Решения, кардинально отличавшиеся от горбачевских, выдвигались и применительно к проекту нового союзного договора: вместо постепенной трансформации государства «сверху» «россияне» предлагали фактически его разрушить и строить новую федерацию «снизу». Переход к новой стратегии был осуществлен во второй половине 1988 — начале 1991 г. В октябре 1990 г. были заключены прямые двусторонние договоры между Россией и Украиной, Россией и Казахстаном. Выдвигалась идея «Союза четырех»: России, Украины, Белоруссии и Казахстана. В подписанных договорах говорилось о готовности строить межгосударственные отношения на основе признания взаимного суверенитета, отказа от вмешательства во внутренние дела, нерушимости существующих границ. Аналогичные, откровенно антисоюзные договоры были подписаны Россией с Латвией, Литвой, Эстонией в январе 1991 г. В том же месяце за подписью первого заместителя председателя Верховного Совета РСФСР Р. И. Хасбулатова появился проект преобразования Союза, где автор определял предлагаемое им «Сообщество» как «конфедеративное объединение».
В 1990—1991 гг. автономные республики стали объектом борьбы за влияние между союзным Центром и Россией. Важный шаг, стимулирующий самостоятельность автономий, был сделан в конце апреля 1990 г. в Законе СССР «О разграничении полномочий между Союзом ССР и субъектами федерации». Закон повышал статус автономий, рассматривая их в качестве советских социалистических государств — субъектов федерации (СССР). Они получили право передавать полномочия Союзу ССР, минуя «свою» союзную республику. Отношения же автономных республик с союзными, в состав которых они входили, предписывалось строить на договорах и соглашениях.
После принятия российской Декларации о суверенитете борьба за автономии проходила под лозунгом «Кто больше даст?» и разогревала аппетиты местных национальных элит. При этом союзные власти предполагали участие автономий в общем переговорном процессе, российские же таких условий не ставили. «Не надо исходить из того, сколько прав даст вам Россия. А надо исходить из того, сколько вы можете взять и какую долю власти делегировать России... Возьмите такую долю самостоятельности, какую можете переварить», — так летом 1990 г. в Татарстане сформулировал позицию руководства РСФСР Б. Н. Ельцин.
Новые «субъекты Союза» сразу же стали действовать по примеру «старших братьев»: до зимы 1990 г. 14 из 16 российских автономных республик провозгласили свой суверенитет, а две оставшиеся и некоторые из автономных областей также в одностороннем порядке повысили свой политический статус. Из названий «Автономная Советская Социалистическая Республика» исчезли слова «автономная», «советская», «социалистическая». Декларации бывших автономий повторяли содержание союзных аналогов: в них встречались и требования верховенства республиканского законодательства над российским, а также собственности республики на ресурсы на ее территории. Борьба за автономии между союзными и российскими властями продолжалась вплоть до августа 1991 г.
В сфере внешней политики началась разработка концепции национально-государственных интересов России. Как отмечает бывший министр иностранных дел РСФСР А. В. Козырев, «направленность этой концепции была задана программными документами «Демократической России», идеями ряда публицистов и общественных деятелей, стремившихся выработать альтернативу внешнеполитическому курсу Союза».
Отношения новых российских структур с союзными властями носили остро конфронтационный характер. Российский парламент отверг союзную программу перехода к рынку, не признавая возможности компромисса. Российские власти постоянно требовали отставки правительства Н. И. Рыжкова. В ноябре 1990 г. они резко осудили решение союзного парламента по изменению системы президентской власти в СССР с целью ее усиления. Российская сторона не пошла на заранее согласованную реформу системы ценообразования. Российский парламент выступал против посылки граждан РСФСР за пределы республики для урегулирования межнациональных конфликтов, а также против вовлечения войск в политические конфликты.