Под влиянием российского МИДа и возглавлявшего его Е. М. Примакова выбор был сделан в пользу второго, более прагматичного варианта. В результате в мае 1997 г. стороны подписали Основополагающий акт о взаимных отношениях, сотрудничестве и безопасности. В документе определялись «цели и механизм консультаций и сотрудничества, совместного принятия решений и совместных действий, которые составят ядро взаимоотношений между Россией и НАТО». Был создан Совместный постоянный совет Россия— НАТО. Таким образом закладывались политико-правовые основы для превращения отношений Россия—НАТО в один из центральных элементов европейской безопасности.
Однако дальнейшие события показали, что стороны по-разному трактовали смысл достигнутых договоренностей. Если Россия склонялась к тому, чтобы созданный механизм принимал совместные решения по вопросам безопасности в Европе, то в НАТО его рассматривали лишь как форум для совместного обсуждения проблем, рекомендации которого не носили обязательного характера для руководства альянса. Эти различия в позициях ярко проявились в связи с событиями вокруг Косово в 1999 г.
Для России особенно болезненным было то, что был совершен не просто акт агрессии против ее исторического союзника, а это было сделано вопреки ее активным возражениям. Бомбардировки Югославии показали неготовность лидеров ведущих западных стран превратить отношения Россия—НАТО в значимый компонент европейской безопасности. Более того, альянс претендовал на право применения силы за пределами стран-участниц без санкции Совета Безопасности ООН. В новой «Стратегической концепции НАТО», одобренной на юбилейном саммите альянса в апреле 1999 г., в число задач организации впервые включалось «проведение операций по реагированию на кризисные ситуации», не связанные с коллективной обороной от внешней агрессии.
Активное участие в европейских делах Россия принимала в рамках Общеевропейского совещания по безопасности и сотрудничеству в Европе (ОБСЕ) — наиболее представительной по составу участников и универсальной по функциям структуры. В отличие от других европейских объединений, здесь Россия является полноправным участником. По ее инициативе была разработана и на саммите ОБСЕ в Стамбуле (1999) одобрена Хартия европейской безопасности, где анализировались вызовы, с которыми предстоит столкнуться континенту в XXI в. В документе подтверждалась приверженность Уставу и ООН и отсутствовала проблематика «нового интернационализма» по гуманитарным основаниям. Под влиянием России в Хартии нашла широкое отражение антитеррористическая проблематика. В рамках ОБСЕ велись переговоры о сокращении вооружений. В 1999 г. была одобрена важная для России новая редакция Договора об обычных вооруженных силах в Европе, где учитывались новые реалии, возникшие после окончания «холодной войны».
Не менее важным для России было расширение связей с Европейским союзом (ЕС) — едва ли не самой влиятельной организацией, в рамках которой осуществляется интеграция государств-участников. Главной областью интеграционного развития в ЕС является экономика, но объединительные усилия постепенно распространяются и на другие сферы. В 1990-е гг. ЕС выступал как важнейший торгово-экономический партнер России. В 1997 г. вступило в силу Соглашение о партнерстве и сотрудничестве между ЕС и Россией, открывающее широкие возможности для привлечения инвестиций в нашу страну.
В 1996 г. Россия была принята в Совет Европы — организацию, имеющую цель добиваться расширения демократии и защиты прав человека, развития сотрудничества по вопросам культуры, образования, здравоохранения, молодежи, спорта, информации, охраны окружающей среды. Ориентация на высокие европейские стандарты также важна для динамично развивающейся России.
Новый характер приобрели отношения между Россией и странами Центральной и Восточной Европы. В 1992 г. глава российского МИДа А. В. Козырев формулировал задачи на этом направлении следующим образом: «С восточноевропейскими странами Россия придерживается иной, принципиально обновленной стратегии международных отношений. Она полностью избавлена от присущих бывшему СССР элементов высокомерия и эгоцентризма и основана на принципах равноправия и взаимной выгоды. Стратегическая задача на нынешнем этапе — предотвратить превращение Восточной Европы в своего рода буферный пояс, изолирующий нас от Запада. Мы стремимся также к тому, чтобы не допустить вытеснения России из Восточноевропейского региона». Однако решить эти задачи не удалось. Как отмечают специалисты, в 1990-е гг. восточноевропейские страны стали для России «зоной холода и недоверия».