К концу войны со всей остротой встала проблема репатриации на родину 5 млн советских граждан («перемещенных лиц», включая военнопленных, «восточных рабочих», узников концлагерей, военнослужащих в немецких формированиях и пр.), оказавшихся за пределами СССР и оставшихся в живых. Согласно соглашениям в Ялте, «перемещенные лица» должны были в обязательном порядке возвращаться на родину. До 1 марта 1946 г. в СССР было репатриировано 4,2 млн советских граждан (2,7 млн гражданских лиц, 1,5 млн военнопленных). В результате разлада между союзниками обязательный принцип репатриации начал нарушаться сначала в отношении «западников» (граждане из районов СССР, присоединенных после 1939 г.), а затем и «восточников». «Невозвращенцы» составили так называемую вторую волну эмиграции из России на Западе. В 1952 г. численность этой эмиграции (в основном не желающих или побоявшихся возвратиться в СССР) составила около 620 тыс. человек, из них 140 тыс. — бывшие советские немцы, принявшие гражданство ФРГ.
Судьба тех, кто был возвращен в СССР, также оказалась непростой. Сталинское руководство опасалось, что длительное бесконтрольное пребывание за границей повлияло на их мировоззрение и политические настроения. «Контраст между уровнем жизни в Европе и у нас, контраст, с которым столкнулись миллионы воевавших людей, — писал К. Симонов, — был нравственным и психологическим ударом, который не так легко было перенести нашим людям, несмотря на то что они были победителями в этой войне». Этот контраст мог стать основой «низкопоклонства перед Западом».
Этапом возвращения репатриантов к родным домам стали сборно-пересыльные пункты наркомата обороны и проверочно-фильтрационные — НКВД (для гражданских лиц), специальные запасные части военных округов (для военнопленных — бывших военнослужащих Красной армии). Выявленные в результате проверки «преступные элементы» (служившие у немцев), а также «внушающие подозрение» направлялись в проверочно-фильтрационные лагеря НКВД «для дальнейшей проверки». В итоге 2,4 млн репатриантов направлены к месту жительства, 800 тыс. призваны в армию, 608 тыс. зачислены в рабочие батальоны НКО и 273 тыс. (среди них 123 тыс. офицеров) переданы в лагеря НКВД.
Особая участь ждала «власовцев», всех коллаборационистов, а также дезертиров, уклонявшихся от службы в армии в военное время. В составе германских вооруженных сил (войска СС, вермахт, вспомогательные формирования, полиция, самооборона) воевали 1178 тыс. бывших граждан СССР. В их числе были русские (32,6%), украинцы (21,2%), латыши (12,7%), эстонцы (7,6%), белорусы (5,9%), литовцы (4,2%), народы Средней Азии (3,8%), азербайджанцы (3,3%), народы Северного Кавказа (2,4%), грузины (2,1%), армяне (1,9%), народы Поволжья и Урала (1,1%), крымские татары (0,85%), калмыки (0,6%). (Сравнение этих цифр с удельным весом национальностей в населении страны накануне войны позволяет говорить о более и менее «отличившихся» в этом отношении.)
Помимо коллаборационистов, по данным НКВД СССР, начиная со второй половины 1941 г. по июль 1944 г. по Союзу ССР было выявлено 1210,2 тыс. дезертиров и 456,7 тыс. уклонявшихся от службы в армии. В некоторых случаях уклонение приобретало значительные размеры. К примеру, 63% чеченских мужчин, призванных в армию в начале войны, нарушили присягу и стали дезертирами; мобилизацию на территории Чечни пришлось прекратить. Созданные в горах мятежные отряды чеченцев при приближении немецких войск установили с ними связь и вели крупные бои в тылу Красной армии.
По законам военного времени многих стран лицам, перешедшим на сторону противника, полагалась смертная казнь. Смягчая правило, советское руководство заменило эту меру для большинства рядовых коллаборационистов заключением или шестилетней ссылкой на поселение. Клеймо изменника стало для них позорным и страшным. Работа по их выявлению и наказанию продолжалась долгие послевоенные годы. Среди заключенных лагерей и колоний на 1 января 1951 г. числились 335 тыс. «изменников родины», среди спецпоселенцев — 135 тыс. «власовцев» (на 1 января 1949 г.). Суровое наказание ожидало и тех, кто запятнал себя сотрудничеством с немцами в оккупированных областях. Проверки, проводимой карательными и политическими органами, не избежали партизаны и подпольщики.
В освобожденных районах граждане обязаны были в 24 часа сдать оружие и военное имущество. Уклонение влекло за собой лишение свободы, а при отягчающих обстоятельствах — расстрел. Особое внимание обращалось на мужчин призывного возраста. Выяснялось, почему они оказались на оккупированной территории, примкнули или нет к партизанам, как проявили себя в их рядах. Почести и продвижение по службе получали участники борьбы с оккупантами.