Начало практического раздела «советского военного наследства» привело к острому кризису в российско-украинских отношениях летом 1992 г. В центре внимания оказались вопросы о статусе Севастополя и судьбе Черноморского флота. Уже в январе 1992 г. Украина, игнорируя статус его как составной ОВС СНГ, стала требовать от личного состава принятия присяги на верность республике. В ответ последовал визит Ельцина в Севастополь, в ходе которого российский президент заявил о неправомерности претензий Украины. В конце марта Кравчук издал указ о переводе всех дислоцированных на Украине формирований под ее юрисдикцию, на что Ельцин 7 апреля отреагировал указом о переводе Черноморского флота под юрисдикцию России. 9 апреля действие обоих указов было приостановлено, однако решение о поднятии на кораблях флота русского Андреевского флага едва не привело к вооруженному столкновению в Крыму. Конфликт подтолкнул президентов двух стран к личной встрече, которая состоялась 3 августа 1992 г в Ялте. Решение проблемы Севастополя и флота было отложено до 1995 г., а на «переходный период» Черноморский флот переходил в совместное подчинение президентов России и Украины.
В 1992 г. возникли проблемы и с ядерным оружием бывшего СССР. Первоначально предусматривалось сохранение объединенных стратегических сил сдерживания и нерасчлененность ядерного оружия. Его управление находилось лишь в руках Президента России и Главнокомандующего ОВС СНГ. Далее, однако, в отличие от Белоруссии и Казахстана Украина не стала отказываться от статуса ядерной державы. Более того, 2 июля 1992 г. она объявила своей собственностью две тысячи ядерных боеголовок, находящихся на ее территории (одна пятая стратегического потенциала бывшего СССР), что вызывало дополнительную тревогу, и не только у России. Начались «торги»: отказ от статуса ядерной державы Украина обусловливала требованиями материального и политического порядка, которые адресовались как России, так и мировому сообществу в целом.
Обретение независимости почти повсеместно сопровождалось ростом национализма титульных наций, что сказалось на «некоренном» населении. В новых государствах оказалось 25 млн русских. Трудности получения гражданства огромной части русских людей, сокращение сферы применения русского языка и возможности получения на нем образования, официальные и неформальные препятствия для занятий определенными видами деятельности — все эти проблемы ставили новую для Правительства России проблему — защиту прав этнических россиян в новом зарубежье.
Распад СССР и раздел его вооружений привели к новым вспышкам межэтнических конфликтов в молодых государствах. Молдова усилила политический и военный нажим на Приднестровье, апогеем которого явился вооруженный штурм Бендер в июне 1992 г. Почти одновременно Грузия предприняла попытку с помощью оружия «усмирить» Южную Осетию. В августе начались грузинские войсковые операции против «абхазских сепаратистов». В ходе войны в Абхазии дала о себе знать Конфедерация горских народов Кавказа — организация солидарности, созданная четырнадцатью народами Северного Кавказа. Конфедерация объявила Грузии тотальную партизанскую войну и направила в зону конфликта до 5 тыс. добровольцев. В их числе находился и чеченский батальон под командованием Ш. Басаева.
В октябре 1992 г. начались столкновения между ингушами и осетинами — первый вооруженный межнациональный конфликт на территории собственно Российской Федерации. Неблагоприятно для России складывалась ситуация и в других регионах бывшего СССР. К моменту свержения в Афганистане дружественного нашей стране режима Наджибуллы и занятия войсками моджахедов Кабула в Таджикистане уже началась гражданская война. Россия, заинтересованная в сохранении порядка на границе с Афганистаном, была вынуждена вмешаться и в межтаджикские столкновения.