Еврейский «национализм», как и в случае с другими наказанными народами, было решено покарать. 28 ноября 1948 г. Политбюро ЦК постановило «немедля распустить» Еврейский антифашистский комитет. Вскоре по «делу» Комитета были арестованы 14 членов его президиума и активистов.
Абакумов проявил медлительность в организации расследования «дела ЕАК». Появились подозрения, что делает он это намеренно. Такое предположение высказано 2 июля 1951 г. в письме следователя по особо важным делам МГБ М. Д. Рюмина на имя Сталина, которое готовилось с помощью аппарата Маленкова. В нем утверждалось, что Абакумов сознательно тормозил расследование дела «еврейского националиста», врача Я. Г. Этингера, которое .позволяло получить сведения о якобы масштабной вредительской деятельности врачей.
Немедленно созданная постановлением Политбюро комиссия в составе Маленкова, Берии, заместителя председателя КПК при ЦК партии М. Ф. Шкирятова, нового министра госбезопасности С. Д. Игнатьева должна была проверить изложенные Рюминым факты. Так зародилось «дело врачей-отравителей», будто бы погубивших А. С. Щербакова, А. А. Жданова и намеревавшихся извести других высших руководителей страны, привести к власти Абакумова с заговорщиками из руководимого им министерства.
Правдоподобность существования заговора обосновывалась показаниями арестованного заместителя начальника следственной части по особо важным делам МГБ полковника А. А. Шварцмана, оговорившего многих своих коллег по репрессивному ведомству и признавшегося в самых невероятных собственных преступлениях. В раскручивании дела использовались письма заведующей отделением лечебно-санитарного управления Кремля Л. Ф. Тимашук, по недавним еще представлениям давшие толчок «делу врачей», в которых отстаивался правильный диагноз смертельного заболевания Жданова. Они стали поводом для дискредитации возглавлявшего почти четверть века личную охрану Сталина генерал-лейтенанта Н. С. Власика и А. Н. Поскребышева, члена ЦК, бессменного заведующего канцелярией руководителя партии с августа 1935 г.
Для Сталина версия о заговоре в МГБ стала большой находкой. Используя жупел еврейского национализма и сионизма, можно было окончательно устранить от власти Молотова, Ворошилова, Микояна, Кагановича, А. А. Андреева и многих других деятелей, имевших родственные связи в еврейской среде. Кадровые перестановки, оформленные после XIX съезда партии на пленуме ЦК 16 октября 1952 г., положили начало этому процессу.
Если по решению предшествующего съезда в Политбюро было 9 членов и 2 кандидата, а в Секретариате 4 члена, то новый состав Президиума ЦК КПСС (новое название партии и высшему органу партийной власти дал XIX съезд) включал 11 кандидатов и 25 членов, Секретариат — 10. Расширение этих структур мотивировалось также упразднением существовавшего прежде Оргбюро ЦК.
Новый ареопаг становился своего рода резервом для выдвижения на первый план новых властителей взамен оттесняемых в задние ряды. На пленуме Сталин обрушился с резкой критикой на Молотова и Микояна, обвиняя их в нестойкости, трусости и капитулянтстве перед американским империализмом. Как грубая политическая ошибка было расценено стремление Молотова быть «адвокатом незаконных еврейских претензий на наш Советский Крым». Принародно выражено политическое недоверие Ворошилову. В образованном на пленуме, но не предусмотренном Уставом партии бюро Президиума ЦК, помимо Сталина, значились только Берия, Булганин, Каганович, Маленков, Сабуров и Хрущев.
В ноябре 1951 г. начало рассматриваться еще одно «дело», чреватое важными политическими последствиями. Было принято постановление «О взяточничестве в Грузии и об антипартийной группе Барамия», в котором утверждалось, что в этой республике вскрыта мингрельская националистическая организация, которую возглавлял секретарь ЦК КП Грузии М. И. Барамия. Новое постановление ЦК (от 27 марта 1952 г.) о положении дел в Компартии Грузии «уточняло», что нелегальная националистическая группа «ставила своей целью отторжение Грузии от Советского Союза». По этому «делу» арестованы как «буржуазные националисты» 7 из 11 членов бюро ЦК КП Грузии, 427 секретарей обкомов, горкомов и райкомов партии. Арестован весь партийный актив Мингрелии. В одном из докладов Сталину по этому «делу» Рюмин и Игнатьев изложили подозрения министра государственной безопасности Грузии Н. М. Рухадзе в адрес Берии, который якобы готовил заговор против Сталина.
Скорее всего, Берия не оставался безучастным к надвигавшейся опасности. Незадолго до марта 1953 г. оказались арестованными Поскребышев и Власик, неприязненно относившийся к Берии. 15 февраля 1953 г. скончался полный сил комендант Кремля генерал-майор П. Е. Косынкин, назначенный Сталиным на эту должность из своей охраны. Оставаясь на своих постах, они вряд ли позволили бы проявить медлительность в оказании медицинской помощи сраженному инсультом Сталину, какую продемонстрировали Берия, Маленков и Хрущев. По их распоряжению врачи были вызваны к постели больного только через 10 часов после обнаружения его охраной лежащим на полу в одной из комнат подмосковной Ближней дачи в полупарализованном состоянии.