Дан был новый импульс реформе Российской армии. В соответствии с «Планом строительства Вооруженных сил РФ» (январь 1999 г.) предусматривался рост их финансирования при сокращении личного состава; запланировано оснащение войск современной и перспективной боевой техникой. К 2010 г. предполагается перейти преимущественно на контрактную основу комплектования армии. В процессе экспериментов 2001—2004 гг. отрабатывались элементы этой программы. В июне 2002 г. был принят Закон «Об альтернативной гражданской службе».
В том же году объявлены планы радикальной перестройки системы МВД. На его базе намечено создать муниципальную милицию (бытовые преступления), федеральную полицию (угрозыск, ГАИ, борьба с оргпреступностью и наркотиками, лицензионно-разрешительные и миграционные службы), а также Федеральную службу расследований и Национальную гвардию. Эта реформа на время отложена.
Произошли значительные структурные изменения в системе органов государственной безопасности. В 2003 г. Федеральной службе безопасности возвращены Федеральная погранслужба (ФПС) и Федеральное агентство правительственной связи (ФАПСИ). Расформирована Федеральная служба налоговой полиции (ФСНП), налогово-фискальные функции которой переданы МВД.
Активизировалась работа по совершенствованию организационных и правовых основ деятельности других звеньев государственного аппарата. Модернизируется судебно-правовая система: в 2002 г. приняты новые акты, регулирующие деятельность суда и адвокатуры, интенсивно вносились поправки в действующие кодексы. В 2003 г. подготовлены акты, определяющие основные параметры административной реформы, призванной четко определить перечень полномочий различных уровней власти и обеспечить их необходимыми финансовыми источниками.
Обеспечение гражданского согласия. Широкая поддержка антитеррористической операции федеральных сил в Дагестане и Чечне осенью 1999 г. отразила стремление россиян к избавлению от беспредела, обеспечению безопасности, наведению порядка, утверждению стабильности в обществе. Борьба против террористов, которую возглавил тогда еще премьер-министр В. В. Путин, сплотила большинство российских граждан. Вновь избранный президент придавал большое значение преодолению разобщенности, достижению национального согласия, развитию структур гражданского общества в России.
После долгих лет острых дискуссий в декабре 2000 г. по предложению президента Дума утвердила государственные символы России. Ими стали: Герб в виде двуглавого орла и трехцветный флаг; за Вооруженными силами сохранялись красные знамена советской эпохи; в качестве музыкального символа был возвращен созданный в годы Великой Отечественной войны гимн А. В. Александрова с новыми словами С. В. Михалкова. Такое сочетание элементов символики имело целью объединить различные эпохи истории России, примирить сторонников различных политических настроений, продемонстрировать преемственность и новизну в развитии страны.
Весной 2001 г. Госдума приняла новый закон о политических партиях. Его идея состояла в том, чтобы партии были не узкими региональными объединениями, а являлись выразителями интересов граждан в государственном масштабе. Поэтому все существующие партии должны были в течение двух лет пройти перерегистрацию, чтобы доказать свое право выступать от имени граждан в качестве общефедеральных объединений.
В 2000—2002 гг. большое внимание в публичной политике уделялось укреплению института Президента, который рассматривался не только как высшее должностное лицо, но и один из сплачивающих общество личностных символов. Очевидно стремление главы государства выступать в роли общенационального лидера, проводящего политику с учетом позиций всех социальных групп для укрепления страны в целом. Путин часто и в разных формах выступал с разъяснением предпринимаемых руководством мер, в том числе тех, которые длительное время считались непопулярными. Президент и правительство налаживали конструктивный диалог с организациями, отражающими интересы различных корпоративных и других структур. Так, в ноябре 2001 г. в Москве прошел Гражданский форум, на котором присутствовали делегаты, представлявшие сотни общественных неполитических организаций. Он принял решения, направленные на координацию усилий представителей общественных объединений и государственных учреждений по обсуждению крупных, социально значимых проблем. В этом контексте следует рассматривать и острую полемику о роли средств массовой информации в формировании гражданского общества в России.