Одним из направлений украинского национального движения была борьба за независимость путем выхода из состава СССР. Движение имело многочисленных сторонников на Западной Украине. Здесь и после разгрома националистического вооруженного движения ОУН были случаи убийства советских работников, поджога партийных и хозяйственных зданий, другие антисоветские акты. Участники нелегальных групп занимались вывешиванием национальных флагов, распространением листовок с антисоветским содержанием. Относительно спокойнее обстояло дело в восточных областях Украины, хотя и здесь (например, в Харькове в 1957 г.) были случаи распространения листовок с антисоветским и националистическим содержанием.
Иногда поводом для образования сепаратистских групп служила действовавшая Конституция страны, содержащая статью о сохранении за каждой республикой права свободного выхода из СССР. Рубеж 50—60-х гг. для украинского национального движения в целом был временем перехода от подпольного этапа к мирному, открытому демократическому движению за национальные права.
В 60-е гг. отмечены случаи отдельных национал-сепаратистских выступлений в Белоруссии и Молдавии, которые не носили столь ощутимого характера, как в Прибалтике и на Украине. Характерной особенностью Молдавии была этнокультурная близость молдаван с румынами. «Национализм» в республике чаще всего проявлялся в разговорах о том, что ей необходимо воссоединиться с Румынией. Там такие разговоры подогревались некоторыми официальными лицами и печатью.
Одним из «слабых мест» советской национальной политики в 50-е гг. стала Грузия. Почитание Сталина в этой республике имело широкое распространение. Разоблачение его преступлений на съезде партии было воспринято как национальное оскорбление. Недовольство центральной властью вылилось в трагические события в Тбилиси 9—10 марта 1956 г., сопровождавшиеся многочисленными человеческими жертвами. Молодежные просталинские митинги и демонстрации прошли во многих других городах Грузии. Местами они носили откровенно антирусскую направленность. Вместе с лозунгами «Долой Хрущева!», «Молотова — во главу КПСС!» демонстранты несли и лозунги «Русские, убирайтесь из Грузии!». Националистические настроения в массах не утихали в течение многих лет.
Борьба за сохранение чистоты грузинского языка привела к возникновению различного рода нелегальных культурных обществ. Одно из них, «Мекартвела сазогадоеба», существовало в Батуми в 1961— 1962 гг. В него кроме представителей интеллигенции входили государственные служащие. За употребление русских слов на собраниях организации взимался штраф в пользу общества. Грузинское партийное руководство во главе с В. П. Мжаванадзе снисходительно наблюдало за попытками части грузинской интеллигенции выступать против «русификации» и в то же время решительно пресекало радикальные формы проявления национализма. Поэтому экстремизм не стал характерным признаком грузинского национального движения.
Армянское национальное движение инспирировалось главным образом идеей возвращения всех исконных армянских земель в единое армянское государство. Имелись в виду Карс, Ардаган, Саракамыш, оказавшиеся в составе Турции, а также Нахичевань и Нагорный Карабах, включенные в Азербайджан. Вокруг идеи о возвращении этих территорий с редким единодушием объединялись партийные и религиозные деятели, радикальные армянские националисты, представители творческой интеллигенции и заграничных диаспор. Подавляющее большинство армян за рубежом жили мыслями о возвращении на историческую родину. Только в первой половине 50-х гг. в Армению возвратились 100 тыс. репатриантов. Они во многом способствовали популярности заграничной националистической партии « Дашнакцутюн».
Карабахский вопрос был поставлен руководителем компартии Армении в ноябре 1945 г. Г. А. Арутинов писал И. В. Сталину, что Нагорно-Карабахская автономная область, примыкающая к территории Армении, с 1923 г. входит в состав Азербайджана; население этой области в основном армянское (137 тыс.; 89,5%), и просил рассмотреть вопрос о включении области в Армению. Запрошенный в этой связи 1-й секретарь ЦК КП Азербайджана М. Багиров соглашался на передачу при условии включения в Азербайджан трех примыкающих к нему районов Армении с преимущественно азербайджанским населением. Начались переговоры, но вопрос остался нерешенным. Предложение возвратить армянам территории, занятые Турцией, было сделано Арутиновым в 1948 г. на выступлении в ООН. Нерешенность этих вопросов значительная часть армян связывала с нежеланием советского руководства разрешить армянскую проблему. Это подогревало антисоветские и националистические настроения в массах.