Постоянно тлеющим огнем в России оставался еврейский вопрос, поскольку для лиц, исповедовавших иудаизм, сохранились все прежние ограничения, касавшиеся территории проживания, прав собственности, занятий, приобретения высшего образования. Это привело к активному формированию на рубеже XIX–XX вв. многочисленных еврейских общественно-политических организаций, от сионистских до социал-демократических. Значительная часть еврейской молодежи, стремившаяся вырваться из замкнутого местечкового мира, вступала в ряды русского освободительного движения. Это давало повод многим лицам из числа высших сановников да и самому Николаю II считать евреев главными возмутителями спокойствия. Такие взгляды высказывались открыто, что провоцировало возрождение в 1903 г. еврейских погромов.
К возникновению народных движений на окраинах империи часто приводили действия властей. В июне 1903 г. был издан царский указ о секвестре движимого и недвижимого имущества армянской церкви и передаче под контроль государства ее расходов. Ему предшествовали закрытие в середине 1890 гг. армянских школ и конфискация в 1898 г. их денежных средств; ликвидация в 1900-х г. армянского издательского общества и гонения на армянскую прессу. Стачка на Юге России заставила власти отсрочить исполнение указа и одновременно ускорила переход армянского населения к активным действиям. В июле — августе 1903 г. прошли демонстрации протеста в городах Армении, Азербайджана и Грузии. В Гяндже произошло столкновение демонстрантов с полицией, были убитые и раненые. Армянская партия «Дашнакцутюн» в 1904 г. решила «заменить стратегию самозащиты на Кавказе стратегией революционных действий». Ею был осуществлен ряд террористических актов против царских чиновников.
Брожение среди коренных народов Сибири и Алтая было вызвано изъятием у них на основе актов, принятых в 1896–1901 гг., земель для передачи их в пользование царского двора (кабинета) и в Переседенческий фонд. Закон сопровождался проведением общего землеустройства и реформированием системы управления сибирскими народами, в ходе которого российское чиновничество потеснило представителей местной феодальной и полуфеодальной знати. Все это привело к массовым выступлениям эвенков, бурятов, алтайцев. Правительство прибегло к массовым репрессиям и введению в бурятских районах «Положения об усиленной охране». Хотя волнения пошли на убыль, но проведение землеустройства и реформы управления затормозились надолго.
Стремление к реформированию прежних устоев затронуло и Русскую православную церковь. В условиях резкого обострения борьбы трудящихся классов против своего бедственного положения церковь, включенная через синодальную систему в структуру государственного управления, многое теряла с точки зрения возможностей воздействия на массы. Этот недостаток особенно усилился в годы деятельности на посту обер-прокурора Синода К. П. Победоносцева, который поощрял процесс огосударствления православной церкви, что приводило к стеснению ее самостоятельности, утрате инициативности. 25 — летнее пребывание Победоносцева во главе духовного ведомства способствовало возникновению кризисного положения в РПЦ и снижению нравственного влияния православного духовенства на массы верующих. В силу этого внутри РПЦ появляются течения «обновления», имевшие целью возвысить авторитет православной церкви через подъем морального уровня ее духовенства. В ходе обсуждения этих проблем на страницах светской, а главным образом церковной печати выдвигались конкретные предложения. Прежде всего речь шла об освобождении РПЦ от жесткой государственной опеки и предоставления ей реальной самостоятельности; реформировании церковного суда и епархиального управления, преобразовании прихода. Высказывалась мысль о превращении Синода в «синодальное правительство Всероссийского собора», независимое от светской власти. Некоторые сторонники «обновления», особенно из числа церковных иерархов, говорили о восстановлении патриаршества. Среди белого духовенства получали распространение идеи «соборности», подразумевавшие расширение участия в делах церкви рядовых священников и верующих.
Отчуждению РПЦ от масс трудящихся содействовала пассивная позиция церкви в аграрном вопросе, что объяснялось наличием обширных церковных земельных владений. Патриархальная набожность в начале XX в. была малохарактерна для демократической интеллигенции и заметно исчезала среди пролетариата. Через рабочих идеи атеизма привносились в крестьянство. Несмотря на это, многие представители церкви, особенно из числа рядовых монахов и священников, пользовались авторитетом и влиянием среди верующих различного социального статуса. На встречи со старцами Оптиной пустыни устремлялись крестьяне, мастеровые, аристократы, военные, предприниматели и интеллигенция. Большой отклик в различных слоях общества нашло возрождение поклонения мощам св. Серафима в Сарове.