Таким образом, из семи целей приватизации полностью была реализована седьмая, формально — первая и практически провалены пять. Отрицательным следствием избранной модели разгосударствления явился колоссальный рост преступности, связанной с приватизацией. Полеванов также полагал, что преобразования способствовали подрыву национальной безопасности, что проявилось в трех сферах. В сфере экономической — произошло крупнейшее в России разбазаривание государственной собственности, что явилось одним из источников кризиса и будущих конфликтов, направленных на ее передел. В социально-политической сфере — недовольство граждан властью, устойчивое убеждение большинства населения, что его не столько наделили собственностью, сколько ее экспроприировали, лишив и без того скудных социальных гарантий. В оборонной сфере — скрытая интервенция иностранного капитала в отрасли ВПК с целью его ослабления.
Полеванов предлагал воздержаться от форсированного проведения второго этапа приватизации, выявить и устранить очевидные просчеты, усилить внимание к управлению государственным имуществом и государственными пакетами акций, отстранить от управления приватизацией тех людей, которые несут ответственность за ошибки первого этапа.
Доклад Полеванова получил определенное распространение и понимание в политической и научной среде, однако в правящей элите был встречен без энтузиазма. Вскоре он был отправлен в отставку, а на его место был назначен С. Г. Беляев — человек из «команды Чубайса», и курс на приватизацию с многочисленными «компромиссами» и «учетом российской специфики» был продолжен.
22 июля 1994 г. был издан указ президента, утвердивший «Основные положения государственной программы приватизации государственных и муниципальных предприятий после 1 июля 1994 года». Указ положил начало второму, «денежному» этапу приватизации, который продолжается и поныне. С этого времени предприятия или пакеты их акций стали передаваться исключительно за деньги. Приватизация имущества осуществлялась через проведение денежных, специализированных аукционов, коммерческих и инвестиционных конкурсов, по закрытой подписке. Интенсивно развивался фондовый рынок, складывалась система институциональных инвесторов и оформление социального слоя, обладающего правами собственника.
Несмотря на заявления руководителей Комитета о начале после июня 1994 г. «инвестиционной эры» в российской приватизации, ситуация оказалась намного сложнее. В 1994—1997 гг. правительство использовало приватизацию преимущественно как средство получения бюджетных доходов. Это было во многом обусловлено конъюнктурными политическими мотивами: в 1995 г. проходили парламентские, а в 1996 г. — президентские выборы, и выполнение обязательств перед «бюджетниками» становилось одним из важных условий сохранения сложившегося политического режима. Помимо продажи, получили распространение и различные «нестандартные» методы приватизации: «залоговые аукционы», передача федеральных акций регионам в качестве покрытия федерального долга, конвертация долгов в ценные бумаги и др. Особенно широкий общественный резонанс получили «залоговые аукционы».
Во второй половине 1995 г. правительство заимствовало у ряда банков деньги, отдав им в залоговое управление по конкурсу на год большие пакеты акций крупнейших объектов государственной собственности (всего 21 предприятие). Это принесло в бюджет 5,1 трлн руб., однако всем было ясно, что средства в казне для выкупа акций во второй половине 1996 г. едва ли найдутся. Как отмечают экономисты гайдаровского круга, это была фактически неконкурентная продажа пакета акций заинтересованным банкам (среди победителей доминировали два крупнейших — «ОНЭКСИМ» и «МЕНАТЕП»). Легитимность этих сделок уже тогда многими ставилась под сомнение, но в ходе судебных разбирательств 1996—1997 гг. их правомерность удалось отстоять. Однако это признание, по мнению специалистов, свидетельствовало не о «чистоте» проделанных операций, а прежде всего о неполноте и несовершенстве нормативной базы приватизации. Не меньше вопросов вызывала и «экономическая эффективность» осуществленных продаж: после президентских выборов 1996 г. цены на их акции выросли в 5—10 раз. Фактически было создано несколько промышленно-финансовых империй.