По ходу самостоятельной деятельности между этими четырьмя институтами (съездом, парламентом, Конституционным судом и президентом) неизбежно возникал вопрос о разделении полномочий. И если функции последних трех в системе разделения властей были понятны, то съезд постепенно превращался бы в рудиментарный элемент переходного времени. Передавая свои полномочия соответствующим ветвям власти, он явно требовал реорганизации как выполнивший свои учредительные функции. Все это обсуждалось уже с конца 1991 г.
Первоначально противоречие между всевластием съезда и исполнительной властью в лице Президента было разрешено через компромисс, заключенный на V съезде народных депутатов РСФСР, который добровольно на время (один год) передал часть своих огромных конституционных полномочий Президенту. Это решение уже тогда содержало большой конфликтный потенциал, так как в своих политических и экономических воззрениях президент проявлял готовность опираться лишь на радикально-либеральные силы. Начало экономических преобразований вызвало раскол сложившейся в 1990—1991 гг. протестной коалиции, и к концу 1992 г. президент мог опираться лишь на последовательных сторонников либеральных реформ и тех, кто получил от них выгоду, а таких было меньшинство. В этих условиях съезд, выражавший интересы более широких слоев населения, объективно становился препятствием на пути избранной модели преобразований, что и обусловило резкие атаки на него со стороны исполнительной власти, которые с конца 1992 г. шли по нарастающей.
В конце 1992 — первой половине 1993 г. в центре дискуссии между высшей законодательной властью и президентом был вопрос о порядке формирования правительства и, следовательно, решающем влиянии на характер и методы проводимого экономического курса. Претензии на решающую роль парламента в определении состава министров обосновывались неудачами первого этапа реформ, что связывалось с некомпетентностью исполнительной власти и ее неспособностью учесть весь спектр существующих в обществе интересов. Сторонники же президента рассматривали события в более широком историческом контексте. В отличие от подходов 1988 — середины 1991 г., когда переход от социализма («тоталитаризма») к демократии виделся как относительно безболезненный и ограниченный во времени акт, в конце 1991-го -— 1993 г. ситуацию анализировали совершенно иначе. Утвердилось представление о том, что между тоталитаризмом и демократией неизбежен достаточно продолжительный во времени переходный период — «диктатуры демократии» («демократуры»), — в рамках которого будут утверждаться новые ценности и нормы. С учетом того, что смысл и направленность происходящих изменений понимали далеко не все, что существововало сопротивление (сознательное или стихийное) проводимым необычным мерам, представлялось, что «диктатура демократии» должна осуществляться в форме авторитарного правления. Этот «просвещенный авторитаризм» связывался с концентрацией властных ресурсов в руках президента, который своей последовательной борьбой против «тоталитарных» структур в 1987—1991 гг. доказал преданность демократическим идеалам и продемонстрировал готовность их решительно отстаивать.
В 1993 г. стороны использовали различную аргументацию для обоснования своего права определять содержание и методы реформ. Сторонники высшей законодательной власти, Конституционный суд делали акцент на следовании «букве закона», настаивая на соблюдении действовавших законов и Конституции. Сторонники же президента подчеркивали ее «социалистическое происхождение» и обращали внимание на содержавшиеся в ней лакуны и противоречия. В полемике с оппонентами они использовали политико-правовые аргументы, ставя во главу угла «дух закона», трактуя «право как справедливость». В этой связи сторонники президента прямо ставили под сомнение «конституционность Конституции». Большую легитимность политики президента связывали с его прямым избранием 12 июня 1991 г., а также с победой «августовской демократической революции» в России. Юристы из президентского окружения особое значение придавали факту всенародного избрания Ельцина, поскольку, по их мнению, выбирали не просто главу исполнительной власти, но политика с определенной политической и экономической программой, которая и была освящена результатами общенародного голосования. По этой логике съезд и Конституция обладали более низким уровнем легитимности, так как появились ранее, в условиях «ушедшего социалистического порядка». На этом основании вполне легитимными считались формально антиконституционные меры по ограничению деятельности съезда, которые якобы соответствовали «духу» общенародного волеизъявления. Отсюда также вытекал соблазн трактовать правовые нормы с точки зрения политической целесообразности.