В январе 1993 г. был принят Устав СНГ. Координация действий в рамках Содружества осуществлялась Советом глав государств, Советом глав правительств, Советом министров иностранных дел, Советом министров обороны и Советом командующих пограничными войсками, Межпарламентской ассамблеей, а также через органы отраслевого сотрудничества. В Минске функционировал Исполнительный Секретариат СНГ. Всего в рамках Содружества в 1990-е гг. было подписано около двух тысяч различных соглашений, большая часть которых не была реализована.
К концу десятилетия стало очевидным, что в рамках СНГ удалось смягчить последствия распада СССР, но интеграционные цели достигнуты не были. Сократилось экономическое сотрудничество между Россией и странами СНГ. Не увенчалось успехом взаимодействие и в военно-политической области: не был выполнен в полном объеме ташкентский Договор о коллективной безопасности (1992), сокращалось российское военное присутствие в государствах Содружества, оказалась нереализованной концепция совместной охраны границ. В политической сфере не удалось решить главную поставленную задачу — превратить СНГ в «политическое объединение государств, способное претендовать на достойное место в мировом сообществе». Более того, внутри СНГ шел процесс формирования разнонаправленных коалиций, притом без участия России. Не сложилось многостороннее сотрудничество стран СНГ и в гуманитарной сфере.
Во второй половине 1990-х гг. в российской политике в отношении СНГ обозначились перемены. Наша страна стала более прагматично подходить к проблемам Содружества. Отступили на второй план задачи интеграции в военно-политической сфере, происходила «экономизация» связей. С 1999 г. Россия перестала настаивать на наделении органов СНГ наднациональными полномочиями, против чего возражало большинство государств-участников. Постепенно акцент переносился на налаживание эффективного двустороннего и многостороннего сотрудничества в рамках Союза Беларуси и России, а также с участниками Договора между Россией, Белоруссией, Казахстаном и Киргизией об углублении интеграции в экономической и гуманитарной областях.
Россия и югославский кризис. Начало боевых действий на территории Югославии связано с объявлением 25 июня 1991 г. Словенией и Хорватией о своей полной независимости и о выходе из состава Югославии. Это произошло после проведения на территории этих республик референдумов, в ходе которых большинство населения проголосовало за выход. Вслед за объявлением независимости на территорию сепаратистов вступили части Югославской Народной армии. Особенно сложно складывалась ситуация в Хорватии. Здесь жило много сербов, которые не хотели отделяться от Югославии. Власти же Хорватии стремились «самоопределиться» в существовавших административных границах, установленных вскоре после окончания Второй мировой войны И. Тито (хорватом по национальности), а также включить в состав вновь образуемого государства населенные хорватами земли Боснии и Герцеговины. Это привело к тому, что хорватские сербы осенью 1991 г. провозгласили независимость от Хорватии, создали ряд своих территориальных образований и заявили о желании объединиться с Югославией. Им на помощь пришла Югославская Народная армия, и в места ее столкновений с хорватами в конце 1991 г. были введены «голубые каски» ООН.
Намного запутанней этнополитическая и конфессиональная ситуация была в Боснии и Герцеговине. Мусульманская и хорватская общины стремились к отделению от СФРЮ, чего не желали жившие здесь сербы. В результате весной 1992 г. в регионе существовали: Хорватское государство Герцег—Босния, мусульманское Босния и Герцеговина; им противостояла Республика Сербская Боснии и Герцеговины. Еще ранее на территории республики использовались силы Югославской армии. В ходе столкновений между общинами имели место и «этнические чистки».
В последний год своего существования СССР высказывался за сохранение целостности СФРЮ и дистанцировался от происходящих в ней событий. Однако с начала 1992 г. ситуация резко изменилась. Вслед за США и рядом европейских государств независимость Хорватии, Словении, Боснии и Герцеговины признала и Россия. Россия также «положительно отнеслась к воле народов Сербии и Черногории жить в едином государстве», созданном в апреле 1992 г. и взявшем название Союзная Республика Югославия (СРЮ). Российская внешнеполитическая линия в конфликте в 1990-е гг. определялась, с одной стороны, давлением патриотического, коммунистического большинства в парламенте, требовавшего защиты исторического союзника России на Балканах, а с другой — позициями западных партнеров, от кредитов и политической поддержки которых во многом зависела стабильность внутриполитического положения руководства Российской Федерации.