Чтобы как-то приглушить проблему, власти предпринимали попытки представить крымских татар частью татарской нации. Тем из них, кто хотел уехать из Средней Азии, разрешалось поселиться на территории Татарстана. Но это не устраивало крымских татар. В начале 60-х гг. их движение приняло более организованные формы. Это проявилось в попытке создания массовой организации — Союза крымских татар.
За возвращение выступали и представители других выселенных из Крыма национальных групп — греки, болгары, армяне. Неудовлетворенность половинчатой реабилитацией усилила среди них эмиграционные настроения, но власти препятствовали выезду. За создание своих автономий в 50—60-х гг. выступали месхетинские турки (огрузиненные турки, или отуреченные грузины), курды и хемшины (исламизированные армяне), депортированные в свое время из республик Закавказья. Однако власти в Москве и Закавказских союзных республиках игнорировали требования малых народов, считая национальный вопрос в стране успешно и окончательно решенным.
Национально-государственное устройство СССР за послевоенные годы принципиально не изменилось. В начале 60-х гг. в стране было 15 союзных и 19 автономных республик (из них 15 в РСФСР, 2 в Грузии, по одной в Азербайджане и Узбекистане). Число последних, по сравнению с довоенными годами, менялось с преобразованием в июле 1956 г. Карело-Финской союзной республики в Карельскую автономную республику, включенную в РСФСР, а в октябре 1961 г. Тувинской автономной области РСФСР в автономную республику. В стране насчитывалось также 8 автономных областей: 5 из них входили в состав российских краев, 3 были составными частями других союзных республик. Неизменным с довоенных времен оставался перечень национальных округов. Все они входили в состав областей и краев РСФСР.
Движения в союзных республиках. Одной из проблем в национальных отношениях 50—60-х гг. оставался «прибалтийский вопрос». Недавнее буржуазное прошлое Литвы, Латвии и Эстонии, традиции либерально-демократического управления, большое влияние в обществе служителей церкви, наличие многочисленных диаспор за рубежом, поддерживающих тесные связи с родиной; позиция США и стран Западной Европы, не признававших легитимности вхождения республик в СССР, — все это действовало против ускоренной «социалистической модернизации» республик, вызывало рост сепаратистских общественных настроений, поддерживало националистическое подполье. Этому способствовали бериевская коренизация высшего и среднего звена партийно-хозяйственного аппарата, возвращавшиеся из ссылок бывшие участники вооруженного националистического подполья, которые выдвигались на ответственные посты в сфере образования и культуры. Осуждение Сталина XX съездом партии многими руководителями в республиках Прибалтики было воспринято как карт-бланш на дальнейшую коренизацию руководящих кадров.
Прибалтика живо откликнулась на события осени 1956 г. в Польше и Венгрии. Особенно сильным всплеск национального движения был в Литве и Эстонии. В конце октября в Вильнюсском университете появились лозунги и листовки с заголовками: «Да здравствует революция в Венгрии, последуем ее примеру!»; «Литва — литовцам, русские оккупанты, убирайтесь вон!». В начале ноября 1956 г. в Каунасе и Вильнюсе состоялись многотысячные шествия католиков, требующих свободы отправления религиозных обрядов. Демонстранты пели гимн буржуазной Литвы, выкрикивали лозунги «Последуем примеру Венгрии!», «Русские, убирайтесь!». В Каунасе прошла молодежная демонстрация (до 4 тыс. участников) с лозунгами: «Долой Москву!», «Долой коммунистов!». Листовки с аналогичными лозунгами появились и в Тарту.
Особую тревогу коренного населения вызывал значительный наплыв русскоязычной рабочей силы на промышленные стройки в Прибалтике. По данным переписи населения 1959 г., доля коренной национальности в Литве составляла 79,3%, в Эстонии — 74,6%, в Латвии — 62%. Особенно много инонационального населения было в крупных городах. Лиц коренной национальности в Риге насчитывалось около 44,7%, в Вильнюсе — 33,6%. Возникшую острую жилищную проблему местным националистам представлялось «легко решить, если выгнать всех русских». Чтобы избежать потери Ригой своего национального облика, горком партии принял решение, предписывающее нелатышам изучить в течение двух лет латышский язык; не усвоивших его освобождать от работы с предложением покинуть республику. Решение вводило ограничение прописки нелатышей в городе. В апреле 1959 г. ЦК КП Латвии принял аналогичное решение, распространяющееся на республику в целом. Подобные решения созревали и в Таллинском райисполкоме.