19 сентября 1946 г. принято правительственное постановление «О мерах по ликвидации нарушений устава сельхозартели в колхозах». В нем отмечались факты «расхищения» земель колхозов и колхозной собственности, злоупотреблений со стороны партийно-советских органов. Постановление обязывало руководителей всех уровней положить конец «извращениям и нарушениям», а виновных «привлекать к судебной ответственности». Для контроля за соблюдением устава и решения вопросов дальнейшего колхозного строительства был создан Совет по делам колхозов во главе с членом Политбюро А. А. Андреевым. Деятельность Совета и его представителей на местах способствовала наведению порядка, однако подъема хозяйств это обеспечить не могло. Отношение к индивидуальным крестьянским хозяйствам в последующем постоянно ужесточалось, налоги с приусадебных участков увеличивались.
Неурожайный 1946 г. заставил руководство страны обратить особое внимание на положение в деревне. В феврале 1947 г. вопрос о мерах подъема сельского хозяйства рассматривался на пленуме ЦК. В соответствии с его решениями был увеличен выпуск тракторов, сельскохозяйственных машин и удобрений, расширились работы по электрификации села. Это позволило к концу пятилетки создать свыше тысячи новых МТС, обновить материально-техническую базу производства. В 1950 г. в колхозах и совхозах тракторов и комбайнов стало на 40—50% больше, чем до войны. Принятый правительством план развития сельской электрификации на 1948—1950 гг. позволил снабдить к концу пятилетки электроэнергией 15% колхозов (в 1940-м — 4), 80% МТС и 76% совхозов. Однако в колхозах энергия использовалась пока главным образом на освещение.
В октябре 1948 г. было принято постановление «О плане полезащитных лесонасаждений, внедрения травопольных севооборотов, строительства прудов и водоемов для обеспечения высоких и устойчивых урожаев в степных и лесостепных районах европейской части СССР». В его основе лежало учение В. В. Докучаева, П. А. Костычева и В. Р. Вильямса о борьбе с засухой. План был рассчитан на 1950—1965 гг., в печати тех лет он именовался «Сталинским планом преобразования природы». Из-за дороговизны план выполнялся медленно. Тем не менее удалось внедрить государственные лесозащитные полосы длиной более 6 тыс. км; миллионы деревьев и кустарников выращивались в полезащитных полосах местного значения. Это благотворно сказывалось на урожайности.
В апреле 1949 г. принят «Трехлетний план развития общественного колхозного и совхозного продуктивного животноводства». Из-за недостатка капиталовложений полностью выполнить его тоже не удалось. Однако к концу пятилетки производство мяса, молока и шерсти в стране в целом превысило довоенный уровень. Задел для последующего повышения продуктивности животноводства создавали достижения сельскохозяйственной науки послевоенных лет. Ученые-зоотехники разработали методы замораживания семени производителей (В. К. Милованов, И. И. Соколовская) и технику искусственного осеменения. В каракулеводстве стал использоваться метод искусственного повышения плодовитости животных (М. М. Завадовский).
Были разработаны нормы кормления (М. Ф. Томмэ), методы промышленного скрещивания сельскохозяйственных животных.
На рубеже 40—50-х гг. в соответствии с курсом на концентрацию колхозно-совхозного производства проведено укрупнение колхозов. С 1950 по 1953 г. их число уменьшилось с 255 до 94 тыс. К этому же времени можно говорить и о завершении коллективизации в СССР в его послевоенных границах. В 1945 г. вне колхозов оставались 3,6 млн крестьянских хозяйств. К началу 1949 г. было коллективизировано лишь 3,8% крестьянских хозяйств Литвы, 5,5% — Эстонии и 10,2% — Латвии. К концу 1950 г. колхозный строй был введен во всех республиках, хотя часть крестьян западных областей Белоруссии и Украины, Правобережной Молдавии и республик Прибалтики продолжала оставаться вне колхозов — от 2% (Украина) до 16,3% (Белоруссия). Понадобилось еще полтора-два года, чтобы коллективизация была практически завершена. Она проводилась по образцам 30-х гг., сопровождалась репрессиями и депортациями населения. Только из Прибалтики на спецпоселение выслано в 1945—1949 гг. 142,5 тыс. «кулаков, бандитов и националистов» с семьями, что, несомненно, оборачивалось усилением протестных националистических движений и далекоидущими последствиями.