Национальные проблемы стали предметом всестороннего обсуждения на пленуме ЦК КПСС лишь в сентябре 1989 г. Однако принятый в итоге документ «О национальной политике партии в современных условиях» не содержал практически никаких новых подходов, а решения пленума, как полагают современные авторы, даже усугубили ситуацию. Лишь в апреле—мае 1990 г. Верховный Совет СССР принял ряд законов, призванных регулировать межнациональные и федеративные отношения. Среди них: «Об усилении ответственности за посягательства на национальное равноправие граждан и насильственное нарушение единства территории Союза ССР», «О порядке решения вопросов, связанных с выходом союзной республики из СССР», «Об основах экономических отношений Союза ССР, союзных и автономных республик». Однако эти акты появились тогда, когда центральная власть уже была ослаблена, а ситуация в республиках требовала твердой политической воли и немедленных и решительных действий. В результате на всех направлениях национальной политики руководство страны катастрофически запаздывало с принятием необходимых решений, а если и действовало, то крайне вяло. Это проявлялось и в Закавказье, и в Средней Азии, и в Прибалтике. Неэффективность действий Горбачева на «национальном» направлении стала одним из факторов перманентного падения политического авторитета лидера.
Националисты во всех республиках пользовались схожим набором идей. Вначале использовались экологические мотивы. Естественная реакция на вредные последствия развития индустрии для природной среды и здоровья за пределами РСФСР приобретала форму заботы о сохранении этнической среды, а пренебрежение экологической безопасностью со стороны союзных ведомств — как, в лучшем случае, безразличие к судьбе нерусских народов. Аналогичным образом трансформировались идеи национального возрождения. Вдруг «обнаружилось», что все нерусские народы оказались в состоянии глубокого культурного упадка, деэтнизации и даже на грани исчезновения. Причины этого связывались со «зловредной» политикой Москвы. В сознание населения республик внедрялась и мысль о неэквивалентном экономическом (естественно, в пользу «Центра») обмене и возможности быстрого улучшения социально-экономической ситуации при условии автономного ведения хозяйства.
Много внимания уделялось обоснованию идеи об аннексии Советским Союзом, а до него Россией тех государств и территорий, историческими наследниками которых провозглашали себя претендующие на независимость союзные республики. Согласно этой логике СССР и русские были и остаются оккупантами, пребывание республик в Союзе — незаконно, восстановление исторической справедливости требует воссоздания государственной независимости. Одна из главных исторических идеологем состояла в переносе пороков и преступлений сталинизма на русский народ. К моменту роспуска СССР исторический образ России — страны-агрессора всех времен и при всех вождях в республиках Советского Союза был демонизирован до немыслимых размеров.
Нарастающая русофобия в республиках вызвала ответную реакцию в РСФСР. «Взрыв» произошел на сентябрьском (1989 г.) пленуме ЦК, когда впервые союзному руководству был «предъявлен счет» за бедственное положение России. Здесь констатировалось, что крупнейшая в стране республика — Россия — находится в условиях финансовой, ценовой, экономической дискриминации. Между тем Горбачев и его окружение оказались не в состоянии предложить какой-либо разумный вариант разрешения давнего исторического противоречия между союзными и российскими властными структурами. Поощряя суверенизаторские «изыски» в других республиках, Горбачев настаивал на «интеграционной особенности» русских, «сложившейся исторически». Как вспоминал помощник генсека А. С. Черняев, его «патрон» «железно» стоял против создания компартии РСФСР, против полного статуса России в качестве союзной республики.
Иначе развивались события вокруг Прибалтики. Здесь изначально в основе действий национальных движений лежала идея обретения независимости от СССР. В середине 1988 г. в республиках потребовали «внести ясность» в события 1939 и 1940 гг., связанные с их присоединением к СССР. Тогда же в политический обиход вводится термин «республиканский суверенитет», который трактуется достаточно широко. В документе «Саюдиса» (Литовского Народного фронта в поддержку перестройки) было записано, что «суверенитет Литовской ССР должен охватывать управление всеми отраслями хозяйства, включая экономику, политику, формирование бюджета, финансовую, кредитную, торговую, налоговую и таможенную политику». Осенью 1988 г. — зимой 1988/89 г. в Прибалтике были приняты важные законодательные акты, отразившие движение в этом направлении: местным языкам был придан статус государственных, а сессия ВС Эстонии приняла «Декларацию о суверенитете» и дополнения к Конституции, позволявшие в «определенных случаях» приостанавливать или устанавливать пределы применения союзных законов. Позднее такие же акты приняли Литва и Латвия.