На первом этапе Сталин несколько дистанцировался от наиболее влиятельных в годы войны членов ГКО и постарался обезопасить властный Олимп от возможных покушений со стороны генералитета, вышедшего из войны в ореоле спасителей Отечества. К концу войны Советские Вооруженные силы имели в своих рядах 12 Маршалов Советского Союза, 3 Главных маршала и 12 маршалов родов войск, специальных войск, 2 адмиралов флота и 5597 генералов и адмиралов.
Под пристальным вниманием сразу после войны оказался Г. К. Жуков. 27 июня 1945 г. он пригласил на дачу под Москвой знатных гостей. Среди них были военачальники С. И. Богданов.
В. Д. Соколовский, В. И. Чуйков. Продолжая праздновать победу, они всячески превозносили вклад в нее Жукова, говорили о нем как о победителе Германии. А на следующий день с записями разговоров был ознакомлен Сталин, и это стало одной из первых причин его послевоенного недовольства маршалом.
Западная пропаганда подогревала подозрения в советских верхах в отношении военных, утверждая, что они выступят на ближайших выборах в Верховные Советы союзных республик с альтернативными списками кандидатов в депутаты. Выдвижение на самые высшие посты в государстве прочили Жукову.
Для компрометации полководца было использовано так называемое дело авиаторов. Командующий Военно-воздушными силами Советской армии А. А. Новиков и нарком авиационной промышленности А. И. Шахурин, по показаниям арестованного в начале 1946 г. маршала авиации А. С. Худякова, были обвинены в приеме на вооружение самолетов и моторов с производственными дефектами, что вело к большому числу катастроф. На основе сфабрикованных в ведомстве В. С. Абакумова материалов Новиков, Шахурин и пятеро их подчиненных были осуждены на разные сроки лишения свободы. Тень пала и на Маленкова с Берией, отвечавших за работу авиационной промышленности. Во время следствия были также получены показания о попытках Жукова «умалить руководящую роль в войне Верховного Главнокомандования ».
Весной 1946 г. были арестованы 74 генерала и офицера Группы советских войск в Г ермании по обвинениям в вывозе для себя из Германии и Австрии разного имущества, мебели, картин, драгоценностей. Но вскоре в обвинениях стал фигурировать антиправительственный заговор военных во главе с Жуковым.
Г. К. Жуков был отозван с руководящих постов в Германии, где его заменил маршал В. Д. Соколовский. В марте 1946 г. Жуков получил назначение на пост главнокомандующего Сухопутными войсками Советской армии. А 1 июня 1946 г. состоялся разбор «дела Жукова» на заседании Высшего военного совета. Обвинения против него поддержали Г. М. Маленков и В. М. Молотов. Однако маршалы И. С. Конев, А. М. Василевский, К. К. Рокоссовский, П. С. Рыбалко хотя и отметили недостатки и ошибки в работе обвиняемого, твердо стояли на том, что заговорщиком он быть не может. Обсуждение закончилось выводом Сталина: «А все-таки вам, товарищ Жуков, придется на некоторое время покинуть Москву».
3 июня 1946 г. Жуков получил назначение на пост командующего Одесским военным округом. Однако этим дело не закончилось. Против него выдвигались новые обвинения, в частности, в присвоении и вывозе из Германии для личных нужд большого количества различных ценностей. В феврале 1947 г. его вывели из числа кандидатов в члены ЦК, в январе 1948 г. назначили на командование менее значимым Уральским военным округом. Сталин, сложивший с себя обязанности министра Вооруженных сил СССР, передал их сначала Н. А. Булганину (март 1947 г.), затем А. М. Василевскому (март 1949 г.).
В феврале 1950 г. из Министерства Вооруженных сил СССР были выделены Военно-морские силы и образовано Военно-морское министерство (министры — И. С. Юмашев, Н. Г. Кузнецов), а Министерство Вооруженных сил переименовано в Военное министерство. 15 марта 1953 г. оно вновь объединено с Военно-морским министерством в одно — Министерство обороны СССР. Опала Жукова закончилась летом 1951 г., а на XIX съезде партии его вновь избрали кандидатом в члены ЦК.
Жертвами интриг после войны стали и другие представители генералитета (Г. И. Кулик и В. Н. Гордов, изобличенные как «сторонники реставрации капитализма в СССР»; флотоводцы Н. Г. Кузнецов, Л. М. Галлер, В. А. Алафузов, Г. А. Степанов, обвиненные в том, что в рамках соглашений об обмене военно-технической информацией передали союзникам во время войны документацию на парашютную торпеду; Кузнецов был понижен в звании, остальные приговорены к различным срокам заключения).