 августа 1941 г. указом Президиума ВС на пост Верховного Главнокомандующего назначен Сталин. Тогда же Ставка Верховного Командования преобразована в Ставку Верховного Главнокомандования. Возглавляя одновременно партию, правительство и Вооруженные силы, Сталин был наделен чрезвычайными полномочиями по отношению ко всем ведомствам и учреждениям страны. Г. К. Жуков, назначенный в августе 1942 г. 1-м заместителем наркома обороны и заместителем Верховного Главнокомандующего, позднее вспоминал: «Трудно было разобрать, где кончается Государственный Комитет Обороны и начинается Ставка, и наоборот». Сталин «командовал всем, он дирижировал, его слово было окончательным и обжалованию не подлежало». Но, отмечал полководец, в начале войны он «плохо разбирался в способах, методике и формах ведения современной войны». По мнению маршала А. М. Василевского, «на первых порах войны Сталин явно переоценивал свои силы и знания в руководстве войной». На практике это означало дополнительные потери на фронте.