Политический кризис осени 21 сентября — 4 октября 1993 г. 16 сентября президент посетил дивизию внутренних войск имени Ф. Э. Дзержинского. В ходе визита он объявил о возвращении в правительство на должность вице-премьера и министра экономики Е. Т. Гайдара, что было открытым вызовом депутатскому корпусу. В ответ Всероссийское совещание народных депутатов всех уровней 17 сентября принимает антипрезидентское обращение к гражданам России, где апеллирует «с особым чувством к личному составу армии, милиции и органам государственной безопасности». Обстановка накаляется настолько, что в ночь на 20 сентября члены Президиума Верховного Совета решили провести в Белом доме. Они заявили, что пошли на это, так как «имели место передвижения воинских частей, подозрительные сборы... руководства МВД».
И, наконец, 21 сентября в 20 часов с телеэкрана прозвучало обращение Ельцина, в котором он просил граждан России «поддержать своего президента в это переломное для страны время», а затем был оглашен его указ № 1400 «О поэтапной конституционной реформе в Российской Федерации». Президент постановлял: прервать осуществление законодательной, распорядительной и контрольной функций съездом народных депутатов и Верховным Советом, а до избрания нового парламента руководствоваться указами президента и постановлениями правительства. Запрещались заседания съезда народных Депутатов, а полномочия самих народных депутатов России прекращались. В то же время полномочия представительных органов власти в субъектах Федерации сохранялись. Конституционному суду было «предложено» не созывать заседания до начала работы нового парламента. Выборы в Государственную думу назначались на 11—12 декабря 1993 г. К этому же времени Конституционной комиссии и Конституционному совещанию предписывалось представить единый согласованный проект Конституции. К президенту переходило право назначения Генерального прокурора. Все это означало, что в стране фактически вводилось не предусмотренное законом прямое президентское правление. Отдавая себе отчет в правовой «небезупречности» указа, президент отметил, что для него «безопасность России и ее народа имеют большую ценность, чем формальное соблюдение изживших себя норм». Началось длившееся две недели противостояние сторонников президента и Верховного Совета.
30 сентября по инициативе и посредничестве Патриарха в Москве в Свято-Даниловом монастыре была предпринята попытка примирить конфликтующие стороны. Начались переговоры между представителями президента и парламента, которые завершились безрезультатно. Президентской стороной был взят курс на окончательную победу. Наличие оружия в местах противостояния сторонников президента и Верховного Совета, провокации и недостаточный уровень ответственности некоторых политиков привели к кровопролитию 3 октября у здания Московской мэрии и, особенно массовому, — у телекомплекса «Останкино». Эти события послужили для президента поводом для введения в Москве чрезвычайного положения и перехода в наступление. 4 октября в 6 часов 45 минут начался штурм Белого дома, в 9.00 он был обстрелян из танков. К 17 часам здание было захвачено, а руководство парламента и его защитники были препровождены в тюрьму «Лефортово». В тот же день на месяц был приостановлен выпуск «Правды», «Советской России», «Рабочей трибуны» и еще 12 оппозиционных изданий.
Согласно официальным данным, в ходе трагических событий погибли 145 человек. Однако в российской и зарубежной печати приводились многократно большие цифры погибших и без вести пропавших. Случившееся в сентябре—октябре 1993 г. историки расценивают как ограниченный во времени и пространстве эпизод гражданской войны, который ограничился верхушечной борьбой за власть в столице. Он не распространился на другие регионы страны и не привел к масштабному столкновению тех социальных сил, интересы которых объективно представляли президент и Верховный Совет. Президента и руководимые им исполнительные структуры поддерживали те группы, которые стали после августа 1991 г. активными участниками передела власти и собственности. На стороне народных депутатов, напротив, были разнородные слои, которые многое утратили за годы реформ, чувствовали себя «униженными и оскорбленными» в результате шокового «лечения» экономики. И хотя «потерпевшие» по численности в 2—4 раза превосходили своих более удачливых сограждан, исход столкновения был предрешен другими факторами. Как это бывало и ранее в периоды революционных потрясений, меньшинству удалось в решающем месте и в решающий час добиться силового перевеса над большинством. События 21 сентября — 4 октября 1993 г. убедительно подтвердили, что инициативное политическое поведение и политическая воля являются далеко не абстрактными историческими категориями.