Противоречил декларациям о великой дружбе народов ряд других постановлений ГКО. 10 января 1942 г. было принято решение, предписывающее «всех немцев — мужчин в возрасте от 17 до 50 лет, годных к физическому труду, выселенных в Новосибирскую и Омскую области, Красноярский и Алтайский края и Казахскую ССР, мобилизовать... в рабочие колонны на все время войны» и направить на лесозаготовки, строительство заводов и железных дорог. В октябре 1941 г. принято постановление о дополнительной мобилизации немцев. Мобилизация распространялась на мужчин в возрасте от 15—16 до 51—55 лет и женщин в возрасте от 16 до 45 лет включительно. 14 октября 1942 г. январское постановление, касавшееся немцев, было распространено на проживавших в СССР румын, венгров, итальянцев, финнов. В соответствии с постановлениями ГКО от 13 октября 1943 г. и 25 октября 1944 г. не производился призыв в Вооруженные силы представителей коренного населения Средней Азии, Закавказья, Северного Кавказа. По данным на январь 1942 г., только на Урале трудовая армия насчитывала около 290 тыс. бойцов. Более чем на 50% она состояла из советских немцев и выходцев из Средней Азии и Казахстана. В марте 1942 г. в СССР было 1473 рабочих колонны, в которых служили свыше 1,2 млн человек.
В достижении победы значительную роль сыграла позиция Русской православной церкви. Тяготы войны, утраты и лишения оживили религиозные настроения в народе. Власть высоко ценила патриотическую деятельность РПЦ по сбору денежных средств и вещей для нужд фронта. (Всего за годы войны в Фонд обороны от граждан поступило 24 млрд руб.) Государство делало все новые шаги к признанию важной роли Церкви. Ей была отдана типография Союза воинствующих безбожников, где в 1942 г. напечатана большая книга под названием «Правда о религии в России», предназначенная, главным образом, для пропаганды за границей. В книге отмечались полная свобода религии в СССР, традиционный патриотизм Русской православной церкви, подчеркивалась тесная связь между русским народом и его Церковью.
В конце марта 1942 г. в Ульяновске был созван первый за время войны Собор епископов Русской православной церкви. На нем были осуждены иерархи, вставшие на путь сотрудничества с германскими оккупационными властями. Осуждение «изменников веры и отечества» не могло не сокращать общих масштабов коллаборационизма на оккупированных территориях. Оно во многом способствовало тому, что большинство попавших в оккупацию рядовых священников сохраняли верность Родине, помогали партизанам, укрывали мирных житедей от репрессий гитлеровцев. Патриотическая деятельность священников нещадно каралась оккупантами.
Демонстрируя меняющееся отношение к Церкви, московские власти в апреле 1942 г. впервые способствовали организации религиозного празднования православной Пасхи. 2 ноября 1942 г. один из трех высших иерархов РПЦ, митрополит Николай (Б. Д. Ярушевич), был включен в Чрезвычайную государственную комиссию по установлению и расследованию злодеяний немецко-фашистских захватчиков. 5 января 1943 г. митрополит Сергий послал Сталину телеграмму с просьбой разрешить открытие Церковью банковского счета, на который вносились бы деньги, жертвуемые на оборону. В ответной телеграмме Сталин дал свое согласие и поблагодарил Церковь за ее труды. Открытие банковского счета означало признание Церкви дефакто юридическим лицом. Главные перемены в отношениях между государством и Церковью произошли после встречи Сталина с митрополитами Сергием, Алексием и Николаем. Во встрече участвовали также В. М. Молотов и начальник отдела НКВД Г. Г. Карпов, намеченный на пост будущего председателя Совета по делам Русской православной церкви при Совмине СССР.
Встреча состоялась 4 сентября 1943 г. На ней был очерчен круг вопросов, требующих решения для нормализации государственноцерковных отношений в СССР. Сразу же после встречи Патриархии был передан особняк, занимаемый ранее германским послом. 8 сентября был созван Архиерейский собор для избрания патриарха, престол которого пустовал со дня смерти патриарха Тихона. 12 сентября Собор в составе 19 иерархов (16 из них были доставлены из лагерей и ссылок) избрал митрополита Московского Сергия новым Патриархом Московским и всея Руси. Затем Сергий, уже в новом качестве, объявил об образовании совещательного органа при патриархе — Священного синода из трех постоянных и трех временных членов. Собор принял актуальный для военного времени документ, в котором говорилось, что «всякий виновный в измене общецерковнрму делу и перешедший на сторону фашизма, как противник Креста Господня, да числится отлученным, а епископ или клирик — лишенным сана». Не менее значимым было обращение Собора к христианам всего мира с призывом «объединиться во имя Христа для окончательной победы над общим врагом».